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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G602440
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155291116-155293914 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

897 bp · TkA02G602440|TK1151|cDNA

ATGGTTGGGGTGTATTGGGCTGCTAGACCTTACGATGCCGGGCCTTCGGAGTTGGTCCAACCCGGGTCGGTGAGGTCTCAGGTTCGAGTCTCACCAACAACCTGCCTCCGCGGTATTGTCCAAGGCGATATGGTTGGGGTGTATTGGGCTGCTAGACCTTACGATGCCGGGCCTTCGGAGTTGGTCCAACCCGGGTCTGACTCATCTGCCTATCCCACCTTCTCCGTTAAATACTTCCCCAAAATCATATCATCTCTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

897 bp · TkA02G602440|TK1151|CDS

ATGGTTGGGGTGTATTGGGCTGCTAGACCTTACGATGCCGGGCCTTCGGAGTTGGTCCAACCCGGGTCGGTGAGGTCTCAGGTTCGAGTCTCACCAACAACCTGCCTCCGCGGTATTGTCCAAGGCGATATGGTTGGGGTGTATTGGGCTGCTAGACCTTACGATGCCGGGCCTTCGGAGTTGGTCCAACCCGGGTCTGACTCATCTGCCTATCCCACCTTCTCCGTTAAATACTTCCCCAAAATCATATCATCTCTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

298 aa · TkA02G602440|TK1151|PROTEIN

MVGVYWAARPYDAGPSELVQPGSVRSQVRVSPTTCLRGIVQGDMVGVYWAARPYDAGPSELVQPGSDSSAYPTFSVKYFPKIISSLKYTVLRFHFNTELAGSFRVEKCEEIVDHQAVKYDGGAVLRSKLFPFTLFFFNLLFIMLNENEFESVKGSGGCVDAVSAAIETLEHHYRNYGDIFCDKCTQGRIALTAEENAQQVRVCDQCMAEVTQRLSHVNEVAANKASGFNRHEDLAKKLEEEMEKKRRATESNSNVANLQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G602440
TK1151 IDTkA02G602440
OH-1004 IDLXL04_037394
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)95.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 77.852 / OH-1004 81.720
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G602440
位置Chr02:155291116-155293914 (-)
描述Similar to FREE1: Protein FREE1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g20110 运输 成分所需的内体分选复合物调节多泡体 蛋白质分选和植物生长。
A unique plant ESCRT component, FREE1, regulates multivesicular body protein sorting and plant growth.2014 · DOI: 10.1016/j.cub.2014.09.014
Dual roles of an Arabidopsis ESCRT component FREE1 in regulating vacuolar protein transport and autophagic degradation.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1421271112
FYVE1 is essential for vacuole biogenesis and intracellular trafficking in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.253377
FYVE1/FREE1 Interacts with the PYL4 ABA Receptor and Mediates Its Delivery to the Vacuolar Degradation Pathway.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00178
The effect of ABRE BINDING FACTOR 4-mediated FYVE1 on salt stress tolerance in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2020.110489

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037394 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007034 vacuolar transport 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程
GO:0031623 receptor internalization 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0036258 multivesicular body assembly 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程
GO:0070676 intralumenal vesicle formation 生物过程
GO:1900067 regulation of cellular response to alkaline pH 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20110
hsa:55680
mmu:70432
uma:UMAG_03862
uma:UMAG_12183
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.512
排名 1 · TkA02G602440 · TK1151
细胞核0.351
排名 2 · TkA02G602440 · TK1151
线粒体0.109
排名 3 · TkA02G602440 · TK1151
细胞膜0.108
排名 4 · TkA02G602440 · TK1151
内质网0.091
排名 5 · TkA02G602440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07191Zn_ribbon_6107-114 aa
PF01363FYVE170-211 aa
PF23137HVO_0758175-209 aa
PF05129Zn_ribbon_Elf1176-187 aa
PF07191Zn_ribbon_6176-210 aa
PF12773DZR178-211 aa
PF14901Jiv90178-208 aa
PF06906DUF1272179-189 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G602440PF07191Zn_ribbon_61071142.09.2
TkA02G602440PF01363FYVE1702114.2e-0833.9
TkA02G602440PF23137HVO_07581752095.97.5
TkA02G602440PF05129Zn_ribbon_Elf11761872.09.3
TkA02G602440PF07191Zn_ribbon_61762102.09.2
TkA02G602440PF12773DZR1782110.4611.4
TkA02G602440PF14901Jiv901782081.310.0
TkA02G602440PF06906DUF12721791897.67.4
TkA02G602440PF29994NMD3_N1802780.1413.2
TkA02G602440PF02150Zn_ribbon_RPB91802090.6810.6
TkA02G602440PF27609Rv13221932260.09913.5
TkA02G602440PF25214HVO_B0008_N2012106.27.5
TkA02G602440PF05129Zn_ribbon_Elf12452922.09.3
TkA02G602440PF06906DUF12722582917.67.4
TkA02G602440PF27609Rv13222592760.09913.5
TkA02G602440PF12773DZR2622920.4611.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ASS2拟南芥sp|Q9ASS2|FREE1_ARATH Protein FREE159.200%Swiss-Prot低置信

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