TkA03G167100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G167100

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 42292928-42309274 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1732 bp · TkA03G167100|TK1151|cDNA

TTTTATTCCATCTTTCCATATAGTCTCAAAAAAAGACTAAATCTATAACCCAAAAGATTTGAGAGATAGTAATGTCTGATCTGACGATGAAGTACGGGTGCGGTGTATTTAGTGATGTGTTTAGACGACGACCAAGACGATCTGTTTCAACAAACTTCTCTCCCGACTGACAATTTTTCAAACATCTCAATTACTCCAAGCAACCATAAGTCCAATTCCACGAGGGTAATAGTTTCAGATGATGCATCCATTGATTATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

489 bp · TkA03G167100|TK1151|CDS

ATGGAAGCGTCTCAAATGGCATCAAAGATGGACTCCAACAATAAAGATGTGAACATGATGATGCGCATAATAAATGTAGTAACGGGTGCCAGATCCAAGGGTAATGAGTTGTTTAAGGCTGCCAATTACCATGACGCTTGCATTGTATATGGGGAAGGACTTGACCATGATCCATTCAACTCTGTTTTGCTCTGCAACCGTGCTGCTTGTCGAACAAAGATGGGCCAGTTTGAGAAAGCAGTCGAAGACTGCACCAAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

162 aa · TkA03G167100|TK1151|PROTEIN

MEASQMASKMDSNNKDVNMMMRIINVVTGARSKGNELFKAANYHDACIVYGEGLDHDPFNSVLLCNRAACRTKMGQFEKAVEDCTKALKIRPTYSKARLRRADCNFKMGKWLACIEDYDVLIKEAPEDEGLSKAFREAKEQLKRNSDDQLQICTETKRVLIM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G167100`
TK1151 ID	TkA03G167100
OH-1004 ID	LXL04_001919
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	39.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.654 / OH-1004 20.199 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G167100`
位置	Chr03:42292928-42309274 (+)
描述	Similar to TTL1: TPR repeat-containing thioredoxin TTL1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001919` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006457 protein folding 生物过程 GO:0006950 response to stress 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009733 response to auxin 生物过程 GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G53300 ath:AT2G42580 ath:AT3G14950 ath:AT3G58620 mmu:56354 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.530

排名 1 · TkA03G167100 · TK1151

细胞核0.344

排名 2 · TkA03G167100 · TK1151

线粒体0.142

排名 3 · TkA03G167100 · TK1151

细胞膜0.055

排名 4 · TkA03G167100 · TK1151

过氧化物酶体0.046

排名 5 · TkA03G167100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25575TPR_BSK1_C19-97 aa

PF00515TPR_133-58 aa

PF07719TPR_233-59 aa

PF13181TPR_833-55 aa

PF13432TPR_1633-93 aa

PF13428TPR_1434-68 aa

PF13414TPR_1134-60 aa

PF14559TPR_1938-81 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G167100	`PF25575`	TPR_BSK1_C	19	97	0.00066	20.3
TkA03G167100	`PF00515`	TPR_1	33	58	2.5e-14	53.1
TkA03G167100	`PF07719`	TPR_2	33	59	2.5e-12	46.6
TkA03G167100	`PF13181`	TPR_8	33	55	0.00014	22.4
TkA03G167100	`PF13432`	TPR_16	33	93	0.21	12.8
TkA03G167100	`PF13428`	TPR_14	34	68	0.0008	20.6
TkA03G167100	`PF13414`	TPR_11	34	60	0.0014	19.0
TkA03G167100	`PF14559`	TPR_19	38	81	9.4e-06	26.6
TkA03G167100	`PF00562`	RNA_pol_Rpb2_6	38	156	0.11	12.3
TkA03G167100	`PF13174`	TPR_6	39	50	3.5e-05	24.9
TkA03G167100	`PF04733`	Coatomer_E	41	110	0.02	15.0
TkA03G167100	`PF12895`	ANAPC3	42	115	0.00022	22.2
TkA03G167100	`PF12968`	DUF3856	46	143	0.02	15.5
TkA03G167100	`PF13431`	TPR_17	50	81	5e-09	36.4
TkA03G167100	`PF00515`	TPR_1	63	94	2.5e-14	53.1
TkA03G167100	`PF07719`	TPR_2	63	94	2.5e-12	46.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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