TkA02G602630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G602630

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155356591-155363259 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1100 bp · TkA02G602630|TK1151|cDNA

AATGTCTCTGGTCACACCCTACCCGCGGCCTTCTTTAACCATTCACACACATTTCCTTTTCTTCTAATAGCATCAACTGACATTCTTCACATCAGGTTTCTTTCAATGGGGTCTGGGTTTTCCACAGCCGACGCCGACGGATCTGATCCGGCGAACACCAGTAGAAAACGATCGCCGGGTCTTGGAGATTTACCGGAGAACTGTTTGGCTATGATTCTCGCGTACTTAGACCCGCCTGATATCTGTAACCTGGCCAGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

837 bp · TkA02G602630|TK1151|CDS

AATGTCTCTGGTCACACCCTACCCGCGGCCTTCTTTAACCATTCACACACATTTCCTTTTCTTCTAATAGCATCAACTGACATTCTTCACATCAGGTTTCTTTCAATGGGGTCTGGGTTTTCCACAGCCGACGCCGACGGATCTGATCCGGCGAACACCAGTAGAAAACGATCGCCGGGTCTTGGAGATTTACCGGAGAACTGTTTGGCTATGATTCTCGCGTACTTAGACCCGCCTGATATCTGTAACCTGGCCAGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

278 aa · TkA02G602630|TK1151|PROTEIN

NVSGHTLPAAFFNHSHTFPFLLIASTDILHIRFLSMGSGFSTADADGSDPANTSRKRSPGLGDLPENCLAMILAYLDPPDICNLARTNRAFYHASSADFIWESKLPENYRSLAKKLVLYEGSLGCLGKKDIYAGLCSPVRVSGGTKEVWMEKERGGICMSVSWKGMKITGIDDRRYWSHIPTLQSSVSHVQVVGRPLYSSFDVEITDPSGRCRLKYYPDSDYCVKTCEGEASSSPSRFRSFTASIRGWEQMILNTLLGGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G602630`
TK1151 ID	TkA02G602630
OH-1004 ID	LXL04_004737
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 53.957 / OH-1004 88.125 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G602630

位置 Chr02:155356591-155363259 (-)

描述 Similar to PP2A13: F-box protein PP2-A13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61060`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At3g53000`	F-box 蛋白 PP2-A15。	暂无已核实直接文献
`At1g12710`	F盒蛋白 PP2-A12。	暂无已核实直接文献
`At1g63090`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g52120`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004737 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12710

ath:AT1G63090

ath:AT3G53000

ath:AT3G61060

ath:AT5G52120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.461

排名 1 · TkA02G602630 · TK1151

细胞质0.295

排名 2 · TkA02G602630 · TK1151

细胞膜0.195

排名 3 · TkA02G602630 · TK1151

内质网0.144

排名 4 · TkA02G602630 · TK1151

线粒体0.067

排名 5 · TkA02G602630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like62-102 aa

PF29466F-box_COS11162-103 aa

PF00646F-box63-101 aa

PF19255DUF590263-107 aa

PF14299PP2157-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G602630	`PF12937`	F-box-like	62	102	1.9e-09	37.9
TkA02G602630	`PF29466`	F-box_COS111	62	103	0.16	13.3
TkA02G602630	`PF00646`	F-box	63	101	9.9e-08	32.3
TkA02G602630	`PF19255`	DUF5902	63	107	0.25	12.3
TkA02G602630	`PF14299`	PP2	157	190	0.00047	20.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LEX0`	拟南芥	sp\|Q9LEX0\|P2A13_ARATH F-box protein PP2-A13	62.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LF92`	拟南芥	sp\|Q9LF92\|P2A15_ARATH F-box protein PP2-A15	51.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LN77`	拟南芥	sp\|Q9LN77\|P2A12_ARATH F-box protein PP2-A12	53.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAN4`	拟南芥	sp\|Q9CAN4\|P2A11_ARATH F-box protein PP2-A11	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJ80`	拟南芥	sp\|Q9FJ80\|P2A14_ARATH F-box protein PP2-A14	47.400%	Swiss-Prot	中等置信

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