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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G091310
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 23266008-23266319 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

312 bp · TkA03G091310|TK1151|cDNA

ATGCCTCATTGTTATTTTGATTCAAATTATCTGTTTTCACTCTATAGGTGTTGTGTTTGTTTGGGAGAATTCGAGATGAATGAGAAGTTACATCAAATACCATCATGCCAACACATGTTCCATGGTGATTGCATTCGAAACTGGCTCCATTCCAATTTCACATGTCCACTCTGTAGATGCTCAGTTATCGTCAGTGCCGCCAAAAACTGCCACCACGAGCCGCCAGTGGTTCCCGAACCAGCCACCATGACCAACATGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

312 bp · TkA03G091310|TK1151|CDS

ATGCCTCATTGTTATTTTGATTCAAATTATCTGTTTTCACTCTATAGGTGTTGTGTTTGTTTGGGAGAATTCGAGATGAATGAGAAGTTACATCAAATACCATCATGCCAACACATGTTCCATGGTGATTGCATTCGAAACTGGCTCCATTCCAATTTCACATGTCCACTCTGTAGATGCTCAGTTATCGTCAGTGCCGCCAAAAACTGCCACCACGAGCCGCCAGTGGTTCCCGAACCAGCCACCATGACCAACATGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

103 aa · TkA03G091310|TK1151|PROTEIN

MPHCYFDSNYLFSLYRCCVCLGEFEMNEKLHQIPSCQHMFHGDCIRNWLHSNFTCPLCRCSVIVSAAKNCHHEPPVVPEPATMTNMSSSSQGVPLGHSVIIFV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G091310
TK1151 IDTkA03G091310
OH-1004 IDLXL04_005738
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.495 / OH-1004 38.393
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G091310
位置Chr03:23266008-23266319 (-)
描述Similar to RHA4A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA4A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g33480 RING-H2 指状蛋白 ATL58。 暂无已核实直接文献
At4g10150 RING-H2 指蛋白 ATL7。 暂无已核实直接文献
At4g10160 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外通过与泛素结合酶 E2 UBC8、UBC10、UBC11 和 UBC34 的作用催化多泛素化。 暂无已核实直接文献
At5g46650 RING-H2 指蛋白 ATL30。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005738 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT1G33480
ath:AT4G10150
ath:AT4G10160
ath:AT4G24015
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.527
排名 1 · TkA03G091310 · TK1151
细胞核0.506
排名 2 · TkA03G091310 · TK1151
细胞膜0.063
排名 3 · TkA03G091310 · TK1151
内质网0.060
排名 4 · TkA03G091310 · TK1151
线粒体0.055
排名 5 · TkA03G091310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17120zf-RING_1615-60 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal15-20 aa
PF13639zf-RING_216-59 aa
PF13923zf-C3HC4_216-58 aa
PF14634zf-RING_516-59 aa
PF11793FANCL_C16-54 aa
PF17123zf-RING_1117-45 aa
PF00097zf-C3HC417-58 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G091310PF17120zf-RING_1615600.01815.4
TkA03G091310PF23413zf_RING_Vps8_fungal15200.05213.6
TkA03G091310PF13639zf-RING_216591.5e-1248.3
TkA03G091310PF13923zf-C3HC4_216588.4e-0729.4
TkA03G091310PF14634zf-RING_516590.0116.5
TkA03G091310PF11793FANCL_C16542.99.0
TkA03G091310PF17123zf-RING_1117452.6e-0730.9
TkA03G091310PF00097zf-C3HC417585.6e-0523.6
TkA03G091310PF13445zf-RING_UBOX17569.8e-0523.0
TkA03G091310PF12678zf-rbx126594.4e-0730.8
TkA03G091310PF12861zf-ANAPC1135630.0002821.6
TkA03G091310PF23413zf_RING_Vps8_fungal35590.05213.6
TkA03G091310PF17123zf-RING_1165652.6e-0730.9
TkA03G091310PF13923zf-C3HC4_267728.4e-0729.4
TkA03G091310PF00097zf-C3HC467735.6e-0523.6
TkA03G091310PF12678zf-rbx168724.4e-0730.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q570X5拟南芥sp|Q570X5|ATL58_ARATH RING-H2 finger protein ATL5838.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SN28拟南芥sp|Q9SN28|ATL7_ARATH RING-H2 finger protein ATL741.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SN27拟南芥sp|Q9SN27|ATL59_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL5950.000%Swiss-Prot中等置信
Q9FIR0拟南芥sp|Q9FIR0|ATL30_ARATH RING-H2 finger protein ATL3044.400%Swiss-Prot中等置信

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