TkA03G380260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G380260

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 93772402-93777599 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3458 bp · TkA03G380260|TK1151|cDNA

GAGACTGCTCACCTTTTTCGCGGTTTATGTGTTAAAATCCACCCAACAACAAAGGAGACACCAAAACCCTTAAAACCCTTGAACAATAGCCCGTTGCAGTCTGCTACAACCGATCCCGCCAATGGCTGATTCAACTCCGATTAACTTCGTTAAGCACATCGAAACGTACGTCGACTCGTCGTCGTCTAAATCCCCAGCTCACCAGGATGCAAGTTTAGATGCGATTGCAAAGCTCTTGATGAACGACATGATAACTCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3087 bp · TkA03G380260|TK1151|CDS

ATGGCTGATTCAACTCCGATTAACTTCGTTAAGCACATCGAAACGTACGTCGACTCGTCGTCGTCTAAATCCCCAGCTCACCAGGATGCAAGTTTAGATGCGATTGCAAAGCTCTTGATGAACGACATGATAACTCTGGAGTCACTGGTAAGAGAAATGGGGATGTATTTAACTACTACAGACAACATCATTCGTGCTAGAGGTATCCTTCTTCTTGCAGAGTTGTTGACACGTCTCTCATCAAAGTCTTTAGAGAATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1028 aa · TkA03G380260|TK1151|PROTEIN

MADSTPINFVKHIETYVDSSSSKSPAHQDASLDAIAKLLMNDMITLESLVREMGMYLTTTDNIIRARGILLLAELLTRLSSKSLENATIHSLIGFFCRKTDWRALRGALVGCLALMKRKGDISKSDATAVAQSFMQNLQVQSLGQHDRKLCFEILECLIDCYPDTVMTMEDDFVYVICEAIDGEKDPQCLLLTFHLVEIVAHLYPDSSNSLASYAEDLFNILGSYFPIHFTHPKGEDDVKREELSRALMLAFASTPLFEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G380260`
TK1151 ID	TkA03G380260
OH-1004 ID	LXL04_008373
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G380260

位置 Chr03:93772402-93777599 (+)

描述 Similar to MMS19: MMS19 nucleotide excision repair protein homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48120`	可能选择特定的目标脱辅基蛋白，将胞质铁硫蛋白组装途径产生的 Fe-S 簇转移到该脱辅基蛋白上。	The DUF59 family gene AE7 acts in the cytosolic iron-sulfur cluster assembly pathway to maintain nuclear genome integrity in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.102608

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008373 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0071817 MMXD complex 细胞组分

GO:0097361 cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex 细胞组分

GO:0003713 transcription coactivator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G48120

bta:533499

ddi:DDB_G0288217

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · TkA03G380260 · TK1151

细胞核0.516

排名 2 · TkA03G380260 · TK1151

高尔基体0.054

排名 3 · TkA03G380260 · TK1151

内质网0.050

排名 4 · TkA03G380260 · TK1151

细胞膜0.036

排名 5 · TkA03G380260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02985HEAT19-38 aa

PF15611EH_Signature29-166 aa

PF12717Cnd134-89 aa

PF14500MMS19_N50-313 aa

PF13646HEAT_264-69 aa

PF25757TPR_DNAAF5192-226 aa

PF24987HEAT_EF3_N247-270 aa

PF13513HEAT_EZ256-273 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G380260	`PF02985`	HEAT	19	38	0.0015	19.3
TkA03G380260	`PF15611`	EH_Signature	29	166	0.11	12.4
TkA03G380260	`PF12717`	Cnd1	34	89	0.055	14.2
TkA03G380260	`PF14500`	MMS19_N	50	313	1.4e-78	264.8
TkA03G380260	`PF13646`	HEAT_2	64	69	0.034	15.1
TkA03G380260	`PF25757`	TPR_DNAAF5	192	226	0.021	14.7
TkA03G380260	`PF24987`	HEAT_EF3_N	247	270	0.0078	16.9
TkA03G380260	`PF13513`	HEAT_EZ	256	273	4.4e-05	24.6
TkA03G380260	`PF12460`	MMS19_C	263	331	9.7e-35	121.1
TkA03G380260	`PF12717`	Cnd1	318	367	0.055	14.2
TkA03G380260	`PF20834`	Lem25	448	466	0.36	12.4
TkA03G380260	`PF13513`	HEAT_EZ	546	559	4.4e-05	24.6
TkA03G380260	`PF12717`	Cnd1	563	595	0.055	14.2
TkA03G380260	`PF25757`	TPR_DNAAF5	645	705	0.021	14.7
TkA03G380260	`PF12717`	Cnd1	653	689	0.055	14.2
TkA03G380260	`PF20834`	Lem25	654	686	0.36	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVF8`	拟南芥	sp\|Q0WVF8\|MMS19_ARATH MMS19 nucleotide excision repair protein homolog	41.800%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情