TkA02G576100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G576100

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 148631418-148634145 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1075 bp · TkA02G576100|TK1151|cDNA

TCTTTGTCTATAAAAGCCGAATGCGTGATTTAATAGTTCATTCACAAAAATGATTTTCTTTGTTAAGAATCCAAAGGGAGCGTTCTTCCTCTTAACCATCCTTCTTCTTGTATTTTCTTCCTATGCGTTGAGTCTCCCCAGAGGTAGACCAAAACCAACATGGACGTTGCCACCTCTCCGGACTGCACGTAAGCTGGCTAACGACAAGAACCCTAGAGCTCTGTTCCATCATCAGGACACGAGCATCCCCAGATCGATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA02G576100|TK1151|CDS

ATGATTTTCTTTGTTAAGAATCCAAAGGGAGCGTTCTTCCTCTTAACCATCCTTCTTCTTGTATTTTCTTCCTATGCGTTGAGTCTCCCCAGAGGTAGACCAAAACCAACATGGACGTTGCCACCTCTCCGGACTGCACGTAAGCTGGCTAACGACAAGAACCCTAGAGCTCTGTTCCATCATCAGGACACGAGCATCCCCAGATCGATCCCCCACCACCTCCATCGGCAGATGGCTAGCCTATGGCGAGCCGTGATGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA02G576100|TK1151|PROTEIN

MIFFVKNPKGAFFLLTILLLVFSSYALSLPRGRPKPTWTLPPLRTARKLANDKNPRALFHHQDTSIPRSIPHHLHRQMASLWRAVMGDSPPNPDDYDGVQYWLNPERTGWLTKQGEYIKTWRRRWFVLKQGKVFWFKESIVNRGSRPRGVIPVAECLTVKGAEDVINKQFAFELSTRSDTMYFIADSEKEKEDWINSIGRSIVQLSRSVTDKEIVDYDSNR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G576100`
TK1151 ID	TkA02G576100
OH-1004 ID	LXL04_012282
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	61.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G576100

位置 Chr02:148631418-148634145 (+)

描述 Similar to PH1: Pleckstrin homology domain-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29700`	特异性结合磷脂酰肌醇3-磷酸(PtdIns3P)，但不结合其他磷脂酰肌醇。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012282 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001881 receptor recycling 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0046294 formaldehyde catabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0055037 recycling endosome 细胞组分

GO:0004022 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29700

sly:544074

sot:102577519

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438

排名 1 · TkA02G576100 · TK1151

细胞膜0.288

排名 2 · TkA02G576100 · TK1151

细胞核0.206

排名 3 · TkA02G576100 · TK1151

高尔基体0.176

排名 4 · TkA02G576100 · TK1151

内质网0.127

排名 5 · TkA02G576100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20399PH_206-22 aa

PF20399PH_20105-174 aa

PF00169PH106-202 aa

PF15409PH_8109-200 aa

PF15413PH_11113-199 aa

PF15406PH_6141-198 aa

PF15410PH_9145-198 aa

PF22697SOS1_NGEF_PH156-198 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G576100	`PF20399`	PH_20	6	22	0.0015	19.2
TkA02G576100	`PF20399`	PH_20	105	174	0.0015	19.2
TkA02G576100	`PF00169`	PH	106	202	8.5e-20	72.0
TkA02G576100	`PF15409`	PH_8	109	200	0.0029	18.6
TkA02G576100	`PF15413`	PH_11	113	199	0.001	20.2
TkA02G576100	`PF15406`	PH_6	141	198	0.083	14.0
TkA02G576100	`PF15410`	PH_9	145	198	0.0065	17.4
TkA02G576100	`PF22697`	SOS1_NGEF_PH	156	198	0.023	15.7
TkA02G576100	`PF25321`	PH_RASGAP	164	202	0.0055	17.7
TkA02G576100	`PF08458`	PH_2	167	199	0.029	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ST43`	拟南芥	sp\|Q9ST43\|PH1_ARATH Pleckstrin homology domain-containing protein 1	68.500%	Swiss-Prot	中等置信

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