TkA03G126050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G126050

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 32342773-32353487 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

950 bp · TkA03G126050|TK1151|cDNA

TTAGGGATAAGGCCCGGATATTTATTTAGCGTGGCGGTCGGAAATTGAAATTTTCGTCGGAAGAAAGAAACAATGGGGCGGAGGAAACTCGAAATAAAGCGAATCGAAGATAAGAGTAGCAGGCGAGTGGCTTTTTCTAAGCGAAGAGCAGGCTTAATCAAGAAAGCAAGGCATCTTTCCGTGGTCTGCGACGTTGATGTCGCCGTTCTTGTATTCTCTGCCACCGGCAAGCTCTATGAATACTGCAGCGGCGGTTCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA03G126050|TK1151|CDS

ATGGGGCGGAGGAAACTCGAAATAAAGCGAATCGAAGATAAGAGTAGCAGGCGAGTGGCTTTTTCTAAGCGAAGAGCAGGCTTAATCAAGAAAGCAAGGCATCTTTCCGTGGTCTGCGACGTTGATGTCGCCGTTCTTGTATTCTCTGCCACCGGCAAGCTCTATGAATACTGCAGCGGCGGTTCTAACAGTATGGAACATATTCTTTCTAAGCAACAAGGAAGCAGCCTTGAATCACAGGATAGCAGCATACAAGGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA03G126050|TK1151|PROTEIN

MGRRKLEIKRIEDKSSRRVAFSKRRAGLIKKARHLSVVCDVDVAVLVFSATGKLYEYCSGGSNSMEHILSKQQGSSLESQDSSIQGASKDLKCTPFRTCKELLQTVDRLVEENNTEEMSVAVTDMTQLEKELHDALMQTRSIKTEWMTKYLSTLQAEERKLSEEKEELKQQLQVATSNKKDDGDDGGGDLDDSATNHNHKHPTNQQLFTLPLFKD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G126050`
TK1151 ID	TkA03G126050
OH-1004 ID	LXL04_007133
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G126050

位置 Chr03:32342773-32353487 (-)

描述 Similar to AGL31: Agamous-like MADS-box protein AGL31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10140`	推定转录因子，通过与'FRIGIDA'、自主及春化开花途径相互作用，似乎在晚花表型开花时间的调控中起核心作用。	暂无已核实直接文献
`At1g77080`	可能的转录因子，参与在长日照和短日照下负向调控开花时间，可能通过光周期和春化途径。	暂无已核实直接文献
`At5g65050`	可能的转录因子，通过短期低温防止春化。	暂无已核实直接文献
`At5g65060`	可能的转录因子，参与花期的负调控，可能通过光周期和春化途径；在某些品种中更有效。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010221 negative regulation of vernalization response 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10140

ath:AT5G65050

ath:AT5G65060

vvi:100232867

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkA03G126050 · TK1151

细胞质0.095

排名 2 · TkA03G126050 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA03G126050 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA03G126050 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA03G126050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18713DUF56454-51 aa

PF00319SRF-TF10-57 aa

PF27044HAUS3_CC91-127 aa

PF04108ATG17_like96-174 aa

PF03961FapA97-178 aa

PF06156YabA98-115 aa

PF23921DUF7260107-173 aa

PF18713DUF5645116-153 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G126050	`PF18713`	DUF5645	4	51	0.017	15.8
TkA03G126050	`PF00319`	SRF-TF	10	57	9.3e-23	80.1
TkA03G126050	`PF27044`	HAUS3_CC	91	127	0.21	12.5
TkA03G126050	`PF04108`	ATG17_like	96	174	0.0058	16.9
TkA03G126050	`PF03961`	FapA	97	178	0.54	10.5
TkA03G126050	`PF06156`	YabA	98	115	2.7	9.3
TkA03G126050	`PF23921`	DUF7260	107	173	0.011	15.8
TkA03G126050	`PF18713`	DUF5645	116	153	0.017	15.8
TkA03G126050	`PF01486`	K-box	119	172	2.6e-07	31.4
TkA03G126050	`PF06156`	YabA	123	181	2.7	9.3
TkA03G126050	`PF27575`	Map3k7cl	124	179	2.1	9.4
TkA03G126050	`PF27044`	HAUS3_CC	133	180	0.21	12.5
TkA03G126050	`PF06881`	Elongin_A	141	181	0.52	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7Q7`	拟南芥	sp\|Q9S7Q7\|FLC_ARATH MADS-box protein FLOWERING LOCUS C	44.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9AT76`	拟南芥	sp\|Q9AT76\|AGL27_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL27	42.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FPN7`	拟南芥	sp\|Q9FPN7\|AGL31_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL31	42.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LSR7`	拟南芥	sp\|Q9LSR7\|AGL70_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL70	40.700%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情