TkA03G113260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G113260

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 28976585-28982656 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3053 bp · TkA03G113260|TK1151|cDNA

ATCCAACTCTCCCTCGAGTCCCGTCTCATAATCATAGATTCATAGGTAAGAAACAAAACAAACGCCATAGGCGAAGAAAGCCCTAATCTGCTCTTGTTTGTTTTGCTCTCCCAAATCATCAAATGAAGACCTTGTAATTAGAAGATCTCAACTTGTAGATTCTCCCCACTGGTGAATTTTCCTTTGCTGTAGATTCTGTGGCTGTATGGAAAGGAACAGTGGGCCCCCATTCAAGAAACGCCCAAACCCCCGTTTCAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1458 bp · TkA03G113260|TK1151|CDS

ATGCTTGTTCCTAATAATACGGTTGGGTGTCTTTTGGGGAAAGGTGGTGAGGTTATTAAGAGATTGAGGGGGGAGACTGGTGCGGTTATTCGCCTTTTGCCTGCTGATCAGCTTCCTACTTGTGCTATGGAAACTGATGAATTATTGCAGATATCAGGCATACCAGACGTAACAAGAAAAGCCCTAGCCAAAGTCTCAACATTATTACACCAAAACCCCCGCAAAGACGAACCGCCATCAAACAGCCGCCCCGTGGGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

485 aa · TkA03G113260|TK1151|PROTEIN

MLVPNNTVGCLLGKGGEVIKRLRGETGAVIRLLPADQLPTCAMETDELLQISGIPDVTRKALAKVSTLLHQNPRKDEPPSNSRPVGAPRSFHPGAPPPPPERGPYTYGAPPLPWRGYGNEPPRFGPPPPPPPVIEPVEDTPIEFPMKILCGEGKIGGVVGRNGISLRQFQQETGTSISVEEPLVGSDERVILVSSFDAIQKPRSRTIDAILLLQDKTSEHNEKGLITTRVLIPSSKVGCILGQGGMIINEMRRRIKADIR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G113260`
TK1151 ID	TkA03G113260
OH-1004 ID	LXL04_007088
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 36.727 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G113260

位置 Chr03:28976585-28982656 (+)

描述 Similar to At4g18375: KH domain-containing protein At4g18375

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53060`	作为渗透压诱导基因表达的负调节剂。	HOS5-a negative regulator of osmotic stress-induced gene expression in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00558.x A KH domain-containing putative RNA-binding protein is critical for heat stress-responsive gene regulation and thermotolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss119 The arabidopsis RNA binding protein with K homology motifs, SHINY1, interacts with the C-terminal domain phosphatase-like 1 (CPL1) to repress stress-inducible gene expression.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003625 A KH-domain RNA-binding protein interacts with FIERY2/CTD phosphatase-like 1 and splicing factors and is important for pre-mRNA splicing in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003875 The Arabidopsis KH-Domain RNA-Binding Protein ESR1 Functions in Components of Jasmonate Signalling, Unlinking Growth Restraint and Resistance to Stress.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0126978 The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751 KH domain protein RCF3 is a tissue-biased regulator of the plant miRNA biogenesis cofactor HYL1.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1512865112

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007088 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0031053 primary miRNA processing 生物过程

GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0010445 nuclear dicing body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18375

ath:AT5G53060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.847

排名 1 · TkA03G113260 · TK1151

细胞质0.325

排名 2 · TkA03G113260 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA03G113260 · TK1151

内质网0.019

排名 4 · TkA03G113260 · TK1151

线粒体0.015

排名 5 · TkA03G113260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00013KH_11-65 aa

PF22675KH-I_KHDC4-BBP6-32 aa

PF07650KH_28-31 aa

PF20777KH_SLS1_217-61 aa

PF00013KH_1147-200 aa

PF07650KH_2151-180 aa

PF22675KH-I_KHDC4-BBP156-179 aa

PF20777KH_SLS1_2166-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G113260	`PF00013`	KH_1	1	65	2e-35	121.1
TkA03G113260	`PF22675`	KH-I_KHDC4-BBP	6	32	0.00026	21.5
TkA03G113260	`PF07650`	KH_2	8	31	1.8e-06	28.4
TkA03G113260	`PF20777`	KH_SLS1_2	17	61	0.083	14.0
TkA03G113260	`PF00013`	KH_1	147	200	2e-35	121.1
TkA03G113260	`PF07650`	KH_2	151	180	1.8e-06	28.4
TkA03G113260	`PF22675`	KH-I_KHDC4-BBP	156	179	0.00026	21.5
TkA03G113260	`PF20777`	KH_SLS1_2	166	204	0.083	14.0
TkA03G113260	`PF00013`	KH_1	227	295	2e-35	121.1
TkA03G113260	`PF07650`	KH_2	227	262	1.8e-06	28.4
TkA03G113260	`PF22675`	KH-I_KHDC4-BBP	237	262	0.00026	21.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4B1`	拟南芥	sp\|Q8W4B1\|RCF3_ARATH RNA-binding KH domain-containing protein RCF3	30.200%	Swiss-Prot	中等置信

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