TkA03G416960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G416960

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 103752808-103760745 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1117 bp · TkA03G416960|TK1151|cDNA

AACACAACATTACGACGCCGTAAAGTCGATGAAATAGTGAAATCCTTTCTAACACCTCCTAATCTCATAATACCCCTACACACCAACCAAAGAAAACTCTTCTTCTTTCACCTACACACCTCTCAATGGCTGCTGTTACAATGACTTGTGTTGGATTGACGACTTCCATGCACACCAACCAGATCATAGGGAAACCTTCAATGCTGAAATTGGTCCCACTCGGTCGCACTACTTGCTTGAGAGCGTCACGCTTTCAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

402 bp · TkA03G416960|TK1151|CDS

ATGGCTGCTGTTACAATGACTTGTGTTGGATTGACGACTTCCATGCACACCAACCAGATCATAGGGAAACCTTCAATGCTGAAATTGGTCCCACTCGGTCGCACTACTTGCTTGAGAGCGTCACGCTTTCAAATCTCTTGCGCAGCAAAGCCAGAAACAGTGAGCAAAGTTTGTGAAATTGTTAAGACTCAATTGGCTTTGTCAGCCGACTCTGTTGTTGAACCCGACTCTAAATTCGCAGCCCTTGGTGCTGATTCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

133 aa · TkA03G416960|TK1151|PROTEIN

MAAVTMTCVGLTTSMHTNQIIGKPSMLKLVPLGRTTCLRASRFQISCAAKPETVSKVCEIVKTQLALSADSVVEPDSKFAALGADSLDTVEIVMTLEEEFGISVEEENSQNITTVQEAADLIEKLVEKKNATA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G416960`
TK1151 ID	TkA03G416960
OH-1004 ID	LXL04_005958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 66.917 / OH-1004 50.857 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G416960

位置 Chr03:103752808-103760745 (-)

描述 Similar to ACP1: Acyl carrier protein 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25050`	在脂肪酸生物合成中携带增长的脂肪酸链，在叶片脂肪酸生物合成中起主要作用。	Expression of antisense acyl carrier protein-4 reduces lipid content in Arabidopsis leaf tissue.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.018622 An intact cuticle in distal tissues is essential for the induction of systemic acquired resistance in plants.2009 · DOI: 10.1016/j.chom.2009.01.001

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000036 acyl carrier activity 分子功能

GO:0031177 phosphopantetheine binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.986

排名 1 · TkA03G416960 · TK1151

线粒体0.024

排名 2 · TkA03G416960 · TK1151

细胞核0.012

排名 3 · TkA03G416960 · TK1151

细胞质0.012

排名 4 · TkA03G416960 · TK1151

细胞膜0.007

排名 5 · TkA03G416960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16320Ribosomal_L12_N42-49 aa

PF00550PP-binding56-122 aa

PF23297ACP_SdgA_C56-131 aa

PF14573PP-binding_285-123 aa

PF16320Ribosomal_L12_N87-103 aa

PF26347YtrI_C96-131 aa

PF16320Ribosomal_L12_N114-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G416960	`PF16320`	Ribosomal_L12_N	42	49	0.032	14.7
TkA03G416960	`PF00550`	PP-binding	56	122	1.6e-12	48.2
TkA03G416960	`PF23297`	ACP_SdgA_C	56	131	0.001	19.8
TkA03G416960	`PF14573`	PP-binding_2	85	123	4.8e-06	27.4
TkA03G416960	`PF16320`	Ribosomal_L12_N	87	103	0.032	14.7
TkA03G416960	`PF26347`	YtrI_C	96	131	0.068	14.5
TkA03G416960	`PF16320`	Ribosomal_L12_N	114	128	0.032	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SW21`	拟南芥	sp\|Q9SW21\|ACP4_ARATH Acyl carrier protein 4, chloroplastic	63.500%	Swiss-Prot	高置信

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