TkA03G014390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G014390

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 3722911-3725338 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

519 bp · TkA03G014390|TK1151|cDNA

ATGCATCCGCCGACATCCTTCACGCGTCCCTGCTGCTTCTTCCTCGCTGGTTCACGACCTCCATTGTTCTTCTTCCTCGCCGTGGTATTCAAGCTGTCCAAAAGAACTGCTGATGACAACTTGCAGTCACTTCATAGCATCCTTTTTGGAAAACGAGCAAAGTCGAAGGAAGGAGATGATGATGATGATGATGATGAAGAACAGAAAGAACAGGAAGATGATAAAATAGCAAAAAGCTCTTCAAAAAAGCGTGTGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

519 bp · TkA03G014390|TK1151|CDS

ATGCATCCGCCGACATCCTTCACGCGTCCCTGCTGCTTCTTCCTCGCTGGTTCACGACCTCCATTGTTCTTCTTCCTCGCCGTGGTATTCAAGCTGTCCAAAAGAACTGCTGATGACAACTTGCAGTCACTTCATAGCATCCTTTTTGGAAAACGAGCAAAGTCGAAGGAAGGAGATGATGATGATGATGATGATGAAGAACAGAAAGAACAGGAAGATGATAAAATAGCAAAAAGCTCTTCAAAAAAGCGTGTGAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

172 aa · TkA03G014390|TK1151|PROTEIN

MHPPTSFTRPCCFFLAGSRPPLFFFLAVVFKLSKRTADDNLQSLHSILFGKRAKSKEGDDDDDDDEEQKEQEDDKIAKSSSKKRVKKDSGEKSKSVNKETKSVKKTHVSSSKSKKTNPRKKRKSKTKGKSNKKAKVEPTNEDMHAVVTKILKEVDFNTADPSPIQPHRGEVI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G014390`
TK1151 ID	TkA03G014390
OH-1004 ID	LXL04_006167
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.442 / OH-1004 98.742 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G014390`
位置	Chr03:3722911-3725338 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006167` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:2000779 regulation of double-strand break repair 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003682 chromatin binding 分子功能 GO:0042393 histone binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G48710 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.924

排名 1 · TkA03G014390 · TK1151

细胞质0.138

排名 2 · TkA03G014390 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA03G014390 · TK1151

内质网0.020

排名 4 · TkA03G014390 · TK1151

线粒体0.020

排名 5 · TkA03G014390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27698Asteroid_N24-123 aa

PF23980Phage_tail_tube_init30-133 aa

PF24347FIGL1_N34-59 aa

PF26705AFDN35-134 aa

PF07093SGT137-145 aa

PF16046FAM7651-153 aa

PF06978POP1_N51-136 aa

PF12720DUF380751-140 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G014390	`PF27698`	Asteroid_N	24	123	2.5	8.7
TkA03G014390	`PF23980`	Phage_tail_tube_init	30	133	0.029	14.8
TkA03G014390	`PF24347`	FIGL1_N	34	59	0.092	13.3
TkA03G014390	`PF26705`	AFDN	35	134	0.0014	19.6
TkA03G014390	`PF07093`	SGT1	37	145	2.8	7.0
TkA03G014390	`PF16046`	FAM76	51	153	0.39	10.8
TkA03G014390	`PF06978`	POP1_N	51	136	0.42	11.3
TkA03G014390	`PF12720`	DUF3807	51	140	1.5	9.8
TkA03G014390	`PF09726`	Macoilin	51	138	3.3	6.9
TkA03G014390	`PF12722`	Hid1	52	141	6.8	5.5
TkA03G014390	`PF28211`	GlpR	52	140	7.1	7.3
TkA03G014390	`PF02724`	CDC45	53	135	0.028	13.4
TkA03G014390	`PF29052`	PGA28-like_dom	53	134	0.43	11.0
TkA03G014390	`PF15713`	PTPRCAP	53	145	0.79	10.9
TkA03G014390	`PF16094`	PAC1	53	89	1.8	8.3
TkA03G014390	`PF15996`	PNISR	54	154	0.43	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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