TkA03G005640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G005640

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 1351111-1363185 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6542 bp · TkA03G005640|TK1151|cDNA

ATCAGAAATTGGAATTGCAGCAATAAGCCCGACCCGGTCCATGACGTGGAGAACAATCAGAAGTCGGAACATAGAACACTACTTCACCGTTCCTCTACGACCGGACTGTCTTCCCGCCATCACAAAGAAGAAAAAGCAAAATGTTACTCGAACTGCCTCGATTAACCAACTCCCTGAGGGATCCATTCGAAGCCGATCAAGCTTACATCAATCGCAAATCCATCCTTCAATCATTCAACACTCGTCGCAGCTCTGGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

6234 bp · TkA03G005640|TK1151|CDS

ATGTTACTCGAACTGCCTCGATTAACCAACTCCCTGAGGGATCCATTCGAAGCCGATCAAGCTTACATCAATCGCAAATCCATCCTTCAATCATTCAACACTCGTCGCAGCTCTGGGAAGTCAGCTGACGAATTCGAAGTTGCTCGAAAGATTGTTCATCAATGGGACGAAGCTTCTGTTGAAGTCCGCCAAGCATACAAACAATTTGTTGGGGCAGTGGTTGAGTTGATTGATGGAGTGGTGATCAATGAAGAGTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2077 aa · TkA03G005640|TK1151|PROTEIN

MLLELPRLTNSLRDPFEADQAYINRKSILQSFNTRRSSGKSADEFEVARKIVHQWDEASVEVRQAYKQFVGAVVELIDGVVINEEFKEVALAVYRLFGTHGEEEEANKRIIEKKSELQKLLGYSVSDVKLQKVVKAAQSLSKLQPDNHNLTLTENKVNENDDGQEFGADLVFHHPTRFLVDESVDDVEIWGEGSNVTSTSIQGGWYDNSEVTNHHPVGGTFDLGWLRDECSKIVNSSSSQFPQDELAMAICRVLDSDKAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G005640`
TK1151 ID	TkA03G005640
OH-1004 ID	LXL04_030588
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G005640

位置 Chr03:1351111-1363185 (+)

描述 Similar to BRR2C: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61140`	RNA 解旋酶，作为 U5 snRNP 和 U4/U6-U5 三体 snRNP 复合物的组成部分，在前 mRNA 剪接中起关键作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030588 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0071569 protein ufmylation 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:0140708 CAT tailing 生物过程

GO:1990116 ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61140

bta:538416

gga:421790

hsa:10973

mmu:77987

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.824

排名 1 · TkA03G005640 · TK1151

细胞质0.225

排名 2 · TkA03G005640 · TK1151

线粒体0.045

排名 3 · TkA03G005640 · TK1151

细胞膜0.019

排名 4 · TkA03G005640 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA03G005640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24557DExH14_plug46-145 aa

PF18149Helicase_PWI224-290 aa

PF00437T2SSE409-469 aa

PF13604AAA_30439-579 aa

PF00270DEAD440-614 aa

PF04851ResIII447-613 aa

PF13245AAA_19449-578 aa

PF00580UvrD-helicase449-482 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G005640	`PF24557`	DExH14_plug	46	145	1.8e-41	141.7
TkA03G005640	`PF18149`	Helicase_PWI	224	290	0.11	13.4
TkA03G005640	`PF00437`	T2SSE	409	469	0.0011	18.4
TkA03G005640	`PF13604`	AAA_30	439	579	7.4e-05	23.3
TkA03G005640	`PF00270`	DEAD	440	614	9.3e-61	205.1
TkA03G005640	`PF04851`	ResIII	447	613	4.8e-26	92.3
TkA03G005640	`PF13245`	AAA_19	449	578	0.00031	21.7
TkA03G005640	`PF00580`	UvrD-helicase	449	482	0.14	12.5
TkA03G005640	`PF01695`	IstB_IS21	452	473	0.1	12.8
TkA03G005640	`PF20720`	nSTAND3	453	483	0.0027	18.1
TkA03G005640	`PF13401`	AAA_22	454	596	5.1e-05	24.3
TkA03G005640	`PF05621`	TniB	454	471	0.24	11.6
TkA03G005640	`PF22527`	DEXQc_Suv3	494	582	0.00052	20.3
TkA03G005640	`PF05621`	TniB	561	577	0.24	11.6
TkA03G005640	`PF00271`	Helicase_C	729	817	2.6e-21	76.6
TkA03G005640	`PF23445`	WHD_SNRNP200	848	921	2.2e-51	172.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNQ1`	拟南芥	sp\|Q9FNQ1\|DEXHE_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14	76.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情