TkA03G010170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G010170

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2512554-2512943 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

390 bp · TkA03G010170|TK1151|cDNA

AAAAAACGCAAAGAATTAGAAGCAACAGGAGAAGATGTAGATGATGATTCCGTATTTTATGAAGTTCTTGGAGGTCCTGACCGAAAAAGGAGGCTGTATGGTTTTGGGTCGTATGGAAAAGTGATTCCATCAAAAAAAGGTTCTAATGATACGTATTACACTCCGGAGACAAACGCCAACAAAGAGCTAGCCGAGATGAATGTAGAGTTGGCTCAAGTGAAGGAACTTGTGACATCCCAAAAAGAACAAAATGAAGAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

390 bp · TkA03G010170|TK1151|CDS

AAAAAACGCAAAGAATTAGAAGCAACAGGAGAAGATGTAGATGATGATTCCGTATTTTATGAAGTTCTTGGAGGTCCTGACCGAAAAAGGAGGCTGTATGGTTTTGGGTCGTATGGAAAAGTGATTCCATCAAAAAAAGGTTCTAATGATACGTATTACACTCCGGAGACAAACGCCAACAAAGAGCTAGCCGAGATGAATGTAGAGTTGGCTCAAGTGAAGGAACTTGTGACATCCCAAAAAGAACAAAATGAAGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

129 aa · TkA03G010170|TK1151|PROTEIN

KKRKELEATGEDVDDDSVFYEVLGGPDRKRRLYGFGSYGKVIPSKKGSNDTYYTPETNANKELAEMNVELAQVKELVTSQKEQNEELKELVKMQANQLKTQNEQINSKIDKLEQQLQLFFDSLKEKRTE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G010170`
TK1151 ID	TkA03G010170
OH-1004 ID	LXL04_024862
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.620 / OH-1004 34.783 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G010170`
位置	Chr03:2512554-2512943 (-)
描述	Similar to SPCC1672.07: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 homolog (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_024862` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0034388 Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome 细胞组分 GO:0072686 mitotic spindle 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:134430 spo:2539299 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · TkA03G010170 · TK1151

细胞质0.201

排名 2 · TkA03G010170 · TK1151

线粒体0.018

排名 3 · TkA03G010170 · TK1151

细胞膜0.012

排名 4 · TkA03G010170 · TK1151

细胞外0.007

排名 5 · TkA03G010170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12932Sec1634-122 aa

PF18631Cucumopine_C42-105 aa

PF06810Phage_scaffold49-115 aa

PF09969DUF220353-125 aa

PF28006HpsJ56-117 aa

PF19745FUT8_N_cat57-123 aa

PF28907ZapB_rel58-112 aa

PF01519DUF1659-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G010170	`PF12932`	Sec16	34	122	0.082	14.1
TkA03G010170	`PF18631`	Cucumopine_C	42	105	0.045	14.7
TkA03G010170	`PF06810`	Phage_scaffold	49	115	1.9	9.2
TkA03G010170	`PF09969`	DUF2203	53	125	0.66	11.4
TkA03G010170	`PF28006`	HpsJ	56	117	0.57	10.5
TkA03G010170	`PF19745`	FUT8_N_cat	57	123	0.051	13.1
TkA03G010170	`PF28907`	ZapB_rel	58	112	2.0	9.8
TkA03G010170	`PF01519`	DUF16	59	124	0.01	17.0
TkA03G010170	`PF07926`	TPR_MLP1_2	59	124	0.094	13.5
TkA03G010170	`PF03462`	PCRF	59	118	0.77	10.3
TkA03G010170	`PF03961`	FapA	59	126	0.9	9.8
TkA03G010170	`PF13990`	YjcZ	60	117	0.16	12.1
TkA03G010170	`PF10186`	ATG14	61	128	0.05	13.4
TkA03G010170	`PF11932`	DUF3450	61	122	2.1	8.3
TkA03G010170	`PF25254`	DUF7856	62	129	0.11	12.7
TkA03G010170	`PF16360`	GTP-bdg_M	62	117	0.41	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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