TkA03G203890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G203890

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 51218026-51219290 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

732 bp · TkA03G203890|TK1151|cDNA

ATGAACTCATGTAATGATACGAGTCTAGGGTTGAGGAAAGGTGCATGGACCATGGAAGAAGATATTCTTCTCAAGAACTGCATTGAGAAACACGGAGAAGGGAAATGGCACCTTATTCCTCTGAAAGCAGGGTTAAACAGGTGTAGAAAGAGCTGTAGGCTACGATGGTTGAATTATCTAAGGCCAAACATAAAAAGAGGAGGTTTCGCTGAGGATGAGGTTGATCTTATACTTAGGCTTCATAAGCTATTAGGAAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

732 bp · TkA03G203890|TK1151|CDS

ATGAACTCATGTAATGATACGAGTCTAGGGTTGAGGAAAGGTGCATGGACCATGGAAGAAGATATTCTTCTCAAGAACTGCATTGAGAAACACGGAGAAGGGAAATGGCACCTTATTCCTCTGAAAGCAGGGTTAAACAGGTGTAGAAAGAGCTGTAGGCTACGATGGTTGAATTATCTAAGGCCAAACATAAAAAGAGGAGGTTTCGCTGAGGATGAGGTTGATCTTATACTTAGGCTTCATAAGCTATTAGGAAACAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

243 aa · TkA03G203890|TK1151|PROTEIN

MNSCNDTSLGLRKGAWTMEEDILLKNCIEKHGEGKWHLIPLKAGLNRCRKSCRLRWLNYLRPNIKRGGFAEDEVDLILRLHKLLGNRWSLIAGRLSGRTANDVKNYWNTHILSRSKQRKKEPNEGESSQHTRTTIIKPIPRTISKTLNVAHDTRSLNSPNDGADNNFNVSSNVLDDSIRGYLDDLFDDREIEIEGNFGWLSFGGTSAEGEALNVVEQEDDHEIDLFDFAMDEAKTNHINSDLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G203890`
TK1151 ID	TkA03G203890
OH-1004 ID	LXL04_007673
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.473 / OH-1004 99.145 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G203890

位置 Chr03:51218026-51219290 (-)

描述 Similar to MYB113: Transcription factor MYB113

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66390`	转录激活因子，当与 BHLH12/MYC1、EGL3 或 GL3 关联时。	暂无已核实直接文献
`At1g56650`	转录激活因子，当与 BHLH12/MYC1、EGL3 或 GL3 关联时。	Sucrose-specific induction of anthocyanin biosynthesis in Arabidopsis requires the MYB75/PAP1 gene.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.066688
`At1g66380`	转录激活因子，当与 BHLH002/EGL3/MYC146、BHLH012/MYC1 或 BHLH042/TT8 结合时发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g66370`	转录激活因子，当与 BHLH002/EGL3/MYC146、BHLH012/MYC1 或 BHLH042/TT8 结合时发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007673 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009718 anthocyanin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009745 sucrose mediated signaling 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0019430 removal of superoxide radicals 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0031542 positive regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G56650

ath:AT1G66370

ath:AT1G66380

ath:AT1G66390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.954

排名 1 · TkA03G203890 · TK1151

细胞质0.121

排名 2 · TkA03G203890 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA03G203890 · TK1151

线粒体0.012

排名 4 · TkA03G203890 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA03G203890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding13-60 aa

PF23082Myb_DNA-binding_215-35 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp315-41 aa

PF13921Myb_DNA-bind_616-74 aa

PF00249Myb_DNA-binding66-110 aa

PF13921Myb_DNA-bind_671-115 aa

PF23082Myb_DNA-binding_286-104 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp3166-177 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G203890	`PF00249`	Myb_DNA-binding	13	60	1.3e-32	112.3
TkA03G203890	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	15	35	0.072	13.9
TkA03G203890	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	15	41	0.19	12.5
TkA03G203890	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	16	74	1.9e-18	67.1
TkA03G203890	`PF00249`	Myb_DNA-binding	66	110	1.3e-32	112.3
TkA03G203890	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	71	115	1.9e-18	67.1
TkA03G203890	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	86	104	0.072	13.9
TkA03G203890	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	166	177	0.19	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZTC3`	拟南芥	sp\|Q9ZTC3\|MYB90_ARATH Transcription factor MYB90	62.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FE25`	拟南芥	sp\|Q9FE25\|MYB75_ARATH Transcription factor MYB75	52.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNV8`	拟南芥	sp\|Q9FNV8\|MY114_ARATH Transcription factor MYB114	81.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FNV9`	拟南芥	sp\|Q9FNV9\|MY113_ARATH Transcription factor MYB113	64.100%	Swiss-Prot	中等置信

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