TkA03G356080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G356080

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 87820440-87822599 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1171 bp · TkA03G356080|TK1151|cDNA

TCTAGTCAGAGTATTAAATAGCCGAATTTGCTCTGAAAAGTAGTAATTGAAATTCAGCCCAGATCAGCTTAGTCAAAACACCACGTCGAATTTCCATATTTAGTCTTCAGCCGAAAACTTAGGGCTCATACTTATTGATTGGTTCCCTGAAAATCAAAGATATATACATTTTGTATATACATAACATCGAATCACATAAGAAGGTTTTTCTTGATCTTAATGGATCCACCCATAATCAATGAGACTTCCTTCTCAGCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

513 bp · TkA03G356080|TK1151|CDS

ATGTCTGAATCTAAAGATGAATTAAGCGGCTTAAAAGTCGATGGAGAAAGCAGTAAACTTTCAGAACCACCGAAAGACTACATCCATGTGAGAGCAAGAAGGGGTCAAGCTACTGACAGCCATAGTCTTGCTGAAAGAGCTAGAAGAGAAAAGATTAGTGAAAGGATGAGAATTCTTCAAGATTTGGTCCCTGGGTGTAATAAGGTTATTGGAAAAGCACTTGTACTTGATGAAATAATTAATTACATTCAATCACTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

170 aa · TkA03G356080|TK1151|PROTEIN

MSESKDELSGLKVDGESSKLSEPPKDYIHVRARRGQATDSHSLAERARREKISERMRILQDLVPGCNKVIGKALVLDEIINYIQSLQHQVEFLSMKLEAVNTRMNTPIERYPTKDVGHPPPFDATGLLFSGQESQQPEWLHMQLGSSFEERLKVNQTLYVIYIILTYELI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G356080`
TK1151 ID	TkA03G356080
OH-1004 ID	LXL04_008589
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.647 / OH-1004 58.661 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G356080

位置 Chr03:87820440-87822599 (-)

描述 Similar to BHLH79: Transcription factor bHLH79

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59640`	参与花瓣大小的调控，通过干扰有丝分裂后细胞扩展来限制最终的花瓣细胞大小。	暂无已核实直接文献
`At5g62610`	转录因子 bHLH79。	暂无已核实直接文献
`At3g07340`	转录因子 bHLH62。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0193800`	形成与RSS3和TIFY11A/JAZ9的三元复合物的转录因子，用于负向调控茉莉酸响应基因。	暂无已核实直接文献
`Os03g0802900`	可能调控茉莉酸调节基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048446 petal morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59640

ath:AT3G07340

ath:AT5G62610

dosa:Os03g0802900

dosa:Os07g0193800

osa:4334471

osa:4342637

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.874

排名 1 · TkA03G356080 · TK1151

细胞质0.243

排名 2 · TkA03G356080 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA03G356080 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA03G356080 · TK1151

线粒体0.015

排名 5 · TkA03G356080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23177bHLH_IRO339-102 aa

PF00010HLH40-87 aa

PF23173bHLH_SAC5145-89 aa

PF23174bHLH_ILI50-98 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G356080	`PF23177`	bHLH_IRO3	39	102	0.0043	18.1
TkA03G356080	`PF00010`	HLH	40	87	4.6e-09	36.7
TkA03G356080	`PF23173`	bHLH_SAC51	45	89	9.1e-09	35.8
TkA03G356080	`PF23174`	bHLH_ILI	50	98	0.0025	18.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0JXE7`	拟南芥	sp\|Q0JXE7\|BPE_ARATH Transcription factor BPE	70.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LV17`	拟南芥	sp\|Q9LV17\|BH079_ARATH Transcription factor bHLH79	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SRT2`	拟南芥	sp\|Q9SRT2\|BH062_ARATH Transcription factor bHLH62	64.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q69WS3`	水稻	sp\|Q69WS3\|BH094_ORYSJ Transcription factor BHLH094	72.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q84T08`	水稻	sp\|Q84T08\|BH089_ORYSJ Transcription factor BHLH089	71.300%	Swiss-Prot	高置信

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