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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G159420
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 40420183-40421793 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1611 bp · TkA03G159420|TK1151|cDNA

ATGCCGAGGATGATACGCACGTTAAAAAAGGTTCGAATGTCATATTCATGGAATAATTCCACTTGTGGGTTGTTCGGCAATGGAGGTTTTAGGGACTTAACAAGACCAGCTTTTGCAGCCATCAGATACTTTGTATCATGCACGTCAAAAGAAGATTCATACGAGTTGAACCGAATGTTAACACAATGTGAAGGCAGCATAAGATCTATTAAAAATATGCACGCTAAGATCATCATTGGAGGTTATGAGCAAAATGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1611 bp · TkA03G159420|TK1151|CDS

ATGCCGAGGATGATACGCACGTTAAAAAAGGTTCGAATGTCATATTCATGGAATAATTCCACTTGTGGGTTGTTCGGCAATGGAGGTTTTAGGGACTTAACAAGACCAGCTTTTGCAGCCATCAGATACTTTGTATCATGCACGTCAAAAGAAGATTCATACGAGTTGAACCGAATGTTAACACAATGTGAAGGCAGCATAAGATCTATTAAAAATATGCACGCTAAGATCATCATTGGAGGTTATGAGCAAAATGTTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

536 aa · TkA03G159420|TK1151|PROTEIN

MPRMIRTLKKVRMSYSWNNSTCGLFGNGGFRDLTRPAFAAIRYFVSCTSKEDSYELNRMLTQCEGSIRSIKNMHAKIIIGGYEQNVFVGSKLIAIYSGLGQSYIEDARKLFDNLSERDVFLWNMMIQTYANSDLCPKALDMYNKMREQDLHLDKYTFTFVLKASGIKKDEKAGRIIHGHVMKCGFYLDLFVGNALIAFYAKCQMIEPCMKVFDEMPKRDLVSWNTAISSCATNDRITKALDLFRTLLHEQSLITPDHATL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G159420
TK1151 IDTkA03G159420
OH-1004 IDLXL04_007337
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G159420
位置Chr03:40420183-40421793 (-)
描述Similar to PCMP-H6: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g33760
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献
At1g50270 含五聚肽重复序列的蛋白At1g50270。 暂无已核实直接文献
At3g11460 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
MEF10 is required for RNA editing at nad2-842 in mitochondria of Arabidopsis thaliana and interacts with MORF8.2013 · DOI: 10.1007/s11103-012-0003-2
At5g39350 含五肽重复的蛋白 At5g39350。 暂无已核实直接文献
At4g38010 含五重复肽结构蛋白 At4g38010。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007337 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50270
ath:AT2G33760
ath:AT3G12770
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.712
排名 1 · TkA03G159420 · TK1151
质体0.170
排名 2 · TkA03G159420 · TK1151
细胞核0.041
排名 3 · TkA03G159420 · TK1151
细胞质0.027
排名 4 · TkA03G159420 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA03G159420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_292-118 aa
PF01535PPR104-118 aa
PF12854PPR_1104-112 aa
PF12854PPR_1116-146 aa
PF13041PPR_2117-163 aa
PF01535PPR121-148 aa
PF23276TPR_24123-213 aa
PF29070MSC6_N125-163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G159420PF13041PPR_2921181.5e-35121.7
TkA03G159420PF01535PPR1041183.7e-38127.8
TkA03G159420PF12854PPR_11041128.9e-1761.3
TkA03G159420PF12854PPR_11161468.9e-1761.3
TkA03G159420PF13041PPR_21171631.5e-35121.7
TkA03G159420PF01535PPR1211483.7e-38127.8
TkA03G159420PF23276TPR_241232131.7e-1041.7
TkA03G159420PF29070MSC6_N1251630.002217.9
TkA03G159420PF17177PPR_long1301622.4e-0834.3
TkA03G159420PF13812PPR_31431723.3e-0834.2
TkA03G159420PF12854PPR_11501598.9e-1761.3
TkA03G159420PF20431E_motif1611686e-1143.1
TkA03G159420PF13812PPR_31832183.3e-0834.2
TkA03G159420PF01535PPR1932193.7e-38127.8
TkA03G159420PF13041PPR_21932191.5e-35121.7
TkA03G159420PF12854PPR_11932158.9e-1761.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic33.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SX45拟南芥sp|Q9SX45|PPR75_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g5027036.100%Swiss-Prot中等置信
Q9CAY1拟南芥sp|Q9CAY1|PP223_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial34.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FLZ9拟南芥sp|Q9FLZ9|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3935032.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SZK1拟南芥sp|Q9SZK1|PP355_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3801033.100%Swiss-Prot中等置信

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