TkA03G128010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G128010

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 32850177-32855168 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1711 bp · TkA03G128010|TK1151|cDNA

GGAAGGGTGAATGTGAGTACAGACTCAGGGGCTAGAGAGATAGCAGCAGCTTTGCTTTTGACCGGTCAAGTTGTTGCTGTTTTGGAATTATTGAAGAGTTTTAATTATTGTGATATGAAGATATGTGAGGAGATTTTGAAGAAGGGAAATCATGATGTTTGTTTGTTAGGGCTTTATAAATACAACTCAATGCATCGTGAAGCTCTTAAACTTCTTCATGAGTTAGTGGAGGATTCTAAATTGGAACACCCTAAAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2970 bp · TkA03G128010|TK1151|CDS

ATGGTGCACACTGCATACGATACTCGCGAATTGCTCATTGATTGTCCGAAGAAGATCAATGCGGTCGAATACTACGGCGCAAAGCTACTCCTCGCTTGCTCCGACGGATCCCTACAAATCTACGGTTCGGAATCCGCTAACCGATCTTCTTCCTATCAAAATCTGGAACTCAAGAAGGAACTCTACGTGCTTGAAAGAAACGTCAGTGGATTCTCCAAAAAACAGGTGTGGTCAATGGAGGTATTGGCGTCGAGAGAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

989 aa · TkA03G128010|TK1151|PROTEIN

MVHTAYDTRELLIDCPKKINAVEYYGAKLLLACSDGSLQIYGSESANRSSSYQNLELKKELYVLERNVSGFSKKQVWSMEVLASRELLLSLSESIAIHRLPNLEPVTVISKAKGAGAYSWDDRRGFLCFARQKRVCIFRHDGVRGFVEVKEFAVPDTVRSMSWCGENICVGVRREYTILNATNGTLYEIFPWGRIAPPVVVPFPSGELLLGKDNIGVLVDQNGKLMQEGRICWSEPPIRVVIQKPYAIALLPKHIEIRSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G128010`
TK1151 ID	TkA03G128010
OH-1004 ID	LXL04_007160
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.798 / OH-1004 99.798 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G128010

位置 Chr03:32850177-32855168 (-)

描述 Similar to VPS39: Vacuolar sorting protein 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36630`	胚胎发生期间必需的蛋白质。	Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1717839115

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007160 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0061909 autophagosome-lysosome fusion 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

GO:0097576 vacuole fusion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36630

hsa:23339

mmu:269338

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.511

排名 1 · TkA03G128010 · TK1151

细胞核0.236

排名 2 · TkA03G128010 · TK1151

高尔基体0.228

排名 3 · TkA03G128010 · TK1151

溶酶体／液泡0.186

排名 4 · TkA03G128010 · TK1151

细胞膜0.125

排名 5 · TkA03G128010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00780CNH61-278 aa

PF10367zf-Vps39_C194-207 aa

PF00637Clathrin344-360 aa

PF10366Vps39_1494-603 aa

PF00637Clathrin494-558 aa

PF00637Clathrin623-741 aa

PF24925DUF7746771-811 aa

PF00780CNH850-916 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G128010	`PF00780`	CNH	61	278	3.6e-25	90.0
TkA03G128010	`PF10367`	zf-Vps39_C	194	207	2e-16	60.0
TkA03G128010	`PF00637`	Clathrin	344	360	0.008	16.6
TkA03G128010	`PF10366`	Vps39_1	494	603	1.6e-23	83.7
TkA03G128010	`PF00637`	Clathrin	494	558	0.008	16.6
TkA03G128010	`PF00637`	Clathrin	623	741	0.008	16.6
TkA03G128010	`PF24925`	DUF7746	771	811	0.15	12.9
TkA03G128010	`PF00780`	CNH	850	916	3.6e-25	90.0
TkA03G128010	`PF10366`	Vps39_1	897	933	1.6e-23	83.7
TkA03G128010	`PF13771`	zf-HC5HC2H	913	976	0.17	12.8
TkA03G128010	`PF10367`	zf-Vps39_C	936	973	2e-16	60.0
TkA03G128010	`PF09943`	DUF2175	944	982	0.2	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5Y0`	拟南芥	sp\|Q8L5Y0\|VPS39_ARATH Vacuolar sorting protein 39	61.800%	Swiss-Prot	高置信

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