TkA03G146590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G146590

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 37360951-37366498 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3665 bp · TkA03G146590|TK1151|cDNA

CTTAATCCCAAGCACCTCTAAATTGGAGGAGATTCTAAATCGTCTGCTATTGCCTTCAACCGGAGTCCAGAAACACCGTTACCACTCCTTTGTTCAACAAAATCAAGGGCTTGATTCTATATTTTCCCAATTAAAAGCCATCATCATACTAATTCCATCTCAAATTTTGTCTGCATAAGTTAATTAACATCTGATTTCATTATGAGAACTCGAAAATCAGACAATCCCAAATCGCCCCCTGCGCCAAAAAGAACCCCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2217 bp · TkA03G146590|TK1151|CDS

ATGAGAACTCGAAAATCAGACAATCCCAAATCGCCCCCTGCGCCAAAAAGAACCCCACCGGCCAGAAAATCGGCAACTAAAACCCCTCCCACGCGACCACTCCATGCCTCCCAGCAATCACCATCCACGGTTACTCCTAAGCGTGACTCCGTCACTAGAGGGAAGACCGTGGTGACGAACGATACTCCAGCAACGACTCCAGAAACGCCAGTCAGCGCGATAAAACCACAGGTTGACACAGCCAAGGCAACTCCTAGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

738 aa · TkA03G146590|TK1151|PROTEIN

MRTRKSDNPKSPPAPKRTPPARKSATKTPPTRPLHASQQSPSTVTPKRDSVTRGKTVVTNDTPATTPETPVSAIKPQVDTAKATPRAIRTIKRVVKKTVIRKKPKLADSKAQPDSVAVKKEDTELFTEKDSFDEVKDMGHENQQETSPIDAKNSVKEEEHVDDVCMPLKEDEDTMKENKETIDEKSLKIQEPFIEAKIEEEEEEPEEEPEEEQLIDNQEIIMEKEQNIEIEEEPMECFDDEVDMEKNTNEQVQLIENQQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G146590`
TK1151 ID	TkA03G146590
OH-1004 ID	LXL04_007249
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	77.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G146590

位置 Chr03:37360951-37366498 (-)

描述 Similar to LIF2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49760`	结合 mRNA 的聚 (A) 尾。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007249 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00830

hsa:10236

hsa:10492

mmu:56403

rno:363113

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · TkA03G146590 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkA03G146590 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA03G146590 · TK1151

线粒体0.020

排名 4 · TkA03G146590 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA03G146590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07860CCD28-80 aa

PF24637RRM_DEAH11106-132 aa

PF13893RRM_5258-291 aa

PF24637RRM_DEAH11385-413 aa

PF16367RRM_7393-453 aa

PF14605Nup35_RRM_2393-450 aa

PF00076RRM_1394-462 aa

PF13893RRM_5396-471 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G146590	`PF07860`	CCD	28	80	0.035	14.9
TkA03G146590	`PF24637`	RRM_DEAH11	106	132	0.053	14.6
TkA03G146590	`PF13893`	RRM_5	258	291	0.03	14.7
TkA03G146590	`PF24637`	RRM_DEAH11	385	413	0.053	14.6
TkA03G146590	`PF16367`	RRM_7	393	453	0.00015	22.4
TkA03G146590	`PF14605`	Nup35_RRM_2	393	450	0.25	12.0
TkA03G146590	`PF00076`	RRM_1	394	462	3.9e-17	62.6
TkA03G146590	`PF13893`	RRM_5	396	471	0.03	14.7
TkA03G146590	`PF24637`	RRM_DEAH11	430	472	0.053	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FXA2`	拟南芥	sp\|Q9FXA2\|PABP8_ARATH Polyadenylate-binding protein 8	26.000%	Swiss-Prot	低置信

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