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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G362500
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 89370136-89372023 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1494 bp · TkA03G362500|TK1151|cDNA

ATGTACGTGAAATGCGGGGATGTGTATAGTGCTCGCATAGTGTTCGATAAAATGCCTGTAAAGGACACCATATCATGGAACGCAATGATTTCAGGATATTTCGAAAACTACAAGTGTCTAGAAGGCCTAAATCTCTTTCTTGAAATGCTTAATCGCTTCATAGTCCCAGATTTGATGACTATCACTAGTGTAATCTCAGCGTGTGAACTTTACTCAAGTCTTGGATCTTGGGAACAAGCAGAAAAGATTTTCACACGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1494 bp · TkA03G362500|TK1151|CDS

ATGTACGTGAAATGCGGGGATGTGTATAGTGCTCGCATAGTGTTCGATAAAATGCCTGTAAAGGACACCATATCATGGAACGCAATGATTTCAGGATATTTCGAAAACTACAAGTGTCTAGAAGGCCTAAATCTCTTTCTTGAAATGCTTAATCGCTTCATAGTCCCAGATTTGATGACTATCACTAGTGTAATCTCAGCGTGTGAACTTTACTCAAGTCTTGGATCTTGGGAACAAGCAGAAAAGATTTTCACACGAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

497 aa · TkA03G362500|TK1151|PROTEIN

MYVKCGDVYSARIVFDKMPVKDTISWNAMISGYFENYKCLEGLNLFLEMLNRFIVPDLMTITSVISACELYSSLGSWEQAEKIFTRITSKDVVSWTSMISGYENNQQPEKAVQVYKNMRKDNIAPDEITLASVISACGNIGALMAGKEVHGYTLRTGLAFTGSKYLPNAILDMYTKCGKMDTSWNQFNSQYKDITSWNTLLTGYAKRGEGEKAVNLFKMVKESVKPDGVTFISLLCACSRSGMVEKGLKYYNIMTQNYNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G362500
TK1151 IDTkA03G362500
OH-1004 IDLXL04_008532
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)77.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 74.733
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G362500
位置Chr03:89370136-89372023 (+)
描述Similar to PCMP-H73: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15510
ath:AT4G18750
ath:AT4G33990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.574
排名 1 · TkA03G362500 · TK1151
质体0.267
排名 2 · TkA03G362500 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA03G362500 · TK1151
细胞质0.042
排名 4 · TkA03G362500 · TK1151
过氧化物酶体0.008
排名 5 · TkA03G362500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_22-19 aa
PF01535PPR2-19 aa
PF12854PPR_14-18 aa
PF14432DYW_deaminase5-39 aa
PF22330Rib_mS39_PPR11-35 aa
PF13041PPR_221-68 aa
PF12854PPR_122-35 aa
PF01535PPR24-51 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G362500PF13041PPR_22195.9e-45151.9
TkA03G362500PF01535PPR2191.6e-37125.8
TkA03G362500PF12854PPR_14181.1e-1557.7
TkA03G362500PF14432DYW_deaminase5395.8e-29100.5
TkA03G362500PF22330Rib_mS39_PPR11350.07513.5
TkA03G362500PF13041PPR_221685.9e-45151.9
TkA03G362500PF12854PPR_122351.1e-1557.7
TkA03G362500PF01535PPR24511.6e-37125.8
TkA03G362500PF13812PPR_325681.4e-1661.1
TkA03G362500PF23276TPR_24261173.9e-0834.0
TkA03G362500PF29070MSC6_N261171.7e-0524.9
TkA03G362500PF17177PPR_long411421.5e-0628.5
TkA03G362500PF13812PPR_345861.4e-1661.1
TkA03G362500PF12854PPR_154671.1e-1557.7
TkA03G362500PF20431E_motif69854.6e-1349.9
TkA03G362500PF13176TPR_769904.3e-0524.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic48.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SN39拟南芥sp|Q9SN39|PP320_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic37.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333036.800%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914239.100%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399038.600%Swiss-Prot中等置信

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