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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G202910
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 50965921-50969091 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2216 bp · TkA03G202910|TK1151|cDNA

CTAGAAACCTCCTCATCCGGTCCCGCCTGTCCCTTGGCGGTGGCATCGCCACATTCCACCAAAAGAGTATTATTTCTCGATTCGGTAGCGGATAATCATTGTCATAATTCACTCCTCATCGTCACTGTTTTCTTCCATCTTGCCCCAATTTGATTCGCATGAAAAACATCAACCCTTTTCCGATCGCTGAATAAAAGTCTCGTTTGATTTGACTTGGAAACTAGACGACTTCACGAGTCCAGCTCTTTCACATCTCACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1260 bp · TkA03G202910|TK1151|CDS

ATGTCGAATCATTGGGTGTTGTGCAGCTTTCTATGTTTATTGGCTTCCGGGGTGACGGCAAATGTTGTTTTGATGGGGAATAATCTTACTTTAGCTTTTGATGACATCGAAGCTAACTTTGCTCCACCTGTGAAAGGTTCTGGGGAGTGTGGAAGGTTGTTTCTGGCAGAGCCTCTGGATGCTTGTGGAGTTTTGAGTAATAAAACAGTTAAAGGCAGCATAAAACAGGCGTTTGTTTTAATAGTTAGAGGAGGATGTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

419 aa · TkA03G202910|TK1151|PROTEIN

MSNHWVLCSFLCLLASGVTANVVLMGNNLTLAFDDIEANFAPPVKGSGECGRLFLAEPLDACGVLSNKTVKGSIKQAFVLIVRGGCSFEDKVRRAQSAGFKAAIVYNNDDTDLVAMAGNSGGIAIHAVFVSKSSGLKLSKYAGIPSLELWIIPSYENSAWSIMAISFISLLAMSAVLATCFFVRRHRIRRERPHASRVREFHGMSSRLVKAMPSLIFTAVLEDNCTSATCAICLEDYNVGDKLRILPCRHKFHTICVDAW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G202910
TK1151 IDTkA03G202910
OH-1004 IDLXL04_007661
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G202910
位置Chr03:50965921-50969091 (-)
描述Similar to RMR2: Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g71980 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
At4g09560 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
At1g35630 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0167500 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
Os08g0104300 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007661 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0012505 endomembrane system 细胞组分
GO:0032586 protein storage vacuole membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G35630
ath:AT1G71980
ath:AT4G09560
dosa:Os03g0167500
dosa:Os08g0104300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.396
排名 1 · TkA03G202910 · TK1151
细胞质0.250
排名 2 · TkA03G202910 · TK1151
高尔基体0.215
排名 3 · TkA03G202910 · TK1151
内质网0.201
排名 4 · TkA03G202910 · TK1151
细胞膜0.153
排名 5 · TkA03G202910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225PA58-138 aa
PF01655Ribosomal_L32e79-127 aa
PF22185AF_0924207-255 aa
PF22191IBR_1218-237 aa
PF13920zf-C3HC4_3228-275 aa
PF13639zf-RING_2229-272 aa
PF17123zf-RING_11230-257 aa
PF00097zf-C3HC4230-271 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G202910PF02225PA581381.1e-1455.0
TkA03G202910PF01655Ribosomal_L32e791270.2612.3
TkA03G202910PF22185AF_09242072550.1113.1
TkA03G202910PF22191IBR_12182378.37.1
TkA03G202910PF13920zf-C3HC4_32282750.002818.1
TkA03G202910PF13639zf-RING_22292723.2e-1350.4
TkA03G202910PF17123zf-RING_112302577.9e-1142.2
TkA03G202910PF00097zf-C3HC42302712.1e-0731.4
TkA03G202910PF13923zf-C3HC4_22302713.5e-0627.4
TkA03G202910PF13445zf-RING_UBOX2302692.1e-0525.1
TkA03G202910PF14634zf-RING_52302730.0002821.5
TkA03G202910PF14447Prok-RING_42302740.02415.2
TkA03G202910PF14570zf-RING_42302730.08413.4
TkA03G202910PF12678zf-rbx12312726.3e-0523.9
TkA03G202910PF12861zf-ANAPC112402750.005617.4
TkA03G202910PF23413zf_RING_Vps8_fungal2442580.311.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZ14拟南芥sp|Q8VZ14|RMR2_ARATH Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 259.700%Swiss-Prot高置信
Q0WPW5拟南芥sp|Q0WPW5|RMR4_ARATH Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 446.700%Swiss-Prot中等置信
F4HZZ5拟南芥sp|F4HZZ5|RMR5_ARATH Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 552.900%Swiss-Prot中等置信
Q10R93水稻sp|Q10R93|RMR1_ORYSJ Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 158.700%Swiss-Prot高置信
Q69U49水稻sp|Q69U49|RMR2_ORYSJ Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 256.900%Swiss-Prot高置信

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