TkA03G339860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G339860

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 83635160-83641428 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3959 bp · TkA03G339860|TK1151|cDNA

ATATATTATGGTTTGGCGCGTTTAGACAAACGGACATCCACCGTGTATGCAACCCACTACACGGGTTTTGTTCATCATTCCTCCGCGAACCAGTGACACCAGAAGAAAGCCCTAAAACCAGTTGGAAAAACTGTTGAATATTGCCTTACACCACGAATGGAAGAACGAGAGACGGAAATTGAAGTCCGAGCCCTAACCGGTGAAACGATCACAGTCTCAATTTCCTCGAGTAGGACAATTCAAGAACTCAAGCTTCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3639 bp · TkA03G339860|TK1151|CDS

ATGGAAGAACGAGAGACGGAAATTGAAGTCCGAGCCCTAACCGGTGAAACGATCACAGTCTCAATTTCCTCGAGTAGGACAATTCAAGAACTCAAGCTTCTCCTTAAACAAATATTTCCTCCCGCAACCACCTCCTCGAACTTCCACCTTTTTCTCAAGGGCACGAAACTAAGTTTGCAGAGTCAGATAAGTAGTACCTGGATTTCCGATGGAGAATTTATTGTTCTTCTTCCGTTCACAAAGAAGGACAAACAGAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1212 aa · TkA03G339860|TK1151|PROTEIN

MEERETEIEVRALTGETITVSISSSRTIQELKLLLKQIFPPATTSSNFHLFLKGTKLSLQSQISSTWISDGEFIVLLPFTKKDKQKTVEPSENDTNSQNFHQCSTSSFAESAWSDMMQDLSSLQDIEIDENQIYSEANNRSTESNTQNEAKKSLFDEALIELLNTLQSCDSDEPDEKSCQGFMQVLESVNCLSDLKTRNCMLMNANTRITESCGSASSSNPCTCPSWLKVHLKAFYFLNIYCSFLQVQQRKVTLLSLERG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G339860`
TK1151 ID	TkA03G339860
OH-1004 ID	LXL04_008733
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G339860`
位置	Chr03:83635160-83641428 (-)
描述	Similar to HRQ1: ATP-dependent helicase HRQ1 (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008733` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0032202 telomere assembly 生物过程 GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程 GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程 GO:0042275 error-free postreplication DNA repair 生物过程 GO:0070914 UV-damage excision repair 生物过程 GO:1901255 nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0035861 site of double-strand break 细胞组分 GO:0000405 bubble DNA binding 分子功能 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bsu:BSU22220 mja:MJ_1574 msb:LJ00_30465 msm:MSMEG_6160 sce:YDR291W spo:2542036 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.341

排名 1 · TkA03G339860 · TK1151

细胞核0.333

排名 2 · TkA03G339860 · TK1151

细胞质0.225

排名 3 · TkA03G339860 · TK1151

线粒体0.119

排名 4 · TkA03G339860 · TK1151

过氧化物酶体0.045

排名 5 · TkA03G339860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976Rad60-SLD7-74 aa

PF00240ubiquitin8-76 aa

PF10302Dsc3_N19-104 aa

PF04851ResIII126-157 aa

PF09369MZB155-172 aa

PF00271Helicase_C297-327 aa

PF11976Rad60-SLD304-335 aa

PF10302Dsc3_N308-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G339860	`PF11976`	Rad60-SLD	7	74	0.04	14.4
TkA03G339860	`PF00240`	ubiquitin	8	76	0.00029	21.3
TkA03G339860	`PF10302`	Dsc3_N	19	104	0.29	12.4
TkA03G339860	`PF04851`	ResIII	126	157	2.4e-06	28.3
TkA03G339860	`PF09369`	MZB	155	172	3e-20	73.4
TkA03G339860	`PF00271`	Helicase_C	297	327	1.4e-12	48.5
TkA03G339860	`PF11976`	Rad60-SLD	304	335	0.04	14.4
TkA03G339860	`PF10302`	Dsc3_N	308	335	0.29	12.4
TkA03G339860	`PF08066`	PMC2NT	322	382	0.11	13.8
TkA03G339860	`PF08066`	PMC2NT	428	455	0.11	13.8
TkA03G339860	`PF04851`	ResIII	462	600	2.4e-06	28.3
TkA03G339860	`PF00270`	DEAD	465	635	1.2e-29	103.9
TkA03G339860	`PF00271`	Helicase_C	507	554	1.4e-12	48.5
TkA03G339860	`PF00271`	Helicase_C	713	818	1.4e-12	48.5
TkA03G339860	`PF00270`	DEAD	714	748	1.2e-29	103.9
TkA03G339860	`PF22982`	WHD_HRQ1	854	928	1e-13	52.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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