TkA03G126390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G126390

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 32415395-32417801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1055 bp · TkA03G126390|TK1151|cDNA

CATAGCTTCACGCGAAGAAACGGAGCGAGGAATGGGATCGAGAGAGAAGGACAACGATATGCAACGTTTGATTCCTCTAAAAGGATTAGGATTACCGGAAACTAATGGTGACACGAGATCTTCATCGCCGGCGGGCACCTTGACTCCTCCGGGAGCTTCCTCCTCGGCACGTCGTTCCGGAAAAGAGGCATTAGTCAAAGTTATTCACAGTTGGGCTTCAAAAAAGTTCATGAGTGGATGTGTCATTTTATTTCCCATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

822 bp · TkA03G126390|TK1151|CDS

ATGGGATCGAGAGAGAAGGACAACGATATGCAACGTTTGATTCCTCTAAAAGGATTAGGATTACCGGAAACTAATGGTGACACGAGATCTTCATCGCCGGCGGGCACCTTGACTCCTCCGGGAGCTTCCTCCTCGGCACGTCGTTCCGGAAAAGAGGCATTAGTCAAAGTTATTCACAGTTGGGCTTCAAAAAAGTTCATGAGTGGATGTGTCATTTTATTTCCCATAGCCATCACATTTTACGTAACTTGGTGGTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

273 aa · TkA03G126390|TK1151|PROTEIN

MGSREKDNDMQRLIPLKGLGLPETNGDTRSSSPAGTLTPPGASSSARRSGKEALVKVIHSWASKKFMSGCVILFPIAITFYVTWWFIHFVDGFFSPILTLLGINIFGLGFVTSISFIFVIGVFMSSWLGSNLLTLGEFIIKKMPFMSYIYTASKQISVAISPGQSSNAFKEVAIIKHPSVGEYAIGFITSTLTLRKNSGAEELCCVYVPTNHLYMGDIVLVGSKDIMRPNISVREGIEIVISGGMSIPKILTTTTNSQTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G126390`
TK1151 ID	TkA03G126390
OH-1004 ID	LXL04_002555
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.842 / OH-1004 90.875 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G126390

位置 Chr03:32415395-32417801 (-)

描述 Similar to COV1: Protein CONTINUOUS VASCULAR RING 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18460`	类似 COV 3 的蛋白质。	暂无已核实直接文献
`At2g20130`	类似COV 1的蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g20120`	参与茎中血管模式的调节，可能是通过负向调节维管组织的分化。	Isolation of COV1, a gene involved in the regulation of vascular patterning in the stem of Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00441
`At1g43130`	类似COV 2的蛋白质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002555 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010222 stem vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G43130

ath:AT2G18460

ath:AT2G20120

ath:AT2G20130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.453

排名 1 · TkA03G126390 · TK1151

高尔基体0.215

排名 2 · TkA03G126390 · TK1151

细胞膜0.128

排名 3 · TkA03G126390 · TK1151

细胞质0.120

排名 4 · TkA03G126390 · TK1151

细胞核0.100

排名 5 · TkA03G126390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29581YDR476C_C57-94 aa

PF04367DUF50272-95 aa

PF04367DUF502112-212 aa

PF29581YDR476C_C114-159 aa

PF29581YDR476C_C244-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G126390	`PF29581`	YDR476C_C	57	94	0.35	12.3
TkA03G126390	`PF04367`	DUF502	72	95	4.9e-24	85.0
TkA03G126390	`PF04367`	DUF502	112	212	4.9e-24	85.0
TkA03G126390	`PF29581`	YDR476C_C	114	159	0.35	12.3
TkA03G126390	`PF29581`	YDR476C_C	244	271	0.35	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IQJ6`	拟南芥	sp\|F4IQJ6\|LCV3_ARATH Protein LIKE COV 3	68.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VY49`	拟南芥	sp\|Q8VY49\|LCV1_ARATH Protein LIKE COV 1	63.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4IUE7`	拟南芥	sp\|F4IUE7\|COV1_ARATH Protein CONTINUOUS VASCULAR RING 1	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C8C1`	拟南芥	sp\|Q9C8C1\|LCV2_ARATH Protein LIKE COV 2	61.700%	Swiss-Prot	高置信

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