RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G139010
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 35622241-35623883 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1575 bp · TkA03G139010|TK1151|cDNA

ATGGATAGAGAGTGTTGTTGAGTGTTGCGAAAAAAAAAAAAATTTTGTTGTAGTAGAGTAGTCGGTAGATTTTGTAAAATGTTTCGATAACTTTACATGAATTAAAAGATTCTAACATTTTGGCAAGAAAGGACTAAAATTCAAAGCTTTCAACGGTCCAATCTCCATACCAGTATGCTTCGATGTCCTAAATTCCCCGTCAATCGCCTTGCGGGATATATTCTTCGCCAACTCGCTGTCCAAGTTAATCAGCTTCGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · TkA03G139010|TK1151|CDS

ATGCTTCGATGTCCTAAATTCCCCGTCAATCGCCTTGCGGGATATATTCTTCGCCAACTCGCTGTCCAAGTTAATCAGCTTCGTGCGAAATCCGGCCGTCCTCCTTTCAAGAACAGATACGACGACAACGACGAGGACGATAACAATGGTTATATCCGAAAGAGAAAGGACAATCAGGAGGATCGTTTACAGCTATACAAAAGCAGGGGGCAACATCTTTTAACCAACACCCGAATCCTCGATTCCATTGTTAAGAACTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

365 aa · TkA03G139010|TK1151|PROTEIN

MLRCPKFPVNRLAGYILRQLAVQVNQLRAKSGRPPFKNRYDDNDEDDNNGYIRKRKDNQEDRLQLYKSRGQHLLTNTRILDSIVKNSGVGPADTVLEIGPGTGNLTLKLLEVAHKVVAVEVDNRMVQVLQTRVSEHGLAEKLTIISEDALKTDFLHFDLVVANIPYGISSPLIAKLVFGGYKFRSATLLLQKEFAIRLLANPGDSDFNRLAVNVKLVADIDHVMNVSKKEFVPIPKVDSSVVKIRLKTEIPDVDLNEWWA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G139010
TK1151 IDTkA03G139010
OH-1004 IDLXL04_026767
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)30.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 66.575 / OH-1004 76.401
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G139010
位置Chr03:35622241-35623883 (-)
描述Similar to PFC1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g66360 N6-腺嘌呤甲基转移酶，修饰植物线粒体 18S rRNA 核苷酸 A1914 和 A1915 处的 AA 二核苷酸。
A mitochondrial rRNA dimethyladenosine methyltransferase in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04079.x
At2g47420 N6-腺嘌呤甲基转移酶，可修饰植物核 18S rRNA 中 A1785 和 A1786 的 AA 双核苷酸。
Nuclear ribosome biogenesis mediated by the DIM1A rRNA dimethylase is required for organized root growth and epidermal patterning in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101022

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0031167 rRNA methylation 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0000179 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0016422 mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity 分子功能
GO:0052908 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ana:alr3229
ath:AT1G01860
cmu:TC_0633
mta:Moth_0052
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.918
排名 1 · TkA03G139010 · TK1151
细胞核0.084
排名 2 · TkA03G139010 · TK1151
细胞质0.069
排名 3 · TkA03G139010 · TK1151
质体0.015
排名 4 · TkA03G139010 · TK1151
细胞膜0.015
排名 5 · TkA03G139010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02527GidB62-161 aa
PF00398RrnaAD67-302 aa
PF05175MTS79-166 aa
PF13679Methyltransf_3279-144 aa
PF02353CMAS80-149 aa
PF01209Ubie_methyltran82-168 aa
PF06325PrmA89-164 aa
PF01135PCMT90-148 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G139010PF02527GidB621610.02514.7
TkA03G139010PF00398RrnaAD673023.5e-59200.8
TkA03G139010PF05175MTS791669.7e-0626.0
TkA03G139010PF13679Methyltransf_32791440.08613.5
TkA03G139010PF02353CMAS801490.04113.9
TkA03G139010PF01209Ubie_methyltran821680.0007919.6
TkA03G139010PF06325PrmA891644.8e-0523.7
TkA03G139010PF01135PCMT901480.08513.3
TkA03G139010PF12847Methyltransf_18911520.2212.2
TkA03G139010PF13847Methyltransf_31921635.4e-0523.7
TkA03G139010PF13489Methyltransf_23921610.001219.3
TkA03G139010PF05219DREV921320.04113.7
TkA03G139010PF01596Methyltransf_3921520.09212.8
TkA03G139010PF02390Methyltransf_4941510.03814.2
TkA03G139010PF13649Methyltransf_25951631.9e-0938.8
TkA03G139010PF08241Methyltransf_11961631.9e-0629.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FK02拟南芥sp|Q9FK02|DIM1B_ARATH Ribosomal RNA small subunit methyltransferase, mitochondrial64.500%Swiss-Prot高置信
O22268拟南芥sp|O22268|DIM1A_ARATH Ribosomal RNA small subunit methyltransferase43.700%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看