TkA03G186420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G186420

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 46938217-46942660 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1267 bp · TkA03G186420|TK1151|cDNA

ATGCTTAGTCATCATGGGCGTTTCTGGTTTCTTGTACAGTTCGGGATCCGTTGTGCGGTTTGCGTGATTTCCCCAAAATGCCCTTTTGGATACGATTCTCAGACTTTCAAGATCGGCCCTTTTAGTTGCATAATATGCCAAGCCCTCATCTTCGAGTGTAACAGATGTGTCCCTAGTACTCACGTCTTTTGCAAAGCATGTATATCAAGATTCAGTGATTGTCCACTATGTGGTGTTGACATTGAGAAGATAGAAGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkA03G186420|TK1151|CDS

ATGCTTAGTCATCATGGGCGTTTCTGGTTTCTTGTACAGTTCGGGATCCGTTGTGCGGTTTGCGTGATTTCCCCAAAATGCCCTTTTGGATACGATTCTCAGACTTTCAAGATCGGCCCTTTTAGTTGCATAATATGCCAAGCCCTCATCTTCGAGTGTAACAGATGTGTCCCTAGTACTCACGTCTTTTGCAAAGCATGTATATCAAGATTCAGTGATTGTCCACTATGTGGTGTTGACATTGAGAAGATAGAAGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · TkA03G186420|TK1151|PROTEIN

MLSHHGRFWFLVQFGIRCAVCVISPKCPFGYDSQTFKIGPFSCIICQALIFECNRCVPSTHVFCKACISRFSDCPLCGVDIEKIEADTNLPSVVDGFIDGQVSISGEQKQLWLIVILCMNDMQAFRANNVESAKSRLSLCAQDIREQLETHLSYVHSWELFWVCLMVILKCSRAMGDGTSVVGYFDESVTFLSKVGTDDLEVTHTLSVSLNKIGDLKYYEGDLKAARDHYFRALDVRRNAIKDSSKAPSQVLDVAVSLAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G186420`
TK1151 ID	TkA03G186420
OH-1004 ID	LXL04_007521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G186420

位置 Chr03:46938217-46942660 (+)

描述 Similar to NCA1: Protein NCA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54360`	具有防聚集型分子伴侣（holdase）活性，可能帮助过氧化氢酶形成具有功能的结构。	Catalase and NO CATALASE ACTIVITY1 promote autophagy-dependent cell death in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.117192 A chaperone function of NO CATALASE ACTIVITY1 is required to maintain catalase activity and for multiple stress responses in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.135095

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0044779 meiotic spindle checkpoint signaling 生物过程

GO:0044818 mitotic G2/M transition checkpoint 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54360

dre:564271

mmu:231600

xla:734287

xtr:395009

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · TkA03G186420 · TK1151

细胞核0.296

排名 2 · TkA03G186420 · TK1151

线粒体0.113

排名 3 · TkA03G186420 · TK1151

过氧化物酶体0.082

排名 4 · TkA03G186420 · TK1151

内质网0.076

排名 5 · TkA03G186420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920zf-C3HC4_318-25 aa

PF13920zf-C3HC4_342-83 aa

PF26471DUF8146135-156 aa

PF13516LRR_6205-215 aa

PF13424TPR_12206-238 aa

PF00515TPR_1209-238 aa

PF13516LRR_6229-244 aa

PF13424TPR_12255-286 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G186420	`PF13920`	zf-C3HC4_3	18	25	0.0058	17.1
TkA03G186420	`PF13920`	zf-C3HC4_3	42	83	0.0058	17.1
TkA03G186420	`PF26471`	DUF8146	135	156	0.14	13.1
TkA03G186420	`PF13516`	LRR_6	205	215	0.11	13.3
TkA03G186420	`PF13424`	TPR_12	206	238	0.0089	16.9
TkA03G186420	`PF00515`	TPR_1	209	238	0.049	14.2
TkA03G186420	`PF13516`	LRR_6	229	244	0.11	13.3
TkA03G186420	`PF13424`	TPR_12	255	286	0.0089	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2V1`	拟南芥	sp\|Q9M2V1\|NCA1_ARATH Protein NCA1	56.100%	Swiss-Prot	高置信

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