RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G604500
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155875710-155881982 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2529 bp · TkA02G604500|TK1151|cDNA

GTTCCTCTTGCATTTTAGAGTGTATTTAAGTGGGTTAATCTCATAGAAGCCAAGGATCACACCATCCATTAATACTCCCATTTCTGTAATTTCGAAAAGAATTGCACGTATTAATTAATTCCAGGAAGATGGAACACAGTTCAGTAGTAAGAATGGTGATGCTTCTTGTGTTCGTTGGGTGGCTCGTGATGTGGGTTATGCTGCCAACCAGTACCTACAAAAATTCATGGAAACCCAACCTAGCAAATAGACTAGACTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2088 bp · TkA02G604500|TK1151|CDS

ATGGAACACAGTTCAGTAGTAAGAATGGTGATGCTTCTTGTGTTCGTTGGGTGGCTCGTGATGTGGGTTATGCTGCCAACCAGTACCTACAAAAATTCATGGAAACCCAACCTAGCAAATAGACTAGACTCAACTTATTTTCGCGAACAAGGGACGAATCTCGTGCTTTTCTCATTTCCCATGATGTTCTTGGCATCTCTGGGCTGCGTTTATCTCCATTTTCAGAAGAACTCTCGTTCTGAAAGTGATGGGATGACCAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

695 aa · TkA02G604500|TK1151|PROTEIN

MEHSSVVRMVMLLVFVGWLVMWVMLPTSTYKNSWKPNLANRLDSTYFREQGTNLVLFSFPMMFLASLGCVYLHFQKNSRSESDGMTRRRWLDIWKRPIIVMNPLGIVSLMEVMFSAMFVALLGWSLYNYLHVSFGHLHMHGADEKVWEAKFRSVWLRLGYIGHITWAFLFFPVTRGSSILRLVGLTSESSVKYHIWLGHISMVLFTAHSVGFVIYWAITDELVLMLQWSRTYLSNVAGEIAFVLALIMWVTSIPQVRRKM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G604500
TK1151 IDTkA02G604500
OH-1004 IDLXL04_026706
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)50.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.424 / OH-1004 99.857
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G604500
位置Chr02:155875710-155881982 (+)
描述Similar to FRO2: Ferric reduction oxidase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g23980 三价铁螯合物还原酶。
Molecular and biochemical characterization of the Fe(III) chelate reductase gene family in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci163
Transcriptome sequencing identifies SPL7-regulated copper acquisition genes FRO4/FRO5 and the copper dependence of iron homeostasis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.090431
At5g23990 铁螯合还原酶可能参与芽中铁的还原。
Molecular and biochemical characterization of the Fe(III) chelate reductase gene family in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci163
Transcriptome sequencing identifies SPL7-regulated copper acquisition genes FRO4/FRO5 and the copper dependence of iron homeostasis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.090431
At1g01580 黄素细胞色素，可跨质膜转移电子，还原三价铁螯合物，在根际形成可溶性二价铁。
A ferric-chelate reductase for iron uptake from soils.1999 · DOI: 10.1038/17800
Overexpression of the FRO2 ferric chelate reductase confers tolerance to growth on low iron and uncovers posttranscriptional control.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.025122
Molecular and biochemical characterization of the Fe(III) chelate reductase gene family in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci163
The FRO2 ferric reductase is required for glycine betaine's effect on chilling tolerance in Arabidopsis roots.2008 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2008.01141.x
At1g01590 参与根部铁还原的铁螯合物还原酶（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
At1g23020 铁螯合还原酶参与根中铁的还原。
Molecular and biochemical characterization of the Fe(III) chelate reductase gene family in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci163

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026706 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0033212 iron import into cell 生物过程
GO:0033214 siderophore-iron import into cell 生物过程
GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分
GO:0000293 ferric-chelate reductase activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0140618 ferric-chelate reductase (NADH) activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01580
ath:AT1G01590
ath:AT1G23020
ath:AT5G23980
ath:AT5G23990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.482
排名 1 · TkA02G604500 · TK1151
内质网0.205
排名 2 · TkA02G604500 · TK1151
溶酶体／液泡0.166
排名 3 · TkA02G604500 · TK1151
高尔基体0.083
排名 4 · TkA02G604500 · TK1151
细胞质0.077
排名 5 · TkA02G604500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01794Ferric_reduct10-29 aa
PF01794Ferric_reduct69-134 aa
PF01794Ferric_reduct158-277 aa
PF01794Ferric_reduct274-290 aa
PF08022FAD_binding_8311-409 aa
PF08030NAD_binding_6415-679 aa
PF00175NAD_binding_1420-476 aa
PF08022FAD_binding_8645-667 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G604500PF01794Ferric_reduct10292.9e-1866.8
TkA02G604500PF01794Ferric_reduct691342.9e-1866.8
TkA02G604500PF01794Ferric_reduct1582772.9e-1866.8
TkA02G604500PF01794Ferric_reduct2742902.9e-1866.8
TkA02G604500PF08022FAD_binding_83114091.2e-2384.0
TkA02G604500PF08030NAD_binding_64156792.7e-2177.0
TkA02G604500PF00175NAD_binding_14204760.003718.6
TkA02G604500PF08022FAD_binding_86456671.2e-2384.0
TkA02G604500PF00175NAD_binding_16496740.003718.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8W110拟南芥sp|Q8W110|FRO4_ARATH Ferric reduction oxidase 454.100%Swiss-Prot高置信
Q9FLW2拟南芥sp|Q9FLW2|FRO5_ARATH Ferric reduction oxidase 553.000%Swiss-Prot高置信
P92949拟南芥sp|P92949|FRO2_ARATH Ferric reduction oxidase 249.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LMM2拟南芥sp|Q9LMM2|FRO1_ARATH Probable ferric reduction oxidase 148.400%Swiss-Prot中等置信
F4I4K7拟南芥sp|F4I4K7|FRO3_ARATH Ferric reduction oxidase 3, mitochondrial47.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看