TkA03G213240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G213240

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 53479402-53481412 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1298 bp · TkA03G213240|TK1151|cDNA

CGATGACGTCGCAGTTACTTATTTCCACCAATCCACCTCTCTTCACTCACTTTTTAATTTTCTTTTCTAATTCTAAATTTAATTAATAATCTGGCGTGGACCACATTCGAAGTAAGATAAACACGAGTAGCTTAACCAAAAGGAAATCGTCTGTAGACAACAGTGGGATAAAGATGCAACCGACAGGCAGTGGCGGTGGCGGAGGACTATCCAGGTTCCGGTCAGCTCCGGCGACATGGCTGGAAGCACTGCTTGAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

687 bp · TkA03G213240|TK1151|CDS

ATGCAACCGACAGGCAGTGGCGGTGGCGGAGGACTATCCAGGTTCCGGTCAGCTCCGGCGACATGGCTGGAAGCACTGCTTGAATCAGAAGAAGAAGATGTAATCATTGACCCACCAAAACCAACCTTAACTCCACCTCCTCCACATAATATCGCCGGCACCACCACCAGACCTGCGTTCGCTGATCCCAATATATTCTTACCTAGCCCCGTCGGTCTTCGACAGAACAGCTCGCCGGCGGAATTCTTTTCTCAGATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

228 aa · TkA03G213240|TK1151|PROTEIN

MQPTGSGGGGGLSRFRSAPATWLEALLESEEEDVIIDPPKPTLTPPPPHNIAGTTTRPAFADPNIFLPSPVGLRQNSSPAEFFSQINNPDGYLSNYSTPNYEDYLSSSYHNVKPSRDVEQQAKFTTQLSGDQSALLDVEMDKLLGDSVPCRVRAKRGCATHPRSIAERVRRTRISDRIRKLQELVPNMDKQTNTADMLEEAVEYVKFLQTQIQELREHRDKCTCVVND

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G213240`
TK1151 ID	TkA03G213240
OH-1004 ID	LXL04_007821
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 88.732 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G213240

位置 Chr03:53479402-53481412 (-)

描述 Similar to BHLH80: Transcription factor bHLH80

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g35460`	转录因子 bHLH80。	暂无已核实直接文献
`At4g09180`	转录因子 bHLH81。	暂无已核实直接文献
`At1g51140`	转录因子 bHLH122。	暂无已核实直接文献
`At2g42280`	转录因子 bHLH130。	暂无已核实直接文献
`At1g05805`	转录因子 bHLH128。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007821 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006808 regulation of nitrogen utilization 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05805

ath:AT1G35460

ath:AT1G51140

ath:AT2G42280

ath:AT4G09180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA03G213240 · TK1151

细胞质0.114

排名 2 · TkA03G213240 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA03G213240 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA03G213240 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA03G213240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23177bHLH_IRO3163-221 aa

PF00010HLH164-209 aa

PF23173bHLH_SAC51167-211 aa

PF16789YscO-like168-215 aa

PF23176bHLH_LHW171-223 aa

PF23174bHLH_ILI173-218 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G213240	`PF23177`	bHLH_IRO3	163	221	0.00016	22.7
TkA03G213240	`PF00010`	HLH	164	209	4.2e-10	40.0
TkA03G213240	`PF23173`	bHLH_SAC51	167	211	0.0029	18.2
TkA03G213240	`PF16789`	YscO-like	168	215	0.092	13.5
TkA03G213240	`PF23176`	bHLH_LHW	171	223	5.8e-05	23.7
TkA03G213240	`PF23174`	bHLH_ILI	173	218	0.073	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C8P8`	拟南芥	sp\|Q9C8P8\|BH080_ARATH Transcription factor bHLH80	55.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M0R0`	拟南芥	sp\|Q9M0R0\|BH081_ARATH Transcription factor bHLH81	49.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C690`	拟南芥	sp\|Q9C690\|BH122_ARATH Transcription factor bHLH122	68.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q66GR3`	拟南芥	sp\|Q66GR3\|BH130_ARATH Transcription factor bHLH130	64.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q8H102`	拟南芥	sp\|Q8H102\|BH128_ARATH Transcription factor bHLH128	67.100%	Swiss-Prot	低置信

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