TkA03G090840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G090840

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 23132199-23136636 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1498 bp · TkA03G090840|TK1151|cDNA

CTCTTCATCATAAAGCCTTCGGTTCTCGAATTTCCCCAATTTGGTACGCAAATCGCCTGGACACAAACTCCATCTTGCGCCTTGCCCTTGACAACAAATCATATCACAGAAGACTATAGCACTCAAATTTCTCCAACAGTTAGATCAAGACTATCAGGCAACCCAATATTTTAAAATCATGGAGCTAAATTCCATCAAAGACGCATTCGACCGAGTAACAAAAAAGCAAAAACTCACAACCTCCAAATCCCAAGAAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA03G090840|TK1151|CDS

ATGGAGCTAAATTCCATCAAAGACGCATTCGACCGAGTAACAAAAAAGCAAAAACTCACAACCTCCAAATCCCAAGAAGCAATCGAACAAATCACCCAAGAAATCAACACCGCAATATCCCTACTCCAAACCACCCCCACCCCCACCACCCCCACCCCAATCCTCACCGACCTGAAATCAAAACTCAAAACCACCCCCCCACTCACCCCCCTCGAATCCACCCAAAAAGACCTCAACATCGCCTTCAGCAAATACACAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · TkA03G090840|TK1151|PROTEIN

MELNSIKDAFDRVTKKQKLTTSKSQEAIEQITQEINTAISLLQTTPTPTTPTPILTDLKSKLKTTPPLTPLESTQKDLNIAFSKYTKLLEKQFNPDISKSYRHIDFPNPTINQIIATHLYREGLFDIADSFSNNSPILQTKKTQFLEMHKILDSMKEHDLTPALTWATANRESLKKNRSDIELKLHRLQFMEIVKTGHRDDAIKYARAHFSHFPDRLPEIQKLMACLLWIGRLERLPYTEFLSPTHWVRLSRELTREFCG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G090840`
TK1151 ID	TkA03G090840
OH-1004 ID	LXL04_001472
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	34.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.158 / OH-1004 34.938 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G090840

位置 Chr03:23132199-23136636 (+)

描述 Similar to HEMA1: Glutamyl-tRNA reductase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37880`	蛋白 RMD5 同源物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001472 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0006782 protoporphyrinogen IX biosynthetic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0033014 tetrapyrrole biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0008883 glutamyl-tRNA reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA63140

ath:AT1G09940

ath:AT1G58290

csv:101208135

csv:101220615

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.703

排名 1 · TkA03G090840 · TK1151

细胞质0.504

排名 2 · TkA03G090840 · TK1151

线粒体0.040

排名 3 · TkA03G090840 · TK1151

过氧化物酶体0.025

排名 4 · TkA03G090840 · TK1151

细胞膜0.022

排名 5 · TkA03G090840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16989T6SS_VasJ12-47 aa

PF04641Rtf222-23 aa

PF19097Snu56_snRNP23-26 aa

PF10607CTLH24-94 aa

PF19097Snu56_snRNP79-179 aa

PF28522ELL1_C133-156 aa

PF16989T6SS_VasJ142-187 aa

PF10607CTLH144-284 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G090840	`PF16989`	T6SS_VasJ	12	47	0.037	14.1
TkA03G090840	`PF04641`	Rtf2	22	23	0.028	14.5
TkA03G090840	`PF19097`	Snu56_snRNP	23	26	0.019	14.4
TkA03G090840	`PF10607`	CTLH	24	94	3.4e-39	135.0
TkA03G090840	`PF19097`	Snu56_snRNP	79	179	0.019	14.4
TkA03G090840	`PF28522`	ELL1_C	133	156	0.14	13.1
TkA03G090840	`PF16989`	T6SS_VasJ	142	187	0.037	14.1
TkA03G090840	`PF10607`	CTLH	144	284	3.4e-39	135.0
TkA03G090840	`PF16989`	T6SS_VasJ	183	223	0.037	14.1
TkA03G090840	`PF29536`	PTR3_N	316	369	0.033	14.5
TkA03G090840	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	317	328	0.024	15.4
TkA03G090840	`PF04641`	Rtf2	317	370	0.028	14.5
TkA03G090840	`PF13445`	zf-RING_UBOX	322	364	2.7e-08	34.4
TkA03G090840	`PF14634`	zf-RING_5	322	366	5.8e-05	23.7
TkA03G090840	`PF13639`	zf-RING_2	322	366	0.00026	21.9
TkA03G090840	`PF14447`	Prok-RING_4	332	371	0.1	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T075`	拟南芥	sp\|Q9T075\|RMD5_ARATH Protein RMD5 homolog	54.100%	Swiss-Prot	高置信

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