TkA03G406760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G406760

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 101114836-101116311 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1443 bp · TkA03G406760|TK1151|cDNA

ATGGAAAGTGTTTATGCACCCGTTCCTAAAGAATCTTTCGTCGAACTGCAATTAAATGATAATCGAAATTACGATTATCAAAACCCTGAATTTTCAGAAAAAAAGACTTACATCCGAATTGACAGCTTGGAAATCGGTGGTGACGATGACGACATCGATGATATCGATTACGATAGCTCACGCCTTGCAGAAAACTCAAATTCTGGGGTCTACGGCGCCGTATTTAATCTAACCACAACTGTGATCGGCGCCGGCCTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1443 bp · TkA03G406760|TK1151|CDS

ATGGAAAGTGTTTATGCACCCGTTCCTAAAGAATCTTTCGTCGAACTGCAATTAAATGATAATCGAAATTACGATTATCAAAACCCTGAATTTTCAGAAAAAAAGACTTACATCCGAATTGACAGCTTGGAAATCGGTGGTGACGATGACGACATCGATGATATCGATTACGATAGCTCACGCCTTGCAGAAAACTCAAATTCTGGGGTCTACGGCGCCGTATTTAATCTAACCACAACTGTGATCGGCGCCGGCCTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

480 aa · TkA03G406760|TK1151|PROTEIN

MESVYAPVPKESFVELQLNDNRNYDYQNPEFSEKKTYIRIDSLEIGGDDDDIDDIDYDSSRLAENSNSGVYGAVFNLTTTVIGAGLMALPATMKVLGLVVGVIMIFVMGILSEISVELLVRFTVQCKALSYGEVVEQALGKPAKILSEICIILNNAGVLVVYLIIMGDVMSGSENHMGVFDQWLGNGFWDHRKLLILIVLIIFLAPLCVLDRIDSLSVTSAASVALAIVFVVVAFAVAFIKLVRGEIAPPRMTPDFGSEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G406760`
TK1151 ID	TkA03G406760
OH-1004 ID	LXL04_009187
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.333 / OH-1004 53.002 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G406760

位置 Chr03:101114836-101116311 (+)

描述 Similar to AVT6E: Amino acid transporter AVT6E

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80510`	氨基酸转运蛋白AVT6E。	暂无已核实直接文献
`At3g30390`	氨基酸转运蛋白 AVT6A。	暂无已核实直接文献
`At5g38820`	氨基酸转运蛋白AVT6B。	暂无已核实直接文献
`At3g56200`	氨基酸转运蛋白 AVT6C。	暂无已核实直接文献
`At2g40420`	氨基酸转运蛋白 AVT6D。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009187 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003333 amino acid transmembrane transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80510

ath:AT2G40420

ath:AT3G30390

ath:AT3G56200

ath:AT5G38820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.404

排名 1 · TkA03G406760 · TK1151

细胞膜0.243

排名 2 · TkA03G406760 · TK1151

内质网0.170

排名 3 · TkA03G406760 · TK1151

细胞质0.141

排名 4 · TkA03G406760 · TK1151

高尔基体0.137

排名 5 · TkA03G406760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01490Aa_trans68-473 aa

PF03222Trp_Tyr_perm69-312 aa

PF03222Trp_Tyr_perm299-421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G406760	`PF01490`	Aa_trans	68	473	2.2e-60	205.2
TkA03G406760	`PF03222`	Trp_Tyr_perm	69	312	2.6e-07	30.8
TkA03G406760	`PF03222`	Trp_Tyr_perm	299	421	2.6e-07	30.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8L9`	拟南芥	sp\|Q9M8L9\|AVT6E_ARATH Amino acid transporter AVT6E	67.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LI61`	拟南芥	sp\|Q9LI61\|AVT6A_ARATH Amino acid transporter AVT6A	45.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KBM7`	拟南芥	sp\|F4KBM7\|AVT6B_ARATH Amino acid transporter AVT6B	42.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LYM2`	拟南芥	sp\|Q9LYM2\|AVT6C_ARATH Amino acid transporter AVT6C	37.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0WQJ3`	拟南芥	sp\|Q0WQJ3\|AVT6D_ARATH Amino acid transporter AVT6D	35.800%	Swiss-Prot	中等置信

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