TkA03G239810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G239810

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 59691787-59695625 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2760 bp · TkA03G239810|TK1151|cDNA

ATGAATCTCGATGATCTAGATTTCTTGGATTATCTTCGTGAAGCATTGAGAAACATACAAGAAGGAGGGCCACGAAGGCAGCCTTTTCGTGGACAACCAAGGGCTGTGGAGGAATTCAAGGTGAACGAACTATCTGATTTTGGTGGGGGTACTGATCCTGAAAAATACATGGAGTGGGAGAGAAAAATTGACCGAATGTTTGATTTTAAAGATCTAGAGGATGAGAAGCGTTGCAAATATGCGATTCTCAAACTGAGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2760 bp · TkA03G239810|TK1151|CDS

ATGAATCTCGATGATCTAGATTTCTTGGATTATCTTCGTGAAGCATTGAGAAACATACAAGAAGGAGGGCCACGAAGGCAGCCTTTTCGTGGACAACCAAGGGCTGTGGAGGAATTCAAGGTGAACGAACTATCTGATTTTGGTGGGGGTACTGATCCTGAAAAATACATGGAGTGGGAGAGAAAAATTGACCGAATGTTTGATTTTAAAGATCTAGAGGATGAGAAGCGTTGCAAATATGCGATTCTCAAACTGAGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

919 aa · TkA03G239810|TK1151|PROTEIN

MNLDDLDFLDYLREALRNIQEGGPRRQPFRGQPRAVEEFKVNELSDFGGGTDPEKYMEWERKIDRMFDFKDLEDEKRCKYAILKLSGGASLWFEGLKAKRTREGREKISSWESLKRKLRKRQGKMDVAEYIDEFEKLSLMGDIDEIEEQKMSCFLRGLNMNIASVVDLYPYADFGTLCGLCLKLENQGRMKYVGGSNADSMKPRPWTKPETTTPSHIGSSSSMAATKISNPAKETKETSLSKELWEEEERLGGIFNDERE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G239810`
TK1151 ID	TkA03G239810
OH-1004 ID	LXL04_020306
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	34.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.321 / OH-1004 68.903 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G239810`
位置	Chr03:59691787-59695625 (-)
描述	Similar to TY3B-I: Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_020306` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A spo:2538755 spo:2541833 spo:2541991 spo:3361422 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.671

排名 1 · TkA03G239810 · TK1151

细胞核0.391

排名 2 · TkA03G239810 · TK1151

线粒体0.058

排名 3 · TkA03G239810 · TK1151

细胞膜0.054

排名 4 · TkA03G239810 · TK1151

内质网0.050

排名 5 · TkA03G239810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732PEG10_N-capsid45-121 aa

PF30901PEG10-RTL1_C-capsid119-186 aa

PF13650Asp_protease_2353-437 aa

PF13975gag-asp_proteas353-435 aa

PF30863PRO_PEG10-RTL1361-438 aa

PF00078RVT_1534-672 aa

PF17919RT_RNaseH_2735-815 aa

PF17917RT_RNaseH760-816 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G239810	`PF03732`	PEG10_N-capsid	45	121	1.3e-15	58.2
TkA03G239810	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	119	186	0.00054	20.6
TkA03G239810	`PF13650`	Asp_protease_2	353	437	0.017	16.5
TkA03G239810	`PF13975`	gag-asp_proteas	353	435	0.09	14.1
TkA03G239810	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	361	438	1.9e-08	35.4
TkA03G239810	`PF00078`	RVT_1	534	672	4.1e-33	115.7
TkA03G239810	`PF17919`	RT_RNaseH_2	735	815	2.3e-26	92.5
TkA03G239810	`PF17917`	RT_RNaseH	760	816	2.4e-16	60.5
TkA03G239810	`PF17921`	Integrase_H2C2	889	918	0.00044	21.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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