TkA03G219290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G219290

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 54912553-54917970 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2074 bp · TkA03G219290|TK1151|cDNA

CCCACATCCGTCTTCTCTACCGAAACAGAAAAACCCATATCCAGTTTTCTGACACTCCTTTCTTCCTTTGACACCATAGAAATTTGATGGCACTTCTTCACTTGCCGGCAATCAAAGTATATTGCTTGACAGAGAAGAAGCATAAAGATGTTCAAAGCAGACCATTGAAGCTTGGAGAATCTAACTCGAGAACCACAACTTACCGAAAAGGTTCATTTCAACAAGAACGCAAACCCCAGAAAGTGAGTCTGGAAATCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1581 bp · TkA03G219290|TK1151|CDS

ATGGCACTTCTTCACTTGCCGGCAATCAAAGTATATTGCTTGACAGAGAAGAAGCATAAAGATGTTCAAAGCAGACCATTGAAGCTTGGAGAATCTAACTCGAGAACCACAACTTACCGAAAAGGTTCATTTCAACAAGAACGCAAACCCCAGAAAGTGAGTCTGGAAATCTCACCTCATAGAGCTGTGTCCGCAGTGAGGTTAATGCGGATAGAATTCGGTGGTGCTTTTGCTGACCTTTTGAACGAGAAAGGAAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

526 aa · TkA03G219290|TK1151|PROTEIN

MALLHLPAIKVYCLTEKKHKDVQSRPLKLGESNSRTTTYRKGSFQQERKPQKVSLEISPHRAVSAVRLMRIEFGGAFADLLNEKGKGSGDNEMGYVERTLGFCTRDLDDRDLRLVTDIVGGTIRWRKYLDYLILSLCHDPNSFSHMEPLLLQILRIGFYEIVKLEVPSYAVINENVELAKTALRPGAGNMVNGILRKLVALKESNSLPLPQLEGDDRAQARALATIYSHPVWMVRRWIKELGREDAIKLMKWNNSNPSFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G219290`
TK1151 ID	TkA03G219290
OH-1004 ID	LXL04_037286
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.620 / OH-1004 99.431 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G219290`
位置	Chr03:54912553-54917970 (-)
描述	Similar to rsmB: Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase B (Bacillus subtilis (strain 168)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037286` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001510 RNA methylation 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0070475 rRNA base methylation 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0008649 rRNA methyltransferase activity 分子功能 GO:0009383 rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bsu:BSU15740 syn:slr0679 ypg:YpAngola_A0613 ypo:BZ17_2920 yps:YPTB3667 ypy:YPK_0314 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.486

排名 1 · TkA03G219290 · TK1151

线粒体0.426

排名 2 · TkA03G219290 · TK1151

细胞质0.139

排名 3 · TkA03G219290 · TK1151

细胞核0.068

排名 4 · TkA03G219290 · TK1151

过氧化物酶体0.045

排名 5 · TkA03G219290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01029NusB96-198 aa

PF22458RsmF-B_ferredox229-300 aa

PF01209Ubie_methyltran325-402 aa

PF08704GCD14325-417 aa

PF01189Methyltr_RsmB-F328-522 aa

PF02475TRM5-TYW2_MTfase332-415 aa

PF01728FtsJ333-469 aa

PF13847Methyltransf_31333-471 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G219290	`PF01029`	NusB	96	198	7.1e-23	82.2
TkA03G219290	`PF22458`	RsmF-B_ferredox	229	300	1.3e-10	42.0
TkA03G219290	`PF01209`	Ubie_methyltran	325	402	0.02	15.0
TkA03G219290	`PF08704`	GCD14	325	417	0.2	12.0
TkA03G219290	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	328	522	1.5e-51	175.6
TkA03G219290	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	332	415	1e-05	26.2
TkA03G219290	`PF01728`	FtsJ	333	469	2.1e-06	28.5
TkA03G219290	`PF13847`	Methyltransf_31	333	471	1.3e-05	25.7
TkA03G219290	`PF09445`	Methyltransf_15	335	436	0.00018	21.9
TkA03G219290	`PF13649`	Methyltransf_25	337	410	3.6e-05	25.1
TkA03G219290	`PF08241`	Methyltransf_11	346	407	0.12	13.7
TkA03G219290	`PF22458`	RsmF-B_ferredox	426	465	1.3e-10	42.0
TkA03G219290	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	443	467	1e-05	26.2
TkA03G219290	`PF08241`	Methyltransf_11	443	460	0.12	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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