TkA03G349330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G349330

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 85966897-85969269 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2001 bp · TkA03G349330|TK1151|cDNA

ATGCTCCAAACCCTCTGTATAAACCCTGTGGTTCATAAAAATGATATCTTTGACTTTCTTGCCTCCATGAATCGAGAAGGCGTGGTTCTTGAGTCGTCAACATTCAAATTTATCCTTGATTCTTTCATAAAGTCCGGTAATTTCGATTATGCTCTCGAAATAATGGATCATGCGGAGAACATACTGGACAAATTAAACCCTGATGTTTACAACTCTGTCCTCGTTGCCCTTATCCGTAGTAATCACCTAAATATGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2373 bp · TkA03G349330|TK1151|CDS

ATGCTCCATGGAAGACGAAAAACAACATCACCTAACAAACCCCTTTTCCGATATCCACTTATTCGAAGCAAAACCACAATCATCAAACCCAGTACTTCCAAATCAAAACTCGGTACCTTCCTCGTCGTCGCTTCCATCGTAAAATCCCTATCTGAGCCGGGAGGTACTCGTAACTTTAACAATGGAGAATCAAGCTTGGTTTCACTCTCCGAACCACTCGTTCTTCAAATCCTTAGAAGGAGCTCTCTCGATGCATCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

790 aa · TkA03G349330|TK1151|PROTEIN

MLHGRRKTTSPNKPLFRYPLIRSKTTIIKPSTSKSKLGTFLVVASIVKSLSEPGGTRNFNNGESSLVSLSEPLVLQILRRSSLDASKKIDFFKWCSLRHNYKQSAGTYSQMLQTLCINPVVHKNDIFDFLASMNREGVVLESSTFKFILDSFIKSGNFDYALEIMDHAENILDKLNPDVYNSVLVALIRSNHLNMALFTFFKLLDSITDNNKTSIDAATCNELLVALKRAGMRAEFRNAFDKVREKKNFPIDVRGYNVCI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G349330`
TK1151 ID	TkA03G349330
OH-1004 ID	LXL04_008651
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G349330

位置 Chr03:85966897-85969269 (-)

描述 Similar to At4g01570: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01570`	含五螺旋重复（pentatricopeptide repeat, PPR）的蛋白 At4g01570。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008651 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0090617 mitochondrial mRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53700

ath:AT4G01570

ath:AT4G28010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.764

排名 1 · TkA03G349330 · TK1151

质体0.133

排名 2 · TkA03G349330 · TK1151

细胞核0.074

排名 3 · TkA03G349330 · TK1151

细胞质0.032

排名 4 · TkA03G349330 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA03G349330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18713DUF564521-43 aa

PF29070MSC6_N77-227 aa

PF24760TPR_IF140_C100-132 aa

PF13041PPR_2104-116 aa

PF13041PPR_2107-153 aa

PF12854PPR_1107-116 aa

PF23276TPR_24107-200 aa

PF24480TPGS1_C107-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G349330	`PF18713`	DUF5645	21	43	0.14	12.9
TkA03G349330	`PF29070`	MSC6_N	77	227	1.6e-24	87.4
TkA03G349330	`PF24760`	TPR_IF140_C	100	132	0.004	18.3
TkA03G349330	`PF13041`	PPR_2	104	116	3.9e-95	312.5
TkA03G349330	`PF13041`	PPR_2	107	153	3.9e-95	312.5
TkA03G349330	`PF12854`	PPR_1	107	116	1.9e-71	236.1
TkA03G349330	`PF23276`	TPR_24	107	200	1.7e-31	109.6
TkA03G349330	`PF24480`	TPGS1_C	107	118	0.0023	18.2
TkA03G349330	`PF10037`	MRP-S27	123	165	2.2e-06	27.7
TkA03G349330	`PF06239`	ECSIT_N	126	152	0.16	11.9
TkA03G349330	`PF24760`	TPR_IF140_C	130	167	0.004	18.3
TkA03G349330	`PF13812`	PPR_3	131	170	2e-52	175.8
TkA03G349330	`PF12854`	PPR_1	137	167	1.9e-71	236.1
TkA03G349330	`PF12921`	ATP13	140	180	0.0012	19.4
TkA03G349330	`PF17177`	PPR_long	142	263	2.4e-20	73.5
TkA03G349330	`PF13041`	PPR_2	143	166	3.9e-95	312.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZE4`	拟南芥	sp\|Q8VZE4\|PP299_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01570	56.400%	Swiss-Prot	高置信

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