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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA03G163320
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 41420532-41423616 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

1604 bp · TkA03G163320|TK1151|cDNA

CTTGCATACCCAAGGCCATGCCGGCCATACACAAAGCCATACCTCTGCCACTGCCATCTTTTTACAATCGGCGATTTGGGCTATCTATACACACGCGGATTGCCTGTCTTCTTCATCCTGCTGCCCTTTTCATCGATCTGTAAACTTCTCCGTCTCTACAAGTTCTACAACTGATACGTTTCTTATAAGCCCTAAATTGAAGAGCCTATTGGGTTTCGATTCCAATTTCAGCGATGTGTAAAGTCGGTGGTCTTTCAGCA...

945 bp · TkA03G163320|TK1151|CDS

ATGAGTCATTTTGTTTTAGCAATGGAAGGTGCTCGTATATTTTTCCAGTCTTTAGATGCAGCAATATTTTTGTTTTCACGAGTTTCACAAATTCCAACAGAAAGTCTTGTACATCCTGTCATATCCACCAATGATCGCCTTACTTTAGGCTGTGAATTATGGGATGGAATGATTATTCGTGGTCAAAATGAGATATCTCATCCCACTAATGGATCTTTGCAACTTGTAAATAAGGTAAATTCTTCCACATTACCTTCAAG...

314 aa · TkA03G163320|TK1151|PROTEIN

MSHFVLAMEGARIFFQSLDAAIFLFSRVSQIPTESLVHPVISTNDRLTLGCELWDGMIIRGQNEISHPTNGSLQLVNKVNSSTLPSRIKRAFYMSSEGSNLLHEVFPNVNPTVLEQLRNVDCIILYGISFYFHLPLSGFTRSWGDYSFKIMCKTLICLSALMVGSRMYMQVDLQAQARAHRFGQKKEILVLRLETVKSVEEQVRASAKHKLGVANQSIAAGFFDNNTSESEIDVFEELDKKRQEEELAVWKQVVLEQVTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G163320
TK1151 IDTkA03G163320
OH-1004 IDLXL04_027331
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)92.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 39.172 / OH-1004 25.051
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G163320
位置Chr03:41420532-41423616 (-)
描述Similar to YNL011C: Uncharacterized protein YNL011C (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g28290 染色质结构重塑复合体(RSC)的催化组分,参与转录调控和核小体定位。 暂无已核实直接文献
At3g06010 可能的染色质重塑因子,在根和茎干细胞起始、根尖分生组织 和茎尖分生组织 维持中与 CHR23 功能冗余。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_027331 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0043743 LPPG:FO 2-phospho-L-lactate transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
bha:BH3568
bsu:BSU34760
cac:CA_C0512
lmo:lmo2473
sce:YNL011C
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞质0.391
排名 1 · TkA03G163320 · TK1151
细胞核0.370
排名 2 · TkA03G163320 · TK1151
线粒体0.186
排名 3 · TkA03G163320 · TK1151
内质网0.083
排名 4 · TkA03G163320 · TK1151
细胞膜0.066
排名 5 · TkA03G163320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01933CofD16-125 aa
PF01933CofD196-240 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G163320PF01933CofD161250.001119.0
TkA03G163320PF01933CofD1962400.001119.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IHS2拟南芥sp|F4IHS2|SYD_ARATH Chromatin structure-remodeling complex protein SYD54.500%Swiss-Prot低置信
F4J9M5拟南芥sp|F4J9M5|CHR12_ARATH Probable ATP-dependent DNA helicase CHR1243.800%Swiss-Prot低置信

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