TkA03G134210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G134210

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 34398537-34399371 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

768 bp · TkA03G134210|TK1151|cDNA

ATGATCGATGAGCTCAAACAGGCTTTGATTCCTGAACGGTTTGGAGATTCAACCTATTTAATAGATTCAATTGCTGTGGCTGAATTTGGGGGTAGATTGATTCATGAGTTACGTGGAAAAGGCAGCCATGGAAGACCTTCAGGATCACTCGCTGTTCAACGCGAGCCAATTGATCGAGCAGCCATTGAAGAAGCAATTAAGGTCGTGACTTGTTTCTATGAAGATAAAACCGAATGGGCTACCGGCCCCGATTTTGACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

768 bp · TkA03G134210|TK1151|CDS

ATGATCGATGAGCTCAAACAGGCTTTGATTCCTGAACGGTTTGGAGATTCAACCTATTTAATAGATTCAATTGCTGTGGCTGAATTTGGGGGTAGATTGATTCATGAGTTACGTGGAAAAGGCAGCCATGGAAGACCTTCAGGATCACTCGCTGTTCAACGCGAGCCAATTGATCGAGCAGCCATTGAAGAAGCAATTAAGGTCGTGACTTGTTTCTATGAAGATAAAACCGAATGGGCTACCGGCCCCGATTTTGACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

255 aa · TkA03G134210|TK1151|PROTEIN

MIDELKQALIPERFGDSTYLIDSIAVAEFGGRLIHELRGKGSHGRPSGSLAVQREPIDRAAIEEAIKVVTCFYEDKTEWATGPDFDLLEKVHEAAEELQMLIDEKSYHLVSATAKQKHMDDAAHEEEEEHSNETPRLKQSHTSKNIDRHMTNMSMNLPWAGSCEEDALKMQLQWSSRLSFVGEAILNEREVRTYESASALSLANFTSSLFEFVARLQNLLNSFKELSEKAKFTDTKKPLEKEEGGFWTRLMGFNN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G134210`
TK1151 ID	TkA03G134210
OH-1004 ID	LXL04_005812
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.157 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G134210

位置 Chr03:34398537-34399371 (-)

描述 Similar to ALMT6: Aluminum-activated malate transporter 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02730`	参与茎和根的生长。	Disruption of ATCSLD5 results in reduced growth, reduced xylan and homogalacturonan synthase activity and altered xylan occurrence in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03281.x
`At2g17470`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g68600`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g25480`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0555600`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005812 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0015743 malate transport 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0071423 malate transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02730

ath:AT1G25480

ath:AT1G68600

ath:AT2G17470

ath:AT3G18440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.476

排名 1 · TkA03G134210 · TK1151

细胞核0.389

排名 2 · TkA03G134210 · TK1151

细胞膜0.145

排名 3 · TkA03G134210 · TK1151

线粒体0.091

排名 4 · TkA03G134210 · TK1151

高尔基体0.077

排名 5 · TkA03G134210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03552Cellulose_synt5-80 aa

PF11744ALMT53-227 aa

PF26387DUF6079_5th83-107 aa

PF27626CNOT10_TPR87-166 aa

PF03552Cellulose_synt125-144 aa

PF26387DUF6079_5th163-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G134210	`PF03552`	Cellulose_synt	5	80	2.5e-10	40.3
TkA03G134210	`PF11744`	ALMT	53	227	9.9e-21	74.9
TkA03G134210	`PF26387`	DUF6079_5th	83	107	0.093	13.2
TkA03G134210	`PF27626`	CNOT10_TPR	87	166	0.014	15.8
TkA03G134210	`PF03552`	Cellulose_synt	125	144	2.5e-10	40.3
TkA03G134210	`PF26387`	DUF6079_5th	163	237	0.093	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRW9`	拟南芥	sp\|Q9SRW9\|CSLD5_ARATH Cellulose synthase-like protein D5	57.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SHM1`	拟南芥	sp\|Q9SHM1\|ALMT6_ARATH Aluminum-activated malate transporter 6	41.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93Z29`	拟南芥	sp\|Q93Z29\|ALMT5_ARATH Aluminum-activated malate transporter 5	40.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C6L8`	拟南芥	sp\|Q9C6L8\|ALMT4_ARATH Aluminum-activated malate transporter 4	38.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2QNS6`	水稻	sp\|Q2QNS6\|CSLD4_ORYSJ Cellulose synthase-like protein D4	55.600%	Swiss-Prot	低置信

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