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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G332580
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 81774299-81777303 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2914 bp · TkA03G332580|TK1151|cDNA

CAAAAGGCCAAAACATAATTCACATTTACATACTTGTCCAGCTTTGCTATAGCTTTGGTTTTTAATAGAGCTTTTAACATAAAAGTCCCTATATTTGTCAAAAAATGTACAATTATGTCCCTAAATGAGTTTTAGGACAGTTACAGCCTCATATTTGGGAATGTGAGTTCAGTTTTGCCCTTTTCGCCGGTTTCTCCCTCCACAGCCGGTCAGTCATGCTGACTAGCCGGTCACCTATGCTGGTTGGTGACATGGAGCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1443 bp · TkA03G332580|TK1151|CDS

ATGGAGCTCTCTGTTCACGACTGTGGTCATGTGAGGAACCTATCTTCTTCATTGCACTATTCGCCCACCAACTGTTCGACGAAAATCCTGAACGAACGCCCACCCCGTTTTTCCAAGGCACCGTCTTTACTCATTACAGCAGCCAAGAAGAAGTCTCCGGTCCCTTCTTCACAAGGTATCCAAAAGTCGACCGACAAACACTTGTCCCATATTCTAAGGGCGGAGGCCGCCATCGAAGCAATCGAGAGAAAAGCCAATTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

480 aa · TkA03G332580|TK1151|PROTEIN

MELSVHDCGHVRNLSSSLHYSPTNCSTKILNERPPRFSKAPSLLITAAKKKSPVPSSQGIQKSTDKHLSHILRAEAAIEAIERKANCASLKQNRFSPKLLLEALDNAIRHKRWESALKIFDLLRDQHWYEPRCQTYTKLLVMLGKCKQPMKASYLIEVMLQDGLKPTIDVYTALVSAYGYSGLLDKALEIIDDMKLIPDCDPDVYTYSILINCCTKHRRFDMIQHILAEMSYLGIECSIVTYNSIIDGFGKAGLFIEMEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G332580
TK1151 IDTkA03G332580
OH-1004 IDLXL04_008791
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 64.167 / OH-1004 64.167
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G332580
位置Chr03:81774299-81777303 (-)
描述Similar to At3g53170: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53170
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g53170 含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。 暂无已核实直接文献
At5g48730 含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。 暂无已核实直接文献
At3g06430 含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At3g46870 弱结合特定单链 RNA (ssRNA)。
Structure of a PLS-class pentatricopeptide repeat protein provides insights into mechanism of RNA recognition.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.496828

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008791 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0019843 rRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06430
ath:AT3G53170
ath:AT5G48730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.726
排名 1 · TkA03G332580 · TK1151
线粒体0.173
排名 2 · TkA03G332580 · TK1151
细胞核0.062
排名 3 · TkA03G332580 · TK1151
细胞质0.025
排名 4 · TkA03G332580 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkA03G332580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N29-228 aa
PF23276TPR_2457-84 aa
PF24760TPR_IF140_C68-121 aa
PF13428TPR_1498-133 aa
PF23276TPR_24100-190 aa
PF17177PPR_long103-195 aa
PF13041PPR_2108-122 aa
PF13812PPR_3108-145 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G332580PF29070MSC6_N292282.2e-1970.6
TkA03G332580PF23276TPR_2457842.2e-1557.5
TkA03G332580PF24760TPR_IF140_C681210.5611.3
TkA03G332580PF13428TPR_14981330.04915.0
TkA03G332580PF23276TPR_241001902.2e-1557.5
TkA03G332580PF17177PPR_long1031952.8e-1350.5
TkA03G332580PF13041PPR_21081223.7e-62206.9
TkA03G332580PF13812PPR_31081451.5e-41141.0
TkA03G332580PF01535PPR1091244.4e-48158.9
TkA03G332580PF12854PPR_11101215.3e-43145.2
TkA03G332580PF13812PPR_31341791.5e-41141.0
TkA03G332580PF13041PPR_21351773.7e-62206.9
TkA03G332580PF01535PPR1351644.4e-48158.9
TkA03G332580PF23279TPR_251461940.03714.8
TkA03G332580PF13812PPR_31582151.5e-41141.0
TkA03G332580PF12921ATP131582180.000221.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SCP4拟南芥sp|Q9SCP4|PP279_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5317052.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FKC3拟南芥sp|Q9FKC3|PP424_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic41.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SQU6拟南芥sp|Q9SQU6|PP216_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic48.300%Swiss-Prot低置信
Q9STF9拟南芥sp|Q9STF9|THA8L_ARATH Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic27.100%Swiss-Prot低置信

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