TkA03G028170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G028170

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 7590411-7594502 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1573 bp · TkA03G028170|TK1151|cDNA

ACCCTAGTTGACTGCTCTTCAAGCCATGGATATCGATGGAGATGTTGAAGATGGTTCAAGAAGAGTACAGGTGCGGTTCATTACAAAGCTTAAACCGCCATTCAAAGCTCCGGCGACCTCCATTGCTCTCCCTTCAAATCTCACAAGAATGGGCCTTTCAGCTGTCGTTAATAACATGCTTCAATCTGGAAATGATGATTGGAAACCTGAACCATTTGATTTCCTTATCGATGGTGAGTTGGTCAGAATGTCACTTGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1413 bp · TkA03G028170|TK1151|CDS

AACCTCAACCTATTCTCACGGTTAAACCCTTCTTCGCTTTCTCCATCTTGCAGCCGACCCCAAAACCTCAACTCCGTCTCCACAGCAAAGTTGACTGCTCTTCAAGCCATGGATATCGATGGAGATGTTGAAGATGGTTCAAGAAGAGTACAGGTGCGGTTCATTACAAAGCTTAAACCGCCATTCAAAGCTCCGGCGACCTCCATTGCTCTCCCTTCAAATCTCACAAGAATGGGCCTTTCAGCTGTCGTTAATAACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

470 aa · TkA03G028170|TK1151|PROTEIN

NLNLFSRLNPSSLSPSCSRPQNLNSVSTAKLTALQAMDIDGDVEDGSRRVQVRFITKLKPPFKAPATSIALPSNLTRMGLSAVVNNMLQSGNDDWKPEPFDFLIDGELVRMSLEDFLLAKGISAEKTVEIEYIKAVAPRKEEDPSLHDDWVSAVDGSNQFILTGCYDGLGRIWKGAGVCTHVLEGHNGAITSVRVVKPKDNEDTTNTVVATGSKDRTVKLWKIDTEPLSDNLKISSFRTLRGHTASVQTLASQPNGNLIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G028170`
TK1151 ID	TkA03G028170
OH-1004 ID	LXL04_013449
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.340 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G028170

位置 Chr03:7590411-7594502 (-)

描述 Similar to WDR12: Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15550`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0600400`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013449 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分

GO:0070545 PeBoW complex 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0043021 ribonucleoprotein complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15550

dosa:Os07g0600400

osa:4343819

rno:363237

sasa:106575042

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.819

排名 1 · TkA03G028170 · TK1151

细胞质0.247

排名 2 · TkA03G028170 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA03G028170 · TK1151

线粒体0.027

排名 4 · TkA03G028170 · TK1151

内质网0.018

排名 5 · TkA03G028170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08154NLE50-117 aa

PF25391WD40_Gbeta87-117 aa

PF23760Beta-prop_DCAF12112-174 aa

PF23798Beta-prop_SPT8139-230 aa

PF25174Beta-prop_THOC3146-194 aa

PF23411Beta-prop_Vps41146-223 aa

PF00400WD40147-173 aa

PF25175Beta-prop_WDR5147-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G028170	`PF08154`	NLE	50	117	5.3e-20	72.3
TkA03G028170	`PF25391`	WD40_Gbeta	87	117	1.1e-13	51.6
TkA03G028170	`PF23760`	Beta-prop_DCAF12	112	174	9.9e-05	22.1
TkA03G028170	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	139	230	6.8e-06	25.9
TkA03G028170	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	146	194	7.2e-35	121.0
TkA03G028170	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	146	223	0.038	14.0
TkA03G028170	`PF00400`	WD40	147	173	7.8e-39	131.2
TkA03G028170	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	147	193	7.1e-37	128.0
TkA03G028170	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	147	222	1.8e-22	80.5
TkA03G028170	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	147	175	1e-12	48.5
TkA03G028170	`PF20426`	NBCH_WD40	147	174	4.2e-05	23.3
TkA03G028170	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	149	278	3.4e-21	76.5
TkA03G028170	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	150	226	2.1e-32	113.1
TkA03G028170	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	151	282	7.7e-07	29.5
TkA03G028170	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	153	277	7.1e-37	128.0
TkA03G028170	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	153	276	2e-09	37.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF27`	拟南芥	sp\|Q9LF27\|WDR12_ARATH Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog	68.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8H594`	水稻	sp\|Q8H594\|WDR12_ORYSJ Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog	64.100%	Swiss-Prot	高置信

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