RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G398780
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 99100592-99108074 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

435 bp · TkA03G398780|TK1151|cDNA

ATGATGATGATGATGATTATGATAGCGGGATTCGTGGACTCCATAACGACGCCCATCAAGTCTTGGTTAGACACGGTGGCAAACACCCAGGACCACCACAAGACCACCAGCGTCGTGGTGACGGAGCTTGGTGGTGGAAGCCCTCGAGTTGACTGCATCGTGTGCTTATCTGAGGTGGCGATCGGAGAAAAGTTGGCGAGGTTAGAAAGGTGCCGACATGGATTTCATGTTGAGTGCGTTGAAGCATGGTTGAAAGACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

435 bp · TkA03G398780|TK1151|CDS

ATGATGATGATGATGATTATGATAGCGGGATTCGTGGACTCCATAACGACGCCCATCAAGTCTTGGTTAGACACGGTGGCAAACACCCAGGACCACCACAAGACCACCAGCGTCGTGGTGACGGAGCTTGGTGGTGGAAGCCCTCGAGTTGACTGCATCGTGTGCTTATCTGAGGTGGCGATCGGAGAAAAGTTGGCGAGGTTAGAAAGGTGCCGACATGGATTTCATGTTGAGTGCGTTGAAGCATGGTTGAAAGACCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

144 aa · TkA03G398780|TK1151|PROTEIN

MMMMMIMIAGFVDSITTPIKSWLDTVANTQDHHKTTSVVVTELGGGSPRVDCIVCLSEVAIGEKLARLERCRHGFHVECVEAWLKDHRNCPLCRTPLSGGVYLRKLYEMMSYYSFRALELMADWLTSSFSRGLHSSLSESCSYL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G398780
TK1151 IDTkA03G398780
OH-1004 IDLXL04_009109
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)88.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G398780
位置Chr03:99100592-99108074 (-)
描述Similar to ATL79: RING-H2 finger protein ATL79
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g37580 RING-H2 指蛋白 ATL33。 暂无已核实直接文献
At3g14320 推定 RING-H2 指蛋白 ATL61。 暂无已核实直接文献
At4g28890 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At5g43420 RING-H2 指蛋白 ATL16。 暂无已核实直接文献
At2g25410 RING-H2 指蛋白 ATL22。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009109 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G37580
ath:AT3G03550
ath:AT5G05280
ath:AT5G47610
dosa:Os04g0590900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.394
排名 1 · TkA03G398780 · TK1151
细胞核0.375
排名 2 · TkA03G398780 · TK1151
细胞膜0.176
排名 3 · TkA03G398780 · TK1151
内质网0.120
排名 4 · TkA03G398780 · TK1151
高尔基体0.093
排名 5 · TkA03G398780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678zf-rbx119-25 aa
PF12906RINGv19-30 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal49-56 aa
PF14446Prok-RING_150-80 aa
PF11793FANCL_C50-88 aa
PF13639zf-RING_251-94 aa
PF17123zf-RING_1151-80 aa
PF13920zf-C3HC4_351-97 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G398780PF12678zf-rbx119258.5e-0833.0
TkA03G398780PF12906RINGv19301.210.1
TkA03G398780PF23413zf_RING_Vps8_fungal49560.0513.6
TkA03G398780PF14446Prok-RING_150800.01316.4
TkA03G398780PF11793FANCL_C50880.3412.0
TkA03G398780PF13639zf-RING_251941.4e-1248.3
TkA03G398780PF17123zf-RING_1151802.2e-0834.4
TkA03G398780PF13920zf-C3HC4_351978e-0523.1
TkA03G398780PF17120zf-RING_1651910.01615.6
TkA03G398780PF25447RING_ZNF598511110.03815.0
TkA03G398780PF22191IBR_151851.59.5
TkA03G398780PF13923zf-C3HC4_252935.8e-0729.9
TkA03G398780PF00097zf-C3HC452938.4e-0729.5
TkA03G398780PF14634zf-RING_552950.0009719.8
TkA03G398780PF08746zf-RING-like52930.02215.6
TkA03G398780PF13445zf-RING_UBOX52910.05214.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80927拟南芥sp|O80927|ATL33_ARATH RING-H2 finger protein ATL3341.800%Swiss-Prot低置信
Q9LUL6拟南芥sp|Q9LUL6|ATL61_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL6151.100%Swiss-Prot低置信
Q5XF85拟南芥sp|Q5XF85|ATL42_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL4246.400%Swiss-Prot低置信
Q9LSW9拟南芥sp|Q9LSW9|ATL16_ARATH RING-H2 finger protein ATL1650.000%Swiss-Prot低置信
Q9SKK8拟南芥sp|Q9SKK8|ATL22_ARATH RING-H2 finger protein ATL2252.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看