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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA03G121010
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 30952661-30957760 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

1038 bp · TkA03G121010|TK1151|cDNA

ATGGTAGAAGGCAGCCCCGGTGTGGTGGAGGTCGCTGGGGGTAATCCTATCTCAGGGGGCGAACCTGAAGGTGGAATAGAGAGGTGGGCCGTGATTGAAGGCTTGTTGGAGTCACTGAGGCGTCGCCAGCGACGAGGAAGGCTAGGACGTATGCAAACGATGGTGGAGGAGCCGTCGGACTTGGATGCGACAGCGACGGAGGAAACAGCAATCCGCCTCCTCTACTTCTTCTGCGCCACCCACAACGAATCCGCCGCCTC...

1038 bp · TkA03G121010|TK1151|CDS

ATGGTAGAAGGCAGCCCCGGTGTGGTGGAGGTCGCTGGGGGTAATCCTATCTCAGGGGGCGAACCTGAAGGTGGAATAGAGAGGTGGGCCGTGATTGAAGGCTTGTTGGAGTCACTGAGGCGTCGCCAGCGACGAGGAAGGCTAGGACGTATGCAAACGATGGTGGAGGAGCCGTCGGACTTGGATGCGACAGCGACGGAGGAAACAGCAATCCGCCTCCTCTACTTCTTCTGCGCCACCCACAACGAATCCGCCGCCTC...

345 aa · TkA03G121010|TK1151|PROTEIN

MVEGSPGVVEVAGGNPISGGEPEGGIERWAVIEGLLESLRRRQRRGRLGRMQTMVEEPSDLDATATEETAIRLLYFFCATHNESAASHLTKIIAHIVKRLKDSDSGVKDACRESIGQISSLYLRGEGSENIGPVVSLFVKPLFEALNHQNKGVQAGSAMCMAKMVEMASDPPISAFQKLCARICKYLNNPNFLAKAALLQVVSSLSQTSVQPASKRVLRCCTSTATATAFSLTVQVNVDTFPILQFEGLGFTLKAYRHSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G121010
TK1151 IDTkA03G121010
OH-1004 IDLXL04_015165
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 43.188 / OH-1004 72.683
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G121010
位置Chr03:30952661-30957760 (-)
描述Similar to TOR1: Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27060 植物特异性微管相关蛋白 ,调节皮质微管的方向和器官生长的方向。
At1g50890 植物特异性微管相关蛋白 ,调节皮质微管的方向和器官生长的方向。
At2g07170 TORTIFOLIA1样蛋白 2。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_015165 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0010031 circumnutation 生物过程
GO:0170002 halotropism 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005874 microtubule 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分
GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分
GO:0008017 microtubule binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G27210
ath:AT1G50890
ath:AT1G59850
ath:AT2G07170
ath:AT4G27060
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞核0.473
排名 1 · TkA03G121010 · TK1151
细胞质0.383
排名 2 · TkA03G121010 · TK1151
细胞膜0.124
排名 3 · TkA03G121010 · TK1151
线粒体0.082
排名 4 · TkA03G121010 · TK1151
内质网0.077
排名 5 · TkA03G121010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23271HEAT_GCN151-118 aa
PF24714TOR1L1_N64-211 aa
PF24987HEAT_EF3_N68-113 aa
PF24573HEAT_DAAF570-115 aa
PF12755Vac14_Fab1_bd72-110 aa
PF24492HEAT_ECM2973-120 aa
PF01602Adaptin_N80-118 aa
PF25767ARM_TBCD_2nd82-163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G121010PF23271HEAT_GCN1511180.002618.6
TkA03G121010PF24714TOR1L1_N642111.5e-52179.4
TkA03G121010PF24987HEAT_EF3_N681130.002618.5
TkA03G121010PF24573HEAT_DAAF5701150.02614.9
TkA03G121010PF12755Vac14_Fab1_bd721100.2312.8
TkA03G121010PF24492HEAT_ECM29731209.9e-0523.2
TkA03G121010PF01602Adaptin_N801180.005915.9
TkA03G121010PF25767ARM_TBCD_2nd821630.1412.2
TkA03G121010PF12348CLASP_N831180.1412.5
TkA03G121010PF24987HEAT_EF3_N912130.002618.5
TkA03G121010PF12717Cnd1911150.01116.5
TkA03G121010PF13646HEAT_2911190.02715.5
TkA03G121010PF02985HEAT921200.001819.1
TkA03G121010PF12717Cnd11232050.01116.5
TkA03G121010PF24492HEAT_ECM291291819.9e-0523.2
TkA03G121010PF12348CLASP_N1291690.1412.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9T041拟南芥sp|Q9T041|TOR1_ARATH Microtubule-associated protein TORTIFOLIA161.200%Swiss-Prot低置信
F4I6M4拟南芥sp|F4I6M4|TORL1_ARATH TORTIFOLIA1-like protein 152.500%Swiss-Prot低置信
F4IK92拟南芥sp|F4IK92|TORL2_ARATH TORTIFOLIA1-like protein 235.900%Swiss-Prot低置信

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