TkA03G008130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G008130

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 1993150-1995068 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1460 bp · TkA03G008130|TK1151|cDNA

GTCTGCTGTACAGAATACATACTCTAATTACTAGCCGTTAGACCCCCTAAAACCAGTGAGATAAGAAGAACAAAGAAATTCAAAAATCCAGCCATTAATGTCAATTCAATCACATCTTCTCTCTCTCTAGTATACACGAAGGAGTTTCGTCGTTCACTGCGACAGAACAAAGCAGCGAGCGAAGCTTGACAAAATGGTGGACGAAGAGCCAAAACGGAGCTCTCCAAAACAATCTGAAAATGGAGAGAAGGGGAATTGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · TkA03G008130|TK1151|CDS

ATGGTGGACGAAGAGCCAAAACGGAGCTCTCCAAAACAATCTGAAAATGGAGAGAAGGGGAATTGTGTGTTCAGCCCTGGGTTTCGCTCTGTGGCAGCCATGGCAGGTTGGGACGAAGAAGCACTGTTAATGGCGTCCCTTGTCGTTGAAGATACGCCAGAGCGGGATACCAAACAGAAGAGACGCTCAGATCCGCTGTTCAAAACTCCACCTACTAATTCTCGAAGAAAACGCAGAGATCAGAGGAAGAGTCCTGTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · TkA03G008130|TK1151|PROTEIN

MVDEEPKRSSPKQSENGEKGNCVFSPGFRSVAAMAGWDEEALLMASLVVEDTPERDTKQKRRSDPLFKTPPTNSRRKRRDQRKSPVSLPVTVLDLDEEECSKEEIVEEKKEQKIDVDINSKKDEKSNESTSESSSIPCIDRLREELSCAICLEICFEPSTTSCGHSFCKKCLRSAADKCGKRCPKCRQLISNGRSCTINTVLWNTIQLLFPQEIEARKVVAGGCSNANLQSPPSRRRSQYRSVIEALNSPEGEQLSLERR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G008130`
TK1151 ID	TkA03G008130
OH-1004 ID	LXL04_006072
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G008130`
位置	Chr03:1993150-1995068 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006072` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006302 double-strand break repair 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0032461 positive regulation of protein oligomerization 生物过程 GO:0032728 positive regulation of interferon-beta production 生物过程 GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045739 positive regulation of DNA repair 生物过程 GO:0060337 type I interferon-mediated signaling pathway 生物过程 GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:613812 hsa:201292 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · TkA03G008130 · TK1151

细胞质0.104

排名 2 · TkA03G008130 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA03G008130 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA03G008130 · TK1151

线粒体0.008

排名 5 · TkA03G008130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14543TAXi_N119-121 aa

PF24921RING_XB3-XBAT31124-138 aa

PF14634zf-RING_5137-151 aa

PF13920zf-C3HC4_3145-191 aa

PF16685zf-RING_10146-188 aa

PF13639zf-RING_2147-187 aa

PF00097zf-C3HC4148-186 aa

PF13923zf-C3HC4_2148-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G008130	`PF14543`	TAXi_N	119	121	0.019	15.9
TkA03G008130	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	124	138	0.63	10.9
TkA03G008130	`PF14634`	zf-RING_5	137	151	0.0069	17.1
TkA03G008130	`PF13920`	zf-C3HC4_3	145	191	0.00036	21.0
TkA03G008130	`PF16685`	zf-RING_10	146	188	0.082	13.7
TkA03G008130	`PF13639`	zf-RING_2	147	187	0.00013	22.8
TkA03G008130	`PF00097`	zf-C3HC4	148	186	7e-07	29.7
TkA03G008130	`PF13923`	zf-C3HC4_2	148	186	1.3e-06	28.9
TkA03G008130	`PF13445`	zf-RING_UBOX	148	184	6.6e-06	26.7
TkA03G008130	`PF14634`	zf-RING_5	148	188	0.0069	17.1
TkA03G008130	`PF15227`	zf-C3HC4_4	148	186	0.012	16.5
TkA03G008130	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	148	190	0.63	10.9
TkA03G008130	`PF14447`	Prok-RING_4	148	192	3.4	8.4
TkA03G008130	`PF14543`	TAXi_N	159	232	0.019	15.9
TkA03G008130	`PF14570`	zf-RING_4	162	188	0.22	12.1
TkA03G008130	`PF14543`	TAXi_N	310	336	0.019	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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