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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G390590
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 96822599-96825257 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1340 bp · TkA03G390590|TK1151|cDNA

CAAAATTGGGATTTTGTTTTCTCGGACTCATCACCCATAAATCAAATATAGTTAAACACCTCCACTTTCATTAGATTCAAATCCGCCCCACCCCCTTTCTCTCTCTCTCTCGTACGTGTTGGTTTTCCTTCTCCTAAACCACCCAAAGGGGAAGTGGTGACTGCTCTTCTGCTACTCCACAGTCCTATTCTCTGTGTAATTCGGTGCTGGTTTGACCGAATAGCTGTTTCTTCCTTCTCTACATTTTAAATTCTTGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

798 bp · TkA03G390590|TK1151|CDS

ATGGAGGGAGGAGGAGCAACGCCGTATAATCCTCGCACAGTCGAAGAGGTTTTTAGGGATTTCAAAGGTCGTCGTGCCGGCATGATCAGAGCTCTTACCACCGACGTTGAAGAATTCTACCACCAGTGTGATCCAGAAAAGGAGAATTTGTGTTTGTATGGGTTTCCTAGTGAGCAATGGGAGGTGAATTTGCCAGCTGAAGAGGTGCCACCAGAACTCCCGGAACCAGCATTGGGTATAAACTTTGCTAGAGATGGAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

265 aa · TkA03G390590|TK1151|PROTEIN

MEGGGATPYNPRTVEEVFRDFKGRRAGMIRALTTDVEEFYHQCDPEKENLCLYGFPSEQWEVNLPAEEVPPELPEPALGINFARDGMQEKDWLSLVAVHSDAWLLSVAFYFGARFGFDKADRKRLFNMINDLPTIFEVVSGTAKKAQKEKTVVSNHSSTKSKSNSKMREPELQGKYPKQQPPAPPSLKDEDEGMGLDMDDEDEEDEHGETLCGACGENYASDEFWICCDICEKWFHGKCVKITPARAEHIKQYKCPSCSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G390590
TK1151 IDTkA03G390590
OH-1004 IDLXL04_008245
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.148
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G390590
位置Chr03:96822599-96825257 (-)
描述Similar to AL5: PHD finger protein ALFIN-LIKE 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g20510 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At5g26210 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At3g42790 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2Y4R8 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
Os05g0419100 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008245 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003712 transcription coregulator activity 分子功能
GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G42790
ath:AT5G20510
dosa:Os11g0244800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.853
排名 1 · TkA03G390590 · TK1151
细胞质0.221
排名 2 · TkA03G390590 · TK1151
细胞膜0.037
排名 3 · TkA03G390590 · TK1151
线粒体0.034
排名 4 · TkA03G390590 · TK1151
内质网0.021
排名 5 · TkA03G390590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12165Alfin13-140 aa
PF22908PHD_NSD38-42 aa
PF30811PHD_UBR7-like201-218 aa
PF03107C1_2204-240 aa
PF22908PHD_NSD210-256 aa
PF13639zf-RING_2211-258 aa
PF00628PHD212-258 aa
PF31197PHD_JHD1212-254 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G390590PF12165Alfin131401.1e-69232.9
TkA03G390590PF22908PHD_NSD38421.59.9
TkA03G390590PF30811PHD_UBR7-like2012180.0001322.6
TkA03G390590PF03107C1_22042400.3611.9
TkA03G390590PF22908PHD_NSD2102561.59.9
TkA03G390590PF13639zf-RING_22112580.3511.9
TkA03G390590PF00628PHD2122583.2e-0937.4
TkA03G390590PF31197PHD_JHD12122540.0002321.7
TkA03G390590PF27108PHD_Pygo2122520.003318.2
TkA03G390590PF21257PHD_ash2p_like2122252.38.9
TkA03G390590PF30811PHD_UBR7-like2222610.0001322.6
TkA03G390590PF21257PHD_ash2p_like2272442.38.9
TkA03G390590PF03107C1_22522590.3611.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XEM9拟南芥sp|Q5XEM9|ALFL5_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 575.000%Swiss-Prot高置信
O81488拟南芥sp|O81488|ALFL4_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 477.700%Swiss-Prot高置信
Q9M2B4拟南芥sp|Q9M2B4|ALFL3_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 373.500%Swiss-Prot高置信
A2Y4R8水稻sp|A2Y4R8|ALFL5_ORYSI PHD finger protein ALFIN-LIKE 573.600%Swiss-Prot高置信
Q60DW3水稻sp|Q60DW3|ALFL5_ORYSJ PHD finger protein ALFIN-LIKE 573.600%Swiss-Prot高置信

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