TkA03G014480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G014480

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 3748458-3753093 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2719 bp · TkA03G014480|TK1151|cDNA

CTTCCTTTTAGATTTAGTGATTTACATATTGTGTCATAGCACATGATTAAGACCAAGATAGAGTTGACCCAAACCTCATGGCATCTTCCTCACTCGAAGAAATTAAACAAATCCTTCCACATTTAAACTTGCAGGCCTCTAATCCGCCTCCTTGAACCTTCCATTTGCACGCTACAAAGTACAATCTCTCTTTTTTTTTTTTCTCTATTTTGACTAGTCAACGTCTGCAACCCTTCAATCTTTTTGTACATTCTTCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1986 bp · TkA03G014480|TK1151|CDS

ATGGCACCGAGTTCTGTGGTGGTGACCATAGACAAACCGAGTAACATCTCGTTGGTTGAAGTCGACGATAATGATTCGGAAACTTCCGTGTTTCTCGAAAAGCAGAAAACAGCGAGCACGAAGCAGTTTTCATGGCTGCTTTTACTCAAAGCTCAACGAATCATCTCTTTCTTTCCATGGTTAGCAATGGGTTTTTCCAGAACTTTCACCTCTGTTAAAAAGCGCATTGCGTTATCAGATTCAAGTAAAGACGAAGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

661 aa · TkA03G014480|TK1151|PROTEIN

MAPSSVVVTIDKPSNISLVEVDDNDSETSVFLEKQKTASTKQFSWLLLLKAQRIISFFPWLAMGFSRTFTSVKKRIALSDSSKDEVKYKEKIMYKFIRAFLAISIVALVVEIIAYYQNWDLKLIPLEAMGLVHLSYMGWISFRAEYLAPSITMLSQFCVLLFMIQSLDRFILGIGCFWIKFKKIKPMIDDQSYDIEDPSSFPMVLVQIPMCNEREVYQQSIASACELDWPKDRILIQVLDDSSDEVLQILIRNEVNLWKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G014480`
TK1151 ID	TkA03G014480
OH-1004 ID	LXL04_006169
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G014480

位置 Chr03:3748458-3753093 (+)

描述 Similar to CSLC4: Xyloglucan glycosyltransferase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28180`	Beta-1,4-葡聚糖合酶比纤维素更参与木葡聚糖主链的合成。	A gene from the cellulose synthase-like C family encodes a beta-1,4 glucan synthase.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0703133104 Protein-protein interactions among xyloglucan-synthesizing enzymes and formation of Golgi-localized multiprotein complexes.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcu161
`At2g24630`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`At4g31590`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0428000`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q7PC70`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006169 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24630

ath:AT3G28180

ath:AT4G31590

dosa:Os09g0428000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.434

排名 1 · TkA03G014480 · TK1151

高尔基体0.255

排名 2 · TkA03G014480 · TK1151

细胞膜0.130

排名 3 · TkA03G014480 · TK1151

细胞核0.110

排名 4 · TkA03G014480 · TK1151

细胞质0.107

排名 5 · TkA03G014480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13632Glyco_trans_2_3129-129 aa

PF03142Chitin_synth_2182-241 aa

PF13641Glyco_tranf_2_3202-435 aa

PF00535Glycos_transf_2207-362 aa

PF03142Chitin_synth_2289-385 aa

PF13632Glyco_trans_2_3296-490 aa

PF03142Chitin_synth_2404-517 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G014480	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	129	129	4.1e-19	69.9
TkA03G014480	`PF03142`	Chitin_synth_2	182	241	0.089	12.1
TkA03G014480	`PF13641`	Glyco_tranf_2_3	202	435	1.3e-12	48.7
TkA03G014480	`PF00535`	Glycos_transf_2	207	362	1.1e-10	42.5
TkA03G014480	`PF03142`	Chitin_synth_2	289	385	0.089	12.1
TkA03G014480	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	296	490	4.1e-19	69.9
TkA03G014480	`PF03142`	Chitin_synth_2	404	517	0.089	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJP4`	拟南芥	sp\|Q9LJP4\|CSLC4_ARATH Xyloglucan glycosyltransferase 4	72.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SJA2`	拟南芥	sp\|Q9SJA2\|CSLC8_ARATH Probable xyloglucan glycosyltransferase 8	68.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SB75`	拟南芥	sp\|Q9SB75\|CSLC5_ARATH Probable xyloglucan glycosyltransferase 5	67.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q69L19`	水稻	sp\|Q69L19\|CSLC2_ORYSJ Probable xyloglucan glycosyltransferase 2	65.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q7PC70`	水稻	sp\|Q7PC70\|CSLC2_ORYSI Probable xyloglucan glycosyltransferase 2	65.800%	Swiss-Prot	高置信

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