TkA03G399310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G399310

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 99254031-99262885 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4179 bp · TkA03G399310|TK1151|cDNA

ATGCTCCCAAATCGCCCCCTTGCTGTCCAAAGTCGTGGTCTCGAAACCTTGCTGTTCTCCCCATTTAACAGGTCAAAAACGCGAAAAGACGGAACTACCCTTAATGAGCTGCGCGGGTCGCGCAGTTTAGCCGGAGGGAGGAGTGAGGACGGTATATTCCTAACAATGGATGACGAAGTTCCAACAAAGAAAGAAGCCAAAAACAATCCCAAAATTGAAAGCCTTCTTTTACCTCTCATTCTCTCTCTTTCCATTTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

4179 bp · TkA03G399310|TK1151|CDS

ATGCTCCCAAATCGCCCCCTTGCTGTCCAAAGTCGTGGTCTCGAAACCTTGCTGTTCTCCCCATTTAACAGGTCAAAAACGCGAAAAGACGGAACTACCCTTAATGAGCTGCGCGGGTCGCGCAGTTTAGCCGGAGGGAGGAGTGAGGACGGTATATTCCTAACAATGGATGACGAAGTTCCAACAAAGAAAGAAGCCAAAAACAATCCCAAAATTGAAAGCCTTCTTTTACCTCTCATTCTCTCTCTTTCCATTTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1392 aa · TkA03G399310|TK1151|PROTEIN

MLPNRPLAVQSRGLETLLFSPFNRSKTRKDGTTLNELRGSRSLAGGRSEDGIFLTMDDEVPTKKEAKNNPKIESLLLPLILSLSISSLPLKHLQLSSQSPRLLAHTQRLCTSNLFLQLIWTKLSVINRILWAVTVRPSGPNLGIRCGDMSLFGNVSAINASGKCTVMNLSSTQIPSRDCFTQKHVLSFGYCDAMGHRLQFPTARSFTPRSKKNASLLKVVCVDYPRPDLDNTSNFLEAAYLSSTFRTSPRPSKPLKIVIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G399310`
TK1151 ID	TkA03G399310
OH-1004 ID	LXL04_009119
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 52.083 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G399310

位置 Chr03:99254031-99262885 (+)

描述 Similar to PDS: 15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14210`	通过对叶绿素烯分子C-11和C-11'位置对称引入两个双键，并伴随C9和C9'相邻双键从反式异构化为顺式，通过叶绿素烯转变为叶黄素，从而将植物胡萝卜素转化为ζ-胡萝卜素。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XDA1`	通过对叶绿素烯分子C-11和C-11'位置对称引入两个双键，并伴随C9和C9'相邻双键从反式异构化为顺式，通过叶绿素烯转变为叶黄素，从而将植物胡萝卜素转化为ζ-胡萝卜素。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0016117 carotenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016120 carotene biosynthetic process 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009509 chromoplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016166 phytoene dehydrogenase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14210

cann:107861625

gmx:547970

sly:544073

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.892

排名 1 · TkA03G399310 · TK1151

线粒体0.075

排名 2 · TkA03G399310 · TK1151

细胞质0.071

排名 3 · TkA03G399310 · TK1151

细胞核0.047

排名 4 · TkA03G399310 · TK1151

过氧化物酶体0.039

排名 5 · TkA03G399310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00098zf-CCHC190-197 aa

PF16588zf-C2H2_10190-196 aa

PF01266DAO256-291 aa

PF07992Pyr_redox_2256-291 aa

PF00070Pyr_redox256-290 aa

PF03486HI0933_like256-294 aa

PF21799MurD-like_N256-287 aa

PF01494FAD_binding_3256-286 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G399310	`PF00098`	zf-CCHC	190	197	0.0063	17.3
TkA03G399310	`PF16588`	zf-C2H2_10	190	196	0.32	11.5
TkA03G399310	`PF01266`	DAO	256	291	3.5e-09	37.4
TkA03G399310	`PF07992`	Pyr_redox_2	256	291	2.9e-05	24.4
TkA03G399310	`PF00070`	Pyr_redox	256	290	6.6e-05	24.1
TkA03G399310	`PF03486`	HI0933_like	256	294	0.0036	17.6
TkA03G399310	`PF21799`	MurD-like_N	256	287	0.023	15.7
TkA03G399310	`PF01494`	FAD_binding_3	256	286	0.039	13.9
TkA03G399310	`PF04820`	Trp_halogenase	256	279	0.043	13.4
TkA03G399310	`PF03721`	UDPG_MGDP_dh_N	256	323	0.17	12.3
TkA03G399310	`PF01946`	Thi4	257	292	0.0029	17.6
TkA03G399310	`PF00890`	FAD_binding_2	257	294	0.0069	16.3
TkA03G399310	`PF12831`	FAD_oxidored	257	293	0.015	15.3
TkA03G399310	`PF05834`	Lycopene_cycl	257	302	0.085	12.6
TkA03G399310	`PF06100`	MCRA	257	322	0.24	10.9
TkA03G399310	`PF13450`	NAD_binding_8	259	325	9.6e-14	52.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q07356`	拟南芥	sp\|Q07356\|PDS_ARATH 15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic	80.400%	Swiss-Prot	低置信
`A2XDA1`	水稻	sp\|A2XDA1\|PDS_ORYSI 15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic	78.200%	Swiss-Prot	低置信

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