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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G048590
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 12797561-12799855 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1547 bp · TkA03G048590|TK1151|cDNA

ATGGTCTGATTCGGAATGGATAGTAGCATCACATGCGTATTGAAAATACTTGGATCAGAACTTAATTCATATATATTAAAACATGTATATTTTATTCGGTATAAAAATAAACAGAAGTGTAAAATGGTCATTTTTCTCAGTCAGCATAGTCAGTCTGAAGGATAATCAAACAACACAAACTCAGTCAGCACCTAACTCAGTCTGAGCTCTAACTCAGTCTGAGCTCCAACTCAGTCTGAACTAACTCAGTCTGCAGCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · TkA03G048590|TK1151|CDS

ATGAACGTAAGTCAGTTCGACGGCGCCGCCGCCTTCTCAGGCGGTGGTTTCATGCCTTCTCAGACCACTCAGACTACGGACTCTGCTCCCGCTGCGTTTTCCAAGAAAACTGATACACATACGCTGATTCCTTTGACTGTGAAGCAAATCAACAACGCGTTACTGTCGAACGATGATAAAGTGAACTTTCTCATCGACGGCGTTGACGTAAACAATGTTAAGTTGATTGGGACGATAACGAACAAAGCTGAGAGGGTTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

281 aa · TkA03G048590|TK1151|PROTEIN

MNVSQFDGAAAFSGGGFMPSQTTQTTDSAPAAFSKKTDTHTLIPLTVKQINNALLSNDDKVNFLIDGVDVNNVKLIGTITNKAERVTDVSFAIDDGTGRIDCNRWMNEPIDTKEMDALAEGTYVRVHGQLKGFQGKKQLVVFGIKTCRPVVDFDEITHHFVECIYVHSYNTKLLQQASTSNGNQYQVPPSSINAQAYQTAPPNQFAGQYVADGLTGVDKLVLNYLQQPASLAREGGIHQDELAQQLKIPKETIMMAIEGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G048590
TK1151 IDTkA03G048590
OH-1004 IDLXL04_006568
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G048590
位置Chr03:12797561-12799855 (+)
描述Similar to RPA2B: Replication protein A 32 kDa subunit B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g02920 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
At2g24490 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 的组成部分。
ROR1/RPA2A, a putative replication protein A2, functions in epigenetic gene silencing and in regulation of meristem development in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037507

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0633400 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
Os02g0829100 DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006568 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005662 DNA replication factor A complex 细胞组分
GO:0035861 site of double-strand break 细胞组分
GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能
GO:0042162 telomeric DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G24490
ath:AT3G02920
dosa:Os02g0633400
dosa:Os02g0829100
dosa:Os06g0693300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953
排名 1 · TkA03G048590 · TK1151
细胞质0.242
排名 2 · TkA03G048590 · TK1151
线粒体0.017
排名 3 · TkA03G048590 · TK1151
细胞膜0.014
排名 4 · TkA03G048590 · TK1151
内质网0.008
排名 5 · TkA03G048590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08784RPA_C39-39 aa
PF16100RMI266-137 aa
PF01336tRNA_anti-codon73-145 aa
PF08784RPA_C175-272 aa
PF13412HTH_24218-265 aa
PF01047MarR230-271 aa
PF12802MarR_2231-267 aa
PF01978TrmB231-267 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G048590PF08784RPA_C39392.2e-1558.0
TkA03G048590PF16100RMI2661370.006617.0
TkA03G048590PF01336tRNA_anti-codon731451.2e-0732.3
TkA03G048590PF08784RPA_C1752722.2e-1558.0
TkA03G048590PF13412HTH_242182650.004117.4
TkA03G048590PF01047MarR2302710.0314.9
TkA03G048590PF12802MarR_22312670.0001922.2
TkA03G048590PF01978TrmB2312670.1812.4
TkA03G048590PF00392GntR2392660.1812.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LFJ8拟南芥sp|Q8LFJ8|RFA2B_ARATH Replication protein A 32 kDa subunit B45.300%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQ19拟南芥sp|Q9ZQ19|RFA2A_ARATH Replication protein A 32 kDa subunit A42.400%Swiss-Prot中等置信
Q6H7J5水稻sp|Q6H7J5|RFA2B_ORYSJ Replication protein A 32 kDa subunit B42.600%Swiss-Prot中等置信
Q6K9U2水稻sp|Q6K9U2|RFA2A_ORYSJ Replication protein A 32 kDa subunit A37.500%Swiss-Prot中等置信

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