RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G378240
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 93332507-93335789 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2704 bp · TkA03G378240|TK1151|cDNA

AAATATTGTAAAATAAAAGCAAAAACAAAACAATAAGTTCTACACACCAAAACACAAGTGCCTAAACATGATTCTCAATTCATGTTCACCTTTGTTTCTACTTTTACTGCTACAATGACCCATTGATACATCAGTTTCCAGTCTGTGAATACTCGGAAAAAGTTCCCCCCTTCTTCTTCTTCCACTTCTTCCTCCTTCAAGACTATTTCATAGAATCCCTAAAATATCATTAATTTCATGATATCCATCTCTGATACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2013 bp · TkA03G378240|TK1151|CDS

ATGGATTATTCACTTCAAAAGCATACGCAGATACTCAAGTTCATACTACTGTTTCTTTCCCTTTCGCAATTGCAAACACTCTGTTCTGCAAACCCGACGCCATTAAATTGCACAGAGACTTCTCGTTTGTGCACATCCTTTTTAGCGTTCAGTCCATCCCCGAATCAAACCCTGGATGTGATTATGAGCATGTTTGATGTCTTCTCTCACGACGTGACAGTTGAAGGTAACGGCCGTAACTATGTTTTTGTTCGGAAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

670 aa · TkA03G378240|TK1151|PROTEIN

MDYSLQKHTQILKFILLFLSLSQLQTLCSANPTPLNCTETSRLCTSFLAFSPSPNQTLDVIMSMFDVFSHDVTVEGNGRNYVFVRKNCSCSNSPVHNYLTNTTYTVRQTGGSVYDIVIDAYGGLAYLSNFSRPARTGAVVSLQLLCGCSSGLWNYLMSYVMKEGDSIELLASRFGVSMDSIETVNGINNPDNITVGALYYIPLNSVPGDPYPIEKNPPPSPAPSPSLAGNVTVEGTDHKSDVKHWWIIGSLGGVLLLIIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G378240
TK1151 IDTkA03G378240
OH-1004 IDLXL04_008393
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G378240
位置Chr03:93332507-93335789 (+)
描述Similar to LYK3: LysM domain receptor-like kinase 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g51940 假定的赖氨酸结构域（LysM）受体激酶，可能识别微生物来源的含N-乙酰氨基葡萄糖（NAG）的配体。 暂无已核实直接文献
At3g21630 含LysM结构域的受体样激酶，参与几丁质及几丁寡糖介导的信号转导和先天免疫，并参与对盐胁迫、重金属及灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）的抗性。
CERK1, a LysM receptor kinase, is essential for chitin elicitor signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705147104
AvrPtoB targets the LysM receptor kinase CERK1 to promote bacterial virulence on plants.2009 · DOI: 10.1016/j.cub.2009.01.054
The lysin motif receptor-like kinase (LysM-RLK) CERK1 is a major chitin-binding protein in Arabidopsis thaliana and subject to chitin-induced phosphorylation.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.116657
Arabidopsis lysin-motif proteins LYM1 LYM3 CERK1 mediate bacterial peptidoglycan sensing and immunity to bacterial infection.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112862108
The LysM receptor-like kinase LysM RLK1 is required to activate defense and abiotic-stress responses induced by overexpression of fungal chitinases in Arabidopsis plants.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss021
Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113
Selective regulation of the chitin-induced defense response by the Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase PBL27.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12535

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0538300 赖氨酸基序 受体激酶需要作为几丁质激发子信号传导的细胞表面受体，从而产生针对生物胁迫的先天免疫。
Two LysM receptor molecules, CEBiP and OsCERK1, cooperatively regulate chitin elicitor signaling in rice.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04324.x
Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113
A receptor-like cytoplasmic kinase targeted by a plant pathogen effector is directly phosphorylated by the chitin receptor and mediates rice immunity.2013 · DOI: 10.1016/j.chom.2013.02.007
Targeted gene disruption of OsCERK1 reveals its indispensable role in chitin perception and involvement in the peptidoglycan response and immunity in rice.2014 · DOI: 10.1094/mpmi-03-14-0068-r
OsCERK1 and OsRLCK176 play important roles in peptidoglycan and chitin signaling in rice innate immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12710
Os09g0511000 LysM结构域受体样激酶10。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008393 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002752 cell surface pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程
GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程
GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0032491 detection of molecule of fungal origin 生物过程
GO:0032499 detection of peptidoglycan 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G51940
ath:AT3G21630
dosa:Os08g0538300
dosa:Os09g0511000
osa:9270778
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.832
排名 1 · TkA03G378240 · TK1151
内质网0.104
排名 2 · TkA03G378240 · TK1151
细胞质0.078
排名 3 · TkA03G378240 · TK1151
细胞核0.055
排名 4 · TkA03G378240 · TK1151
溶酶体／液泡0.038
排名 5 · TkA03G378240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23473LysM3_LYK4_555-72 aa
PF23462LysM3_NFP57-81 aa
PF23473LysM3_LYK4_5155-194 aa
PF23462LysM3_NFP155-189 aa
PF01476LysM159-196 aa
PF16101PRIMA1216-286 aa
PF00069Pkinase362-639 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr365-640 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G378240PF23473LysM3_LYK4_555721.5e-0628.9
TkA03G378240PF23462LysM3_NFP57810.0006720.8
TkA03G378240PF23473LysM3_LYK4_51551941.5e-0628.9
TkA03G378240PF23462LysM3_NFP1551890.0006720.8
TkA03G378240PF01476LysM1591961.4e-0628.9
TkA03G378240PF16101PRIMA12162860.1512.6
TkA03G378240PF00069Pkinase3626391.2e-45156.7
TkA03G378240PF07714PK_Tyr_Ser-Thr3656409.5e-49166.7
TkA03G378240PF17667Pkinase_fungal4765420.05712.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IB81拟南芥sp|F4IB81|LYK3_ARATH LysM domain receptor-like kinase 363.800%Swiss-Prot高置信
A8R7E6拟南芥sp|A8R7E6|CERK1_ARATH Chitin elicitor receptor kinase 146.300%Swiss-Prot低置信
A0A0P0XII1水稻sp|A0A0P0XII1|CERK1_ORYSJ Chitin elicitor receptor kinase 147.900%Swiss-Prot低置信
D7UPN3水稻sp|D7UPN3|RLK10_ORYSJ LysM domain receptor-like kinase 1046.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看