LXL04_013449 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013449

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 29841310-29844892 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1337 bp · LXL04_013449|LXL04_013449|OH1004|cDNA

TCTTTAAACCCTAGTCGACTTCCCTTCAAGCCATGGATATCGATGAAAATGTTGAAGATGGTTCAAGAAGAGTACAGGTGCGGTTCATTACGAAGCTTAAACCGCCTTTCAAAGCTCCGGCGACCTCCATTGCTCTCCCTTCTAATCTTACAAGGATGGGCCTTTCAGCCGTCGTTAATAACATGCTTCAATCAGGTAATGATGATTGGAAACCTGAACCATTCGATTTTCTTATCGATGGTGAGTTGGTGAGAATGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · LXL04_013449|LXL04_013449|OH1004|CDS

ATGGATATCGATGAAAATGTTGAAGATGGTTCAAGAAGAGTACAGGTGCGGTTCATTACGAAGCTTAAACCGCCTTTCAAAGCTCCGGCGACCTCCATTGCTCTCCCTTCTAATCTTACAAGGATGGGCCTTTCAGCCGTCGTTAATAACATGCTTCAATCAGGTAATGATGATTGGAAACCTGAACCATTCGATTTTCTTATCGATGGTGAGTTGGTGAGAATGTCACTTGAAGACTTTCTTCTTGCAAAGGGAATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · LXL04_013449|LXL04_013449|OH1004|PROTEIN

MDIDENVEDGSRRVQVRFITKLKPPFKAPATSIALPSNLTRMGLSAVVNNMLQSGNDDWKPEPFDFLIDGELVRMSLEDFLLAKGISAEKTVEIEYIKAVAPRKEEDPSLHDDWVSAVDGSNQFILTGCYDGLGRIWKGAGVCTHVLEGHNGAITSVRVVKPKDNEDTTNTIVATGSKDRTVKLWKIDTESSSDNLKINSFRTLRGHTSSVQSLASQPSGNMICSGSWDCRINLWETECNEGDFVSIKKRKKGSKEEESQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013449`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013449

位置 Chr03:29841310-29844892 (-)

描述 Similar to WDR12: Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15550`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0600400`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013449 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分

GO:0070545 PeBoW complex 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0043021 ribonucleoprotein complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15550

dosa:Os07g0600400

osa:4343819

rno:363237

sasa:106575042

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.798

排名 1 · LXL04_013449 · OH-1004

细胞质0.292

排名 2 · LXL04_013449 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_013449 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 4 · LXL04_013449 · OH-1004

溶酶体／液泡0.020

排名 5 · LXL04_013449 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08154.19NLE14-81 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd111-186 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz113-241 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st114-194 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5117-238 aa

PF24814.2WD40_Prp19120-249 aa

PF25391.2WD40_Gbeta121-237 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3122-197 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013449	`PF08154.19`	NLE	14	81	4.9e-20	72.4
LXL04_013449	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	111	186	1.4e-20	74.2
LXL04_013449	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	113	241	1.3e-20	74.6
LXL04_013449	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	114	194	1.7e-32	113.4
LXL04_013449	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	117	238	8.7e-36	124.4
LXL04_013449	`PF24814.2`	WD40_Prp19	120	249	4.9e-28	98.7
LXL04_013449	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	121	237	6.6e-13	49.1
LXL04_013449	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	122	197	1.4e-34	120.1
LXL04_013449	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	122	240	3e-27	96.4
LXL04_013449	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	122	237	1.9e-17	64.1
LXL04_013449	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	122	238	3.7e-14	53.5
LXL04_013449	`PF25178.1`	Beta-prop_WDR41	131	238	1.3e-08	34.7
LXL04_013449	`PF00400.39`	WD40	141	185	1.2e-38	130.6
LXL04_013449	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	147	389	5.3e-08	32.9
LXL04_013449	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	153	342	2.1e-15	57.3
LXL04_013449	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	169	239	1.4e-20	74.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF27`	拟南芥	Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog	68.721%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H594`	水稻	Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog	64.733%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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