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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G190280
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 47884523-47885446 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

897 bp · TkA03G190280|TK1151|cDNA

CTAAACAACCTATTGATTAATTTTCTCAAACAACTAAACATGTCAAGGCAATATACTGAGCTCTTTCACGATAAATTGGGTCAAGTAAGTTCAAGAAAGCTTTTACTTCACACTTATTCATACCAACAATCCGTAGCTGTGGTGACAGCTCCCTCACCATCAACCCCATATACAGAACATAGCAAATTTGATGCGAATGTGGTGATGGTGCTTTCGGTACTTATATGTGCTCTAATTTGTTCACTAGGGTTGAACTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · TkA03G190280|TK1151|CDS

ATGTCAAGGCAATATACTGAGCTCTTTCACGATAAATTGGGTCAAGTAAGTTCAAGAAAGCTTTTACTTCACACTTATTCATACCAACAATCCGTAGCTGTGGTGACAGCTCCCTCACCATCAACCCCATATACAGAACATAGCAAATTTGATGCGAATGTGGTGATGGTGCTTTCGGTACTTATATGTGCTCTAATTTGTTCACTAGGGTTGAACTCCATCATTAGATGTGTTTTAAGATGCACATCCTTGGGTGGTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

220 aa · TkA03G190280|TK1151|PROTEIN

MSRQYTELFHDKLGQVSSRKLLLHTYSYQQSVAVVTAPSPSTPYTEHSKFDANVVMVLSVLICALICSLGLNSIIRCVLRCTSLGGSQSSDNQEINSAKLASTGIKKKALKTFPTVTYTEGLKLPGLDNECVICLGDFGKGERVKILPKCNHGFHVKCIDKWLSSHSSCPTCRNSLLETCQKIVTGGSCSSTTSEQGPRNTPILTIVPLQHEGVLRNFET

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G190280
TK1151 IDTkA03G190280
OH-1004 IDLXL04_007567
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.545 / OH-1004 99.545
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G190280
位置Chr03:47884523-47885446 (+)
描述Similar to ATL78: RING-H2 finger protein ATL78
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g49230 RING-H2锌指蛋白ATL78。 暂无已核实直接文献
At1g49220 RING-H2指蛋白ATL10。 暂无已核实直接文献
At1g49210 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At1g49200 RING-H2指蛋白ATL75。 暂无已核实直接文献
At3g18773 RING-H2 指蛋白 ATL77。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49200
ath:AT1G49210
ath:AT1G49220
ath:AT1G49230
ath:AT3G18773
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.317
排名 1 · TkA03G190280 · TK1151
内质网0.260
排名 2 · TkA03G190280 · TK1151
溶酶体／液泡0.259
排名 3 · TkA03G190280 · TK1151
细胞质0.198
排名 4 · TkA03G190280 · TK1151
高尔基体0.150
排名 5 · TkA03G190280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678zf-rbx167-83 aa
PF13920zf-C3HC4_3128-175 aa
PF13639zf-RING_2129-173 aa
PF17123zf-RING_11130-159 aa
PF13923zf-C3HC4_2130-172 aa
PF14634zf-RING_5130-173 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal130-134 aa
PF11793FANCL_C130-177 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G190280PF12678zf-rbx167839e-0936.2
TkA03G190280PF13920zf-C3HC4_31281750.0004120.8
TkA03G190280PF13639zf-RING_21291736.8e-1659.0
TkA03G190280PF17123zf-RING_111301592.1e-1247.2
TkA03G190280PF13923zf-C3HC4_21301721.1e-0938.6
TkA03G190280PF14634zf-RING_51301730.0001222.7
TkA03G190280PF23413zf_RING_Vps8_fungal1301340.00119.0
TkA03G190280PF11793FANCL_C1301770.03615.1
TkA03G190280PF17120zf-RING_161301710.1112.8
TkA03G190280PF29721TMEM129_C1301520.2212.6
TkA03G190280PF14446Prok-RING_11301611.310.0
TkA03G190280PF00097zf-C3HC41311722.9e-0627.7
TkA03G190280PF13445zf-RING_UBOX1311700.03914.7
TkA03G190280PF14570zf-RING_41311740.1212.9
TkA03G190280PF12678zf-rbx11431739e-0936.2
TkA03G190280PF12861zf-ANAPC111461763.7e-0524.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6NQG7拟南芥sp|Q6NQG7|ATL78_ARATH RING-H2 finger protein ATL7855.600%Swiss-Prot高置信
P0C034拟南芥sp|P0C034|ATL10_ARATH RING-H2 finger protein ATL1049.300%Swiss-Prot中等置信
Q6NML0拟南芥sp|Q6NML0|ATL76_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL7645.400%Swiss-Prot中等置信
Q94BY6拟南芥sp|Q94BY6|ATL75_ARATH RING-H2 finger protein ATL7546.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LS99拟南芥sp|Q9LS99|ATL77_ARATH RING-H2 finger protein ATL7742.400%Swiss-Prot中等置信

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