TkA03G068960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G068960

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 17775804-17778146 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

720 bp · TkA03G068960|TK1151|cDNA

CCGCAAGTCAGACTTCCGTCTTCTTCACCCAGTTGCAGGAGTCGAGGGGCTGCAGATCTTTCGTACCCCTTCAATTCTACAGAGGGAAAGCGATCGAAGCTGCAAATCATGTCTGGTGGTATAGCTCGTGGGCGTCTCACTGAGGAACGAAAAGCATGGCGGAAGAATCATCCTCATGGCTTTGTTGCGAAGCCAGATACTCTTCCCGATGGTACAGTTAATTTGATGATTTGGCAGTGTACGATTCCCGGTAAGGTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

624 bp · TkA03G068960|TK1151|CDS

CCGCAAGTCAGACTTCCGTCTTCTTCACCCAGTTGCAGGAGTCGAGGGGCTGCAGATCTTTCGTACCCCTTCAATTCTACAGAGGGAAAGCGATCGAAGCTGCAAATCATGTCTGGTGGTATAGCTCGTGGGCGTCTCACTGAGGAACGAAAAGCATGGCGGAAGAATCATCCTCATGGCTTTGTTGCGAAGCCAGATACTCTTCCCGATGGTACAGTTAATTTGATGATTTGGCAGTGTACGATTCCCGGTAAGGTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

207 aa · TkA03G068960|TK1151|PROTEIN

PQVRLPSSSPSCRSRGAADLSYPFNSTEGKRSKLQIMSGGIARGRLTEERKAWRKNHPHGFVAKPDTLPDGTVNLMIWQCTIPGKVGTDWEGGYYPLTLNFTEDYPSKPPKCKFPQGFFHPNVYPSGTVCLSILNEDSGWRPAITVKQILVGIQDLLDSPTLLTLLKLMDTISLSRMLWSTRKGSASRQSCTPLLSRCNPWFFMLIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G068960`
TK1151 ID	TkA03G068960
OH-1004 ID	LXL04_024358
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 59.903 / OH-1004 77.500 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G068960

位置 Chr03:17775804-17778146 (-)

描述 Similar to SCE1: SUMO-conjugating enzyme SCE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57870`	可能催化 SUMO 与靶蛋白的共价连接。	Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285 The PHD domain of plant PIAS proteins mediates sumoylation of bromodomain GTE proteins.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708176200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024358 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010469 regulation of signaling receptor activity 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0033145 positive regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051168 nuclear export 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G57870

ddi:DDB_G0287693

rno:25573

xla:108703134

xla:380450

xtr:549162

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466

排名 1 · TkA03G068960 · TK1151

细胞核0.445

排名 2 · TkA03G068960 · TK1151

线粒体0.139

排名 3 · TkA03G068960 · TK1151

细胞膜0.097

排名 4 · TkA03G068960 · TK1151

内质网0.076

排名 5 · TkA03G068960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00179UQ_con45-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G068960	`PF00179`	UQ_con	45	161	4.2e-37	127.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42551`	拟南芥	sp\|Q42551\|SCE1_ARATH SUMO-conjugating enzyme SCE1	86.300%	Swiss-Prot	中等置信

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