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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G311020
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 76446788-76449813 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

963 bp · TkA03G311020|TK1151|cDNA

ATGGCGCTTCCCTCTCCATATTTACCCTCCCGGGCTTTCGTTGCCACCACCACCACCGCACCAAGATTCATTGCTATTGAGGCTGTCTCGGAAACAAAATCGGAATCAAATTCGGAAACAAAATCCCCTCGATTCATCTGCAATTTCACATTATGGAATGTTCACTTTACAGAAGCATCTTTAGCTGGTGTCGAGCCACTGATGCAAAAAGTACACAGTGAGATACGCGTTGTGGATACTGAAATTCTAGCTGCTGTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · TkA03G311020|TK1151|CDS

ATGGCGCTTCCCTCTCCATATTTACCCTCCCGGGCTTTCGTTGCCACCACCACCACCGCACCAAGATTCATTGCTATTGAGGCTGTCTCGGAAACAAAATCGGAATCAAATTCGGAAACAAAATCCCCTCGATTCATCTGCAATTTCACATTATGGAATGTTCACTTTACAGAAGCATCTTTAGCTGGTGTCGAGCCACTGATGCAAAAAGTACACAGTGAGATACGCGTTGTGGATACTGAAATTCTAGCTGCTGTTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

320 aa · TkA03G311020|TK1151|PROTEIN

MALPSPYLPSRAFVATTTTAPRFIAIEAVSETKSESNSETKSPRFICNFTLWNVHFTEASLAGVEPLMQKVHSEIRVVDTEILAAVRQQSNSGTKAKEDLAAATRAVEELMYKVREIKTKAEQSETMVQEICRDIKKLDFAKKHITTTITALPRLTMLGTGKETEDSSLLQHLTDACLVVDALEPSVREELVKNFCDRELISYQQIFEGAELAKLDKTERRYAWVKRRLRTNEEIWKIFPSSWHVDYLPCIQFCKLTRSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G311020
TK1151 IDTkA03G311020
OH-1004 IDLXL04_003792
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.125 / OH-1004 80.307
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G311020
位置Chr03:76446788-76449813 (+)
描述Similar to VPS53: Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g50500 作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。
Mutation in a homolog of yeast Vps53p accounts for the heat and osmotic hypersensitive phenotypes in Arabidopsis hit1-1 mutant.2006 · DOI: 10.1007/s00425-005-0216-6
The POK/AtVPS52 protein localizes to several distinct post-Golgi compartments in sporophytic and gametophytic cells.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern162
Involvement of the Arabidopsis HIT1/AtVPS53 tethering protein homologue in the acclimation of the plasma membrane to heat stress.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err060
The Arabidopsis hit1-1 mutant has a plasma membrane profile distinct from that of wild-type plants at optimal growing temperature.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.8.15842
At1g50970 参与从早期和晚期内体到晚高尔基体的逆行运输，导致晚高尔基体与内体囊泡之间的膜融合。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003792 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006622 protein targeting to lysosome 生物过程
GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程
GO:0007041 lysosomal transport 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0010286 heat acclimation 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
GO:0090119 vesicle-mediated cholesterol transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50500
ath:AT1G50970
gga:417622
hsa:55275
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.422
排名 1 · TkA03G311020 · TK1151
细胞核0.249
排名 2 · TkA03G311020 · TK1151
细胞膜0.230
排名 3 · TkA03G311020 · TK1151
高尔基体0.156
排名 4 · TkA03G311020 · TK1151
内质网0.132
排名 5 · TkA03G311020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04100Vps53_N53-163 aa
PF04708Pox_F1659-139 aa
PF20663COG4_N60-82 aa
PF28544Helical_needle64-157 aa
PF10392COG5_N68-156 aa
PF11101DUF288469-157 aa
PF13949ALIX_LYPXL_bnd79-134 aa
PF29562DUF856781-146 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G311020PF04100Vps53_N531632.9e-84284.0
TkA03G311020PF04708Pox_F16591390.06113.5
TkA03G311020PF20663COG4_N60820.08413.7
TkA03G311020PF28544Helical_needle641570.03614.6
TkA03G311020PF10392COG5_N681560.5811.1
TkA03G311020PF11101DUF2884691570.003817.6
TkA03G311020PF13949ALIX_LYPXL_bnd791340.06213.3
TkA03G311020PF29562DUF8567811460.06313.8
TkA03G311020PF10779XhlA971500.01516.2
TkA03G311020PF29599Rv0250c971480.02215.4
TkA03G311020PF16566CREPT991580.3511.7
TkA03G311020PF27113GbsR_C1001435.68.3
TkA03G311020PF20663COG4_N1021580.08413.7
TkA03G311020PF04100Vps53_N1592972.9e-84284.0
TkA03G311020PF16566CREPT1682320.3511.7
TkA03G311020PF27113GbsR_C2112275.68.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WQF4拟南芥sp|Q0WQF4|VP53A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 53 A62.400%Swiss-Prot高置信
F4I7Y2拟南芥sp|F4I7Y2|VP53B_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 53 B48.900%Swiss-Prot中等置信

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