TkA03G130660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G130660

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 33511363-33514817 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2040 bp · TkA03G130660|TK1151|cDNA

ATGGAGTGAGCCTTTGAACACAACGAACGATGCGACGGTGACCGGCGAAGCCACAGAGACGGAATCCGGTGACGAAAAGCTAGAGGAGGTGAAGCCGCAGGCGGTTCCGGTGAGGCGGAGAGGGGTGGAGATCGATGATGAGGTCCACATAATGCATTATCCTTCGTCCTTCGACTCAGCAGTTTACTCTTCCTTTGAAGACACGGAAATACAAAATTGAGCAACAAATGGCAATGCAGATTAGACGGAACATGTGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · TkA03G130660|TK1151|CDS

ATGAGGGTCCTCCTCCTCTATAATTCACCATCCTCTTCATTCTCAATACCACCACCACCACCTACAACCACCACTCACCGCCCTCAAAAGCCCCTAAAACCATCTTTCATCCGTTCACTAACTGCAACTACCCTCTCTTTTAATCTCCTCTTTTTCTCACCACTCTCTCCTCTCCCTCCTCTTTCAATTGCTTCCGATTTCAGTCCTTCAAGTTCACAATTGGAGTGTCGTGAAGAAGATCAATTTATTGAAGAGGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · TkA03G130660|TK1151|PROTEIN

MRVLLLYNSPSSSFSIPPPPPTTTTHRPQKPLKPSFIRSLTATTLSFNLLFFSPLSPLPPLSIASDFSPSSSQLECREEDQFIEEEKAPELVTNEELVKEAWEVVNDSYLDTGRNQWSPESWLQKKEDIIGTYLPSRSKAQDVIRKMLSTLHDPYTRFLSPSELSKMGRYDMSGIGVNLREIPDENGEVKLKVLGLILDGPAYVAGVRQGDELLSINGVDIKGKSSFEALTLLQGPTDTSVNITVKHGNCGPIKSVDLKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G130660`
TK1151 ID	TkA03G130660
OH-1004 ID	LXL04_007177
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G130660

位置 Chr03:33511363-33514817 (+)

描述 Similar to CTPA1: Carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46390`	参与光系统 II 叶绿体 D1 蛋白 C 端加工的蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At4g17740`	参与光系统 II 叶绿体 D1 蛋白 C 端加工的蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At3g57680`	参与光系统 II 叶绿体 D1 蛋白 C 端加工的蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007177 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009543 chloroplast thylakoid lumen 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0031977 thylakoid lumen 细胞组分

GO:0004175 endopeptidase activity 分子功能

GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0008233 peptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAC49799

ath:AT4G17740

ath:AT5G46390

syn:slr0008

syp:SYNPCC7002_A0843

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.979

排名 1 · TkA03G130660 · TK1151

线粒体0.027

排名 2 · TkA03G130660 · TK1151

细胞质0.019

排名 3 · TkA03G130660 · TK1151

过氧化物酶体0.016

排名 4 · TkA03G130660 · TK1151

细胞膜0.014

排名 5 · TkA03G130660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00595PDZ172-245 aa

PF13180PDZ_2175-249 aa

PF17820PDZ_6199-246 aa

PF14685PDZ_Tricorn205-252 aa

PF03572Peptidase_S41282-443 aa

PF14685PDZ_Tricorn336-388 aa

PF14685PDZ_Tricorn416-440 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G130660	`PF00595`	PDZ	172	245	2.9e-06	28.3
TkA03G130660	`PF13180`	PDZ_2	175	249	3.4e-06	27.9
TkA03G130660	`PF17820`	PDZ_6	199	246	3.3e-09	37.0
TkA03G130660	`PF14685`	PDZ_Tricorn	205	252	0.011	16.6
TkA03G130660	`PF03572`	Peptidase_S41	282	443	3.1e-49	167.4
TkA03G130660	`PF14685`	PDZ_Tricorn	336	388	0.011	16.6
TkA03G130660	`PF14685`	PDZ_Tricorn	416	440	0.011	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KHG6`	拟南芥	sp\|F4KHG6\|CTPA1_ARATH Carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic	59.700%	Swiss-Prot	高置信
`O23614`	拟南芥	sp\|O23614\|CTPA2_ARATH Carboxyl-terminal-processing peptidase 2, chloroplastic	36.000%	Swiss-Prot	中等置信
`F4J3G5`	拟南芥	sp\|F4J3G5\|CTPA3_ARATH Carboxyl-terminal-processing peptidase 3, chloroplastic	36.700%	Swiss-Prot	中等置信

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