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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G006460
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 1571540-1573314 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1667 bp · TkA03G006460|TK1151|cDNA

GTTCCAAAAGTAACCACCTTGTTGAAGCGCTTTCTCACAGCCAAACAATTGAAGCAACTTCATGGATTAATACTCGTTCACGGCCTTAATCATCTCGAGGGGCTGGTAATCCGCCATCTTATAAGCTTTCCAAGCGATTACTATCAAGCATTTGCTCAGTACGTGGATATGCAAAGATCAGGACTCTTACCTTCCTCATTTACCGTGGCATCTGCTTTGAAGGCATGTGCAAGGCTTGGTAACGAAAATGGCGGGATGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1626 bp · TkA03G006460|TK1151|CDS

GTTCCAAAAGTAACCACCTTGTTGAAGCGCTTTCTCACAGCCAAACAATTGAAGCAACTTCATGGATTAATACTCGTTCACGGCCTTAATCATCTCGAGGGGCTGGTAATCCGCCATCTTATAAGCTTTCCAAGCGATTACTATCAAGCATTTGCTCAGTACGTGGATATGCAAAGATCAGGACTCTTACCTTCCTCATTTACCGTGGCATCTGCTTTGAAGGCATGTGCAAGGCTTGGTAACGAAAATGGCGGGATGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

541 aa · TkA03G006460|TK1151|PROTEIN

VPKVTTLLKRFLTAKQLKQLHGLILVHGLNHLEGLVIRHLISFPSDYYQAFAQYVDMQRSGLLPSSFTVASALKACARLGNENGGMMIHCQVHSHGFCGDVYVETSLLGFYTKVKDMETAQKLFDEMSERNVVSWNSMIDGYVRSGNIPLAEKVFSTMPNKDTVSWNTMVSGHSKTRNMEKALRLFQEMPERNPTSWNVMIRGYIDSDNIDLAQNFYNSMPQRNTISCITMITGYTKHGDVESARELFNNMSQKDQSLYN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G006460
TK1151 IDTkA03G006460
OH-1004 IDLXL04_030606
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)92.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 97.797
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G006460
位置Chr03:1571540-1573314 (+)
描述Similar to PCMP-E6: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g22760
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g22760 含五重复肽的蛋白质 At4g22760。 暂无已核实直接文献
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At5g66520 含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030606 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G45350
ath:AT4G02750
ath:AT4G16835
ath:AT4G22760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.636
排名 1 · TkA03G006460 · TK1151
质体0.184
排名 2 · TkA03G006460 · TK1151
细胞核0.055
排名 3 · TkA03G006460 · TK1151
细胞质0.038
排名 4 · TkA03G006460 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA03G006460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25064ARM_TT21_5th38-78 aa
PF29070MSC6_N46-81 aa
PF13041PPR_249-78 aa
PF17177PPR_long49-88 aa
PF13812PPR_356-83 aa
PF01535PPR72-97 aa
PF13812PPR_393-129 aa
PF24760TPR_IF140_C98-127 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G006460PF25064ARM_TT21_5th38785.1e-0627.5
TkA03G006460PF29070MSC6_N46814.9e-1866.1
TkA03G006460PF13041PPR_249787.5e-75247.6
TkA03G006460PF17177PPR_long49884.2e-1866.2
TkA03G006460PF13812PPR_356831.7e-32112.0
TkA03G006460PF01535PPR72972.2e-75244.5
TkA03G006460PF13812PPR_3931291.7e-32112.0
TkA03G006460PF24760TPR_IF140_C981271.6e-0526.0
TkA03G006460PF13343SBP_bac_61011540.02814.6
TkA03G006460PF17177PPR_long1031324.2e-1866.2
TkA03G006460PF17049AEP11031441.7e-0524.8
TkA03G006460PF25058ARM_TT211031290.005717.4
TkA03G006460PF13041PPR_21041327.5e-75247.6
TkA03G006460PF01535PPR1051322.2e-75244.5
TkA03G006460PF10366Vps39_11061280.00917.0
TkA03G006460PF10602RPN71071410.002418.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C8Q5拟南芥sp|P0C8Q5|PP336_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2276060.200%Swiss-Prot高置信
Q9SIL5拟南芥sp|Q9SIL5|PP165_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054030.200%Swiss-Prot低置信
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial33.300%Swiss-Prot低置信
Q9SN39拟南芥sp|Q9SN39|PP320_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic30.000%Swiss-Prot低置信
Q9FJY7拟南芥sp|Q9FJY7|PP449_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6652030.900%Swiss-Prot低置信

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