TkA03G197190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G197190

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 49503937-49507007 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1365 bp · TkA03G197190|TK1151|cDNA

TTTAATTTTGGGGCGGAGGGGTACTTGTCCCACACGCGAGTTTTGTTATCTTCCAAAGTTATTTAGGGCACCCTGTTGTTAAACAATCACATAAACTAAACGATGGGACGACACACCAGGTCCGGCCGGAGCAGAAGTTACAGTCCTCGTCGCAGTCCAACGCCACCTCCACCAACACGACGTCGTTACGATGACCCTCGAGACAGTCGTTACGATGACCCCCGAGACAGTCGTTACGATGACTTCCGAGACCGTCGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

585 bp · TkA03G197190|TK1151|CDS

ATGGGACGACACACCAGGTCCGGCCGGAGCAGAAGTTACAGTCCTCGTCGCAGTCCAACGCCACCTCCACCAACACGACGTCGTTACGATGACCCTCGAGACAGTCGTTACGATGACCCCCGAGACAGTCGTTACGATGACTTCCGAGACCGTCGTTCTAACACACACCGCCGCCGGTCTCCTGCTCCCTCCGGCCTCCTCGTTCGCAATATATCTCTTGGTTCTAGACCAGAAGATTTGAGGATACCTTTTGAACGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

194 aa · TkA03G197190|TK1151|PROTEIN

MGRHTRSGRSRSYSPRRSPTPPPPTRRRYDDPRDSRYDDPRDSRYDDFRDRRSNTHRRRSPAPSGLLVRNISLGSRPEDLRIPFERFGPVKDVYLPKNYYTGEPRGFGFVKFRNPEDAAEAKHQLNHRVIGGREIAIVFAEENRKTPREMRTTSQPSGRYGGGSSRRTPPRFSRRRSYSRSVSPARRDFSRERM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G197190`
TK1151 ID	TkA03G197190
OH-1004 ID	LXL04_007614
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.938 / OH-1004 76.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G197190

位置 Chr03:49503937-49507007 (-)

描述 Similar to SCL28: Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL28

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18810`	可能参与内含子识别和剪接体组装。	暂无已核实直接文献
`At3g13570`	参与内含子识别和剪接体组装。	Identification of an intronic splicing regulatory element involved in auto-regulation of alternative splicing of SCL33 pre-mRNA.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12004
`At1g55310`	参与内含子识别和剪接体组装。	暂无已核实直接文献
`At3g55460`	可能参与内含子识别和剪接体组装。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007614 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000395 mRNA 5'-splice site recognition 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006376 mRNA splice site recognition 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0016482 cytosolic transport 生物过程

GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55310

ath:AT3G13570

ath:AT5G18810

hsa:135295

mmu:14105

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.974

排名 1 · TkA03G197190 · TK1151

细胞质0.175

排名 2 · TkA03G197190 · TK1151

细胞膜0.014

排名 3 · TkA03G197190 · TK1151

线粒体0.009

排名 4 · TkA03G197190 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA03G197190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_166-135 aa

PF29326RRM_MUD2_C109-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G197190	`PF00076`	RRM_1	66	135	2e-17	63.5
TkA03G197190	`PF29326`	RRM_MUD2_C	109	143	0.025	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PDV2`	拟南芥	sp\|Q1PDV2\|SRC28_ARATH Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL28	68.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LHP2`	拟南芥	sp\|Q9LHP2\|SL30A_ARATH Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SEU4`	拟南芥	sp\|Q9SEU4\|SRC33_ARATH Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33	54.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8L3X8`	拟南芥	sp\|Q8L3X8\|SRC30_ARATH Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30	60.700%	Swiss-Prot	低置信

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