TkA03G048120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G048120

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 12681134-12683688 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1494 bp · TkA03G048120|TK1151|cDNA

TGGACCCACATCATCGATATCTATCTCACATCAAAATAACAGGCATGTCATTTTATCACTTTCTTTAATAATACTCTCCAGTCGACTCCATTTTCCTTTTCCATCCAATCAGATATGCAACTTCCAAGACTCCTTTCCCCATTCTTCACTCCCATTTCTTGATTTTTTTTATCACGCCAACAAACCCTAAAAAAGGTTTGATTTCTTTATCACAGGTGGTTTTAATTTGAAATTGGCGTTGCGTATGAGCTGAGGTGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

753 bp · TkA03G048120|TK1151|CDS

ATGACAATGATCATAACAAAACAATACCGATGCATACACTCGGCGACCTGCATCTGCACAAAAGGCCATCTAAGCGAAGACGTAATCTTCCTTCTTCTCCAACACCTAAACTGGAACCCCAAAATCATCGCGACCCTCTCATGCGTCTGCAAATGGTTCGACGACCTAGTAAAAAGAATCCTCTGGAAAGAATTCTGCAGAACACGCGCCCCCAAAATGATGCACGACCTCCAATCAAGCGGGTCCCACAGTGTAGACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

250 aa · TkA03G048120|TK1151|PROTEIN

MTMIITKQYRCIHSATCICTKGHLSEDVIFLLLQHLNWNPKIIATLSCVCKWFDDLVKRILWKEFCRTRAPKMMHDLQSSGSHSVDGNWSSLGKLLIYCSGCKKDGLFNKIQIPGHFAYRTRFSRTSGKSFLLPNCRTDVLYVSDPCEHLDQGEEGDVGFFRGVFKSFANSKVRKMLIRKEAKFHESEVCPYCKAKLWSMLGAKMIPQSASCRLGAYEDCIEYFVCLNGHVLGVCTLLPLSDSEEVSELD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G048120`
TK1151 ID	TkA03G048120
OH-1004 ID	LXL04_006557
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.400 / OH-1004 91.589 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G048120

位置 Chr03:12681134-12683688 (+)

描述 Similar to EDL2: EID1-like F-box protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39360`	EID1 样 F-box 蛋白 2。	暂无已核实直接文献
`At5g15440`	类 EID1 F-box 蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At3g63060`	EID1样F-box蛋白3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006557 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G63060

ath:AT5G15440

ath:AT5G39360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.648

排名 1 · TkA03G048120 · TK1151

细胞质0.318

排名 2 · TkA03G048120 · TK1151

线粒体0.067

排名 3 · TkA03G048120 · TK1151

细胞膜0.064

排名 4 · TkA03G048120 · TK1151

内质网0.055

排名 5 · TkA03G048120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27778EID2_C16-25 aa

PF12937F-box-like28-67 aa

PF08792A2L_zn_ribbon97-110 aa

PF27778EID2_C112-236 aa

PF08792A2L_zn_ribbon135-144 aa

PF08792A2L_zn_ribbon188-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G048120	`PF27778`	EID2_C	16	25	2.1e-54	183.6
TkA03G048120	`PF12937`	F-box-like	28	67	0.0069	16.8
TkA03G048120	`PF08792`	A2L_zn_ribbon	97	110	0.22	12.0
TkA03G048120	`PF27778`	EID2_C	112	236	2.1e-54	183.6
TkA03G048120	`PF08792`	A2L_zn_ribbon	135	144	0.22	12.0
TkA03G048120	`PF08792`	A2L_zn_ribbon	188	193	0.22	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLZ8`	拟南芥	sp\|Q9FLZ8\|EDL2_ARATH EID1-like F-box protein 2	81.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LF38`	拟南芥	sp\|Q9LF38\|EDL1_ARATH EID1-like F-box protein 1	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q93ZT5`	拟南芥	sp\|Q93ZT5\|EDL3_ARATH EID1-like F-box protein 3	43.400%	Swiss-Prot	中等置信

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